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- PDB-5ooi: STRUCTURE OF PROTEIN KINASE CK2 CATALYTIC SUBUNIT (ISOFORM CK2ALP... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 5ooi
タイトルSTRUCTURE OF PROTEIN KINASE CK2 CATALYTIC SUBUNIT (ISOFORM CK2ALPHA') IN COMPLEX WITH THE INDENOINDOLE-TYPE INHIBITOR 4P
要素Casein kinase II subunit alpha'
キーワードTRANSFERASE / protein kinase CK2 / casein kinase 2 / indenoindole-type inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of mitophagy / regulation of chromosome separation / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / acrosomal vesicle / liver regeneration / Signal transduction by L1 / cerebral cortex development / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / chromatin / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9YE / ACETATE ION / Casein kinase II subunit alpha'
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å
データ登録者Hochscherf, J. / Lindenblatt, D. / Witulski, B. / Birus, R. / Aichele, D. / Marminon, C. / Bouaziz, Z. / Le Borgne, M. / Jose, J. / Niefind, K.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationNI 643/4-2 ドイツ
引用
ジャーナル: Pharmaceuticals (Basel) / 年: 2017
タイトル: Unexpected Binding Mode of a Potent Indeno[1,2-b]indole-Type Inhibitor of Protein Kinase CK2 Revealed by Complex Structures with the Catalytic Subunit CK2 alpha and Its Paralog CK2 alpha '.
著者: Hochscherf, J. / Lindenblatt, D. / Witulski, B. / Birus, R. / Aichele, D. / Marminon, C. / Bouaziz, Z. / Le Borgne, M. / Jose, J. / Niefind, K.
#1: ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of the human protein kinase CK2 catalytic subunit CK2alpha' and interaction thermodynamics with the regulatory subunit CK2beta
著者: Bischoff, N. / Olsen, B. / Raaf, J. / Bretner, M. / Issinger, O.G. / Niefind, K.
#2: ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. / 年: 2012
タイトル: Indeno[1,2-b]indole derivatives as a novel class of potent human protein kinase CK2 inhibitors.
著者: Hundsdoerfer, C. / Hemmerling, H.J. / Goetz, C. / Totzke, F. / Bednarski, P. / Le Borgne, M. / Jose, J.
履歴
登録2017年8月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年10月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 3.02018年10月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site_gen
Item: _atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id ..._atom_site.label_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 3.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha'
B: Casein kinase II subunit alpha'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,93212
ポリマ－85,7602
非ポリマー1,17210
水7,981443
1
A: Casein kinase II subunit alpha'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5718
ポリマ－42,8801
非ポリマー6917
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Casein kinase II subunit alpha'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3614
ポリマ－42,8801
非ポリマー4823
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.488, 112.128, 143.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha' / CK II alpha'


分子量: 42879.867 Da / 分子数: 2 / 変異: C336S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A2, CK2A2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19784, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 5種, 453分子

#2: 化合物 ChemComp-9YE / 4-(3-methylbut-2-enoxy)-5-propan-2-yl-7,8-dihydro-6~{H}-indeno[1,2-b]indole-9,10-dione / 4-(3-メチル-2-ブテニルオキシ)-5-イソプロピル-5,6,7,8-テトラヒドロインデノ[1,2-b]インド-ル(以下略)


分子量: 363.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25NO3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 90 MIKROLITER ENZYME STOCK SOLUTION (5 MG/ML IN 500 MM NACL, 25 MM TRIS/HCL, PH 8.5) WAS MIXED WITH 10 MIKROLITER 4P STOCK SOLUTION (10 MM 4P IN DMSO). THIS MIXTURE WAS INCUBATED FOR 30 MIN ...詳細: 90 MIKROLITER ENZYME STOCK SOLUTION (5 MG/ML IN 500 MM NACL, 25 MM TRIS/HCL, PH 8.5) WAS MIXED WITH 10 MIKROLITER 4P STOCK SOLUTION (10 MM 4P IN DMSO). THIS MIXTURE WAS INCUBATED FOR 30 MIN AT ROOM TEMPERATURE. THE RESERVOIR SOLUTION OF THE CRYSTALLIZATION EXPERIMENT WAS 25 % (W/ V) PEG3350, 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M HEPES BUFFER, PH 8.5. PRIOR TO EQUILIBRATION THE CRYSTALLIZATION DROP WAS COMPOSED OF 1 MIKROLITER RESERVOIR SOLUTION PLUS 1 MIKROLITER ENZYME/4P MIXTURE., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.998→71.48 Å / Num. obs: 51742 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 24.98 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rsym value: 0.177 / Net I/σ(I): 7.39
反射 シェル解像度: 1.998→2.07 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.191 / Mean I/σ(I) obs: 1.41 / Num. unique obs: 4979 / CC1/2: 0.673 / Rsym value: 1.191 / % possible all: 97.59

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OFM

3ofm


解像度: 1.998→71.48 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 23.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 1041 2.01 %
Rwork0.1738 --
obs0.1748 51726 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.998→71.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5513 0 83 443 6039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1247759
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5223542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067795
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008994
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9982-2.10360.28341490.2227030X-RAY DIFFRACTION98
2.1036-2.23540.25321380.21057139X-RAY DIFFRACTION100
2.2354-2.4080.29021160.19537214X-RAY DIFFRACTION100
2.408-2.65030.25731530.18287183X-RAY DIFFRACTION100
2.6503-3.03380.23681560.1757256X-RAY DIFFRACTION100
3.0338-3.82220.19631750.15697269X-RAY DIFFRACTION100
3.8222-71.89240.18721540.15837594X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23230.1180.25420.74120.3761.3097-0.0843-0.14960.43760.01150.0562-0.0568-0.3003-0.01690.00440.1930.00120.01270.1723-0.03930.1796-13.5621.02317.6079
21.3788-0.1498-0.09630.83880.12030.50050.0522-0.5728-0.24240.1644-0.0053-0.04710.0497-0.04580.01970.1362-0.0030.01010.23890.01860.1118-22.3793-14.73813.5303
31.3167-0.3291-0.12511.9852-0.54521.53540.0635-0.1804-0.62520.1075-0.00220.07450.184-0.3406-0.05090.1918-0.0607-0.00780.23730.060.3089-30.7448-24.46019.388
42.9854-0.55170.81343.1852-0.11626.6036-0.0320.5018-0.2413-0.2926-0.1479-0.3661-0.02630.63150.00290.1565-0.02610.02480.198-0.0880.1981-19.6671-18.3-3.5278
52.83211.5991-0.87184.4094-0.62491.9472-0.132-0.1541-0.6132-0.14490.0078-0.16960.37920.12270.14350.23940.04740.00370.340.00890.3291-14.8673-22.737545.0024
61.4722-0.4785-0.13241.09660.28411.4167-0.0606-0.0527-0.25070.0437-0.01770.02980.1303-0.06840.07150.1535-0.02340.02650.2788-0.02040.1755-28.0893-9.631944.4613
72.05560.23850.25480.95050.81522.0486-0.0467-0.07210.1034-0.0240.01330.0126-0.3531-0.1016-0.08350.20960.02780.01740.2642-0.06110.1936-33.25723.962942.2091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 174 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 175 through 250 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 251 through 305 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 306 through 333 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 7 through 109 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 110 through 250 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 251 through 333 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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