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- PDB-5aaw: Structure of a redesigned cross-reactive antibody to dengue virus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aaw
タイトルStructure of a redesigned cross-reactive antibody to dengue virus with increased in vivo potency
要素
  • DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3
  • SCFV513
キーワードVIRAL PROTEIN / SCFV DENGUE ANTIBODY ENVELOPE DOMAIN III
機能・相同性
機能・相同性情報


: / viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus ...: / viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide ...Immunoglobulin-like - #350 / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
DENGUE VIRUS (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Wong, Y. / Robinson, L. / Lescar, J. / Sasisekharan, R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2015
タイトル: Structure-Guided Design of an Anti-Dengue Antibody Directed to a Non-Immunodominant Epitope.
著者: Robinson, L.N. / Tharakaraman, K. / Rowley, K.J. / Costa, V.V. / Chan, K.R. / Wong, Y.H. / Ong, L.C. / Tan, H.C. / Koch, T. / Cain, D. / Kirloskar, R. / Viswanathan, K. / Liew, C.W. / ...著者: Robinson, L.N. / Tharakaraman, K. / Rowley, K.J. / Costa, V.V. / Chan, K.R. / Wong, Y.H. / Ong, L.C. / Tan, H.C. / Koch, T. / Cain, D. / Kirloskar, R. / Viswanathan, K. / Liew, C.W. / Tissire, H. / Ramakrishnan, B. / Myette, J.R. / Babcock, G.J. / Sasisekharan, V. / Alonso, S. / Chen, J. / Lescar, J. / Shriver, Z. / Ooi, E.E. / Sasisekharan, R.
履歴
登録2015年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2015年9月30日ID: 4UDZ
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCFV513
B: SCFV513
C: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3
D: SCFV513
E: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3
F: SCFV513
G: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3
H: SCFV513
I: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3
J: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3
K: SCFV513
L: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,72012
ポリマ－240,72012
非ポリマー00
水72140
1
A: SCFV513
C: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1202
ポリマ－40,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint0.5 kcal/mol
Surface area17300 Å2
手法PQS
2
B: SCFV513
J: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1202
ポリマ－40,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint0.5 kcal/mol
Surface area17160 Å2
手法PQS
3
D: SCFV513
E: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1202
ポリマ－40,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint0.3 kcal/mol
Surface area17090 Å2
手法PQS
4
F: SCFV513
G: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1202
ポリマ－40,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area17290 Å2
手法PQS
5
H: SCFV513
I: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1202
ポリマ－40,1202
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PQS
6
K: SCFV513
L: DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1202
ポリマ－40,1202
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint1.8 kcal/mol
Surface area17160 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.110, 131.670, 176.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.9985, 0.04857, 0.02545), (0.04779, -0.9984, 0.03034), (0.02688, -0.02907, -0.99922)-2.16, 1.28, 1.57
2given(0.9985, 0.04857, 0.02545), (0.04779, -0.9984, 0.03034), (0.02688, -0.02907, -0.99922)-2.16, 1.28, 1.57
3given(0.99118, 0.0773, 0.10764), (0.07845, -0.9969, -0.0065), (0.10681, 0.01489, -0.99417)4.12651, 0.003, -56.46233
4given(0.99118, 0.0773, 0.10764), (0.07845, -0.9969, -0.0065), (0.10681, 0.01489, -0.99417)4.12651, 0.003, -56.46233
5given(-0.98637, -0.14917, -0.06944), (0.14832, -0.98879, 0.01721), (-0.07123, 0.00668, 0.99744)37.65792, 2.50799, -31.39086
6given(-0.98637, -0.14917, -0.06944), (0.14832, -0.98879, 0.01721), (-0.07123, 0.00668, 0.99744)37.65792, 2.50799, -31.39086
7given(-0.994, -0.072, -0.077), (0.064, -0.992, 0.109), (-0.084, 0.104, 0.991)32.27873, 3.75382, 26.27884
8given(-0.994, -0.072, -0.077), (0.064, -0.992, 0.109), (-0.084, 0.104, 0.991)32.27873, 3.75382, 26.27884
9given(-1, 0.023, -0.021), (0.024, 0.999, -0.045), (0.02, -0.045, -0.999)34.60756, -0.40744, -29.97834
10given(-1, 0.023, -0.021), (0.024, 0.999, -0.045), (0.02, -0.045, -0.999)34.60756, -0.40744, -29.97834

-
要素

#1: 抗体
SCFV513


分子量: 27427.488 Da / 分子数: 6 / 断片: SCFV / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: タンパク質
DENGUE SEROTYPE 4 ENVELOPE PROTEIN DOMAIN 3


分子量: 12692.560 Da / 分子数: 6 / 断片: D3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DENGUE VIRUS (デング熱ウイルス)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6YFR6*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.48 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月20日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→105.53 Å / Num. obs: 31554 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 3.27→3.45 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UD3

4ud3
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.27→48.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 35.888 / SU ML: 0.547 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.618 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26258 1618 5.1 %RANDOM
Rwork0.22661 ---
obs0.22847 30349 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.975 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.27→48.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15068 0 0 40 15108
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0215436
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0214398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4941.94620933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.24333217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7251929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.53324.288667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.929152607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9691589
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.22287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02117511
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8575.0627761
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.855.0627760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8727.5789675
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8035.3287675
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.273→3.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 118 -
Rwork0.316 2209 -
obs--99.36 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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