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万見
- PDB-5nh3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE Activin receptor type-2A LIGAND BINDING ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nh3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE Activin receptor type-2A LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH BIMAGRUMAB FV
要素
  • (anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv ...) x 2
  • Activin receptor type-2A
キーワードTRANSFERASE / OTHER / EPITOPE MAPPING
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of signaling by NODAL / inhibin-betaglycan-ActRII complex / inhibin binding / penile erection / positive regulation of activin receptor signaling pathway / activin receptor activity / Sertoli cell proliferation / sperm ejaculation / BMP receptor activity / embryonic skeletal system development ...Regulation of signaling by NODAL / inhibin-betaglycan-ActRII complex / inhibin binding / penile erection / positive regulation of activin receptor signaling pathway / activin receptor activity / Sertoli cell proliferation / sperm ejaculation / BMP receptor activity / embryonic skeletal system development / activin receptor complex / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / Signaling by BMP / activin binding / cellular response to BMP stimulus / activin receptor signaling pathway / Signaling by Activin / Signaling by NODAL / gastrulation with mouth forming second / regulation of nitric oxide biosynthetic process / determination of left/right symmetry / anterior/posterior pattern specification / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / growth factor binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / mesoderm development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / coreceptor activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / PDZ domain binding / cellular response to growth factor stimulus / : / spermatogenesis / receptor complex / positive regulation of protein phosphorylation / phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Immunoglobulins / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Activin receptor type-2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Scheufler, C.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Blockade of activin type II receptors with a dual anti-ActRIIA/IIB antibody is critical to promote maximal skeletal muscle hypertrophy.
著者: Morvan, F. / Rondeau, J.M. / Zou, C. / Minetti, G. / Scheufler, C. / Scharenberg, M. / Jacobi, C. / Brebbia, P. / Ritter, V. / Toussaint, G. / Koelbing, C. / Leber, X. / Schilb, A. / Witte, F. ...著者: Morvan, F. / Rondeau, J.M. / Zou, C. / Minetti, G. / Scheufler, C. / Scharenberg, M. / Jacobi, C. / Brebbia, P. / Ritter, V. / Toussaint, G. / Koelbing, C. / Leber, X. / Schilb, A. / Witte, F. / Lehmann, S. / Koch, E. / Geisse, S. / Glass, D.J. / Lach-Trifilieff, E.
履歴
登録2017年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年3月11日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: chem_comp / entity_poly
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activin receptor type-2A
B: Activin receptor type-2A
H: anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv heavy-chain
I: anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv heavy-chain
L: anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv light-chain
M: anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,32310
ポリマ－80,2356
非ポリマー1,0884
水6,503361
1
A: Activin receptor type-2A
H: anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv heavy-chain
L: anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5605
ポリマ－40,1173
非ポリマー4422
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14550 Å2
手法PISA
2
B: Activin receptor type-2A
I: anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv heavy-chain
M: anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7635
ポリマ－40,1173
非ポリマー6462
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.330, 108.207, 100.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 HILM

#2: 抗体 anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv heavy-chain / MOR08159_germlined Fv


分子量: 13406.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 anti-human ActRIIB mAb BYM338 Fv light-chain / MOR08159_germlined Fv


分子量: 12513.700 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 363分子 AB

#1: タンパク質 Activin receptor type-2A / Activin receptor type IIA / ACTRIIA


分子量: 14196.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR2A, ACVR2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293-6E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P27037, receptor protein serine/threonine kinase
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate pH3.5 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99992 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99992 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 38338 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 45.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.599 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NGV

5ngv


解像度: 2.35→47.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9448 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9248 / SU R Cruickshank DPI: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.22 / SU Rfree Blow DPI: 0.182 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.182
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2083 1917 5 %RANDOM
Rwork0.1658 ---
obs0.1679 38338 97.87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.8423 Å20 Å2-3.6651 Å2
2---8.6539 Å20 Å2
3---5.8116 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.245 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→47.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4816 0 70 361 5247
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015040HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.16861HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1645SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes753HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5040HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.82
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion664SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5546SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 146 4.99 %
Rwork0.203 2777 -
all0.2047 2923 -
obs--97.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.24051.2940.07511.9216-0.24516.5312-0.19820.0437-0.1969-0.17870.0285-0.17980.09660.28390.1697-0.117-0.00540.089-0.05270.0041-0.135421.991619.840418.5369
22.8191-0.6538-0.4731.5991.20835.71850.058-0.06840.0406-0.1703-0.0816-0.0857-0.27930.13080.0236-0.10990.00640.0495-0.0251-0.0157-0.14418.9485-24.2590.7904
32.81810.1814-0.82351.6531-0.38872.4875-0.06370.0974-0.0615-0.087-0.01030.18030.0598-0.22380.0741-0.0770.0025-0.0211-0.0042-0.0199-0.07323.582720.019934.2852
43.3460.2162-1.06211.2825-0.02162.7814-0.04980.2148-0.1897-0.0001-0.08820.16550.0637-0.37060.138-0.11110.0038-0.01480.0424-0.0792-0.09870.5649-25.332616.66
51.29050.1652-0.26741.34710.90992.7605-0.04310.09230.0059-0.0086-0.00720.013-0.23740.09410.0503-0.0419-0.0072-0.0259-0.02160.0155-0.065515.742733.354846.7205
61.4294-0.5767-0.32912.11390.8122.62620.00080.13280.05980.0683-0.0550.028-0.2594-0.03220.0542-0.0346-0.0026-0.0153-0.0222-0.0056-0.075112.7485-13.078330.2326
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ I|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ L|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ M|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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