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- PDB-5niv: Crystal structure of 5D3 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5niv
タイトルCrystal structure of 5D3 Fab
要素
  • Heavy chain of 5D3 Fab
  • Light chain of 5D3 Fab
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / ABCG2 / inhibitor
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.498 Å
データ登録者Manolaridis, I. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationNCCR TransCure スイス
ETH research grantETH-22-14-1 スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure of the human multidrug transporter ABCG2.
著者: Nicholas M I Taylor / Ioannis Manolaridis / Scott M Jackson / Julia Kowal / Henning Stahlberg / Kaspar P Locher /
要旨: ABCG2 is a constitutively expressed ATP-binding cassette (ABC) transporter that protects many tissues against xenobiotic molecules. Its activity affects the pharmacokinetics of commonly used drugs ...ABCG2 is a constitutively expressed ATP-binding cassette (ABC) transporter that protects many tissues against xenobiotic molecules. Its activity affects the pharmacokinetics of commonly used drugs and limits the delivery of therapeutics into tumour cells, thus contributing to multidrug resistance. Here we present the structure of human ABCG2 determined by cryo-electron microscopy, providing the first high-resolution insight into a human multidrug transporter. We visualize ABCG2 in complex with two antigen-binding fragments of the human-specific, inhibitory antibody 5D3 that recognizes extracellular loops of the transporter. We observe two cholesterol molecules bound in the multidrug-binding pocket that is located in a central, hydrophobic, inward-facing translocation pathway between the transmembrane domains. Combined with functional in vitro analyses, our results suggest a multidrug recognition and transport mechanism of ABCG2, rationalize disease-causing single nucleotide polymorphisms and the allosteric inhibition by the 5D3 antibody, and provide the structural basis of cholesterol recognition by other G-subfamily ABC transporters.
履歴
登録2017年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年11月20日Group: Advisory / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light chain of 5D3 Fab
B: Heavy chain of 5D3 Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2192
ポリマ－47,2192
非ポリマー00
水10,359575
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.203, 45.193, 83.278
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-321-

HOH

21B-569-

HOH

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要素

#1: 抗体 Light chain of 5D3 Fab


分子量: 23375.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Heavy chain of 5D3 Fab


分子量: 23843.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.5 and 16% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.498→42.197 Å / Num. obs: 66575 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 6208 / % possible all: 88.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CAD

4cad


解像度: 1.498→42.197 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 20.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2053 6452 4.99 %
Rwork0.1807 --
obs0.1819 66575 93.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.498→42.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3273 0 0 575 3848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063361
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9954586
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.51202
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009578
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.498-1.51550.3911863486X-RAY DIFFRACTION79
1.5155-1.53330.32522073979X-RAY DIFFRACTION91
1.5333-1.5520.27622100.26653969X-RAY DIFFRACTION91
1.552-1.57170.31162100.26833958X-RAY DIFFRACTION92
1.5717-1.59240.27312110.24794011X-RAY DIFFRACTION91
1.5924-1.61420.26442130.2394072X-RAY DIFFRACTION93
1.6142-1.63730.23042140.21154083X-RAY DIFFRACTION93
1.6373-1.66170.21822170.19044107X-RAY DIFFRACTION94
1.6617-1.68770.2142150.19544044X-RAY DIFFRACTION94
1.6877-1.71530.25192180.18834155X-RAY DIFFRACTION95
1.7153-1.74490.21532190.17764233X-RAY DIFFRACTION95
1.7449-1.77660.20862110.18524089X-RAY DIFFRACTION95
1.7766-1.81080.22752230.1824246X-RAY DIFFRACTION96
1.8108-1.84780.20442160.17494107X-RAY DIFFRACTION96
1.8478-1.88790.1982190.1794203X-RAY DIFFRACTION95
1.8879-1.93190.23262160.1754115X-RAY DIFFRACTION95
1.9319-1.98020.21182100.17464063X-RAY DIFFRACTION92
1.9802-2.03370.19651850.17293598X-RAY DIFFRACTION83
2.0337-2.09360.1752210.16484231X-RAY DIFFRACTION97
2.0936-2.16110.17442270.17114297X-RAY DIFFRACTION97
2.1611-2.23840.23342250.17824208X-RAY DIFFRACTION97
2.2384-2.3280.20012200.17824220X-RAY DIFFRACTION97
2.328-2.43390.19262280.18294292X-RAY DIFFRACTION97
2.4339-2.56220.24642180.18614220X-RAY DIFFRACTION97
2.5622-2.72270.22532270.18254263X-RAY DIFFRACTION97
2.7227-2.93290.22222210.18434229X-RAY DIFFRACTION97
2.9329-3.2280.19692170.17484203X-RAY DIFFRACTION95
3.228-3.69480.17672010.16983748X-RAY DIFFRACTION86
3.6948-4.65410.1592250.14914124X-RAY DIFFRACTION94
4.6541-42.1970.18762220.17034316X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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