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万見
- PDB-5ngv: CRYSTAL STRUCTURE OF THE Activin receptor type-2B LIGAND BINDING ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ngv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE Activin receptor type-2B LIGAND BINDING DOMAIN IN COMPLEX WITH BIMAGRUMAB FV, ORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM
要素
  • Activin receptor type-2B
  • anti-human ActRIIB mAb BYM338 heavy-chain
  • anti-human ActRIIB mAb BYM338 light-chain
キーワードTRANSFERASE / three-finger toxin fold / antibody Fv fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of signaling by NODAL / activin receptor activity / activin receptor activity, type II / lymphatic endothelial cell differentiation / positive regulation of activin receptor signaling pathway / venous blood vessel development / lymphangiogenesis / trophoblast cell migration / retina vasculature development in camera-type eye / embryonic foregut morphogenesis ...Regulation of signaling by NODAL / activin receptor activity / activin receptor activity, type II / lymphatic endothelial cell differentiation / positive regulation of activin receptor signaling pathway / venous blood vessel development / lymphangiogenesis / trophoblast cell migration / retina vasculature development in camera-type eye / embryonic foregut morphogenesis / activin receptor complex / artery development / receptor protein serine/threonine kinase / pattern specification process / activin binding / Signaling by BMP / Signaling by Activin / activin receptor signaling pathway / Signaling by NODAL / gastrulation with mouth forming second / pancreas development / kinase activator activity / determination of left/right symmetry / negative regulation of ossification / anterior/posterior pattern specification / negative regulation of cold-induced thermogenesis / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / insulin secretion / skeletal system morphogenesis / organ growth / growth factor binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / mesoderm development / roof of mouth development / blood vessel remodeling / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of osteoblast differentiation / response to glucose / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / lung development / post-embryonic development / kidney development / cellular response to growth factor stimulus / heart development / intracellular iron ion homeostasis / receptor complex / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Activin receptor type-2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
Model detailsORTHORHOMBIC CRYSTAL FORM
データ登録者Rondeau, J.-M. / Lehmann, S.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Blockade of activin type II receptors with a dual anti-ActRIIA/IIB antibody is critical to promote maximal skeletal muscle hypertrophy.
著者: Morvan, F. / Rondeau, J.-M. / Zou, C. / Minetti, G. / Scheufler, C. / Scharenberg, M. / Jacobi, C. / Brebbia, P. / Ritter, V. / Toussaint, G. / Koelbing, C. / Leber, X. / Schilb, A. / Witte, ...著者: Morvan, F. / Rondeau, J.-M. / Zou, C. / Minetti, G. / Scheufler, C. / Scharenberg, M. / Jacobi, C. / Brebbia, P. / Ritter, V. / Toussaint, G. / Koelbing, C. / Leber, X. / Schilb, A. / Witte, F. / Lehmann, S. / Koch, E. / Geisse, S. / Glass, D.J. / Lach-Trifilieff, E.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activin receptor type-2B
H: anti-human ActRIIB mAb BYM338 heavy-chain
L: anti-human ActRIIB mAb BYM338 light-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7454
ポリマ－37,5503
非ポリマー1941
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.100, 114.170, 117.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-318-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Activin receptor type-2B / Activin receptor type IIB / ACTR-IIB


分子量: 11646.901 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: expressed as thioredoxin-His6-fusion protein with a PreScission cleavage site after the His-tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Shuffle
参照: UniProt: Q13705, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 抗体 anti-human ActRIIB mAb BYM338 heavy-chain


分子量: 13406.904 Da / 分子数: 1 / 断片: VH / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: periplasmic expression / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): W3110
#3: 抗体 anti-human ActRIIB mAb BYM338 light-chain


分子量: 12496.670 Da / 分子数: 1 / 断片: VL / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: periplasmic expression / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): W3110
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.4 / 詳細: 0.1M PHOSPHATE-CITRATE, 40% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→17.05 Å / Num. obs: 28674 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.439 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / Rmerge F obs: 0.146 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 14.23 / Num. measured all: 127273 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.054.3310.622.1820720.706100
2.05-2.114.4760.5232.6520360.59499.9
2.11-2.174.4950.443.2119940.49999.9
2.17-2.244.4630.3613.8919310.40999.8
2.24-2.314.5070.2824.9418890.3299.9
2.31-2.394.4830.2575.2918070.29199.9
2.39-2.484.4860.226.1717620.2599.9
2.48-2.584.50.1787.5716870.20199.9
2.58-2.74.5010.1399.4316260.15899.9
2.7-2.834.4640.10811.7315580.12399.8
2.83-2.984.4880.08514.8414540.09699.9
2.98-3.164.4570.06618.9714090.07599.9
3.16-3.384.4410.04924.2213300.05699.8
3.38-3.654.4710.03731.2312440.04399.8
3.65-44.3820.03334.9211300.03899.6
4-4.474.3970.03138.9610380.03599.5
4.47-5.164.3480.02941.339280.03399.3
5.16-6.324.3240.02938.557820.03399.2
6.32-8.944.1740.02839.426270.03299.7
8.94-17.053.7760.02442.363700.02998.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.05 Å
Translation2.5 Å41.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER1.3.1位相決定
BUSTER2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H64

2h64


解像度: 2→17.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9368 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9259 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Blow DPI: 0.122 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.121
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1982 1431 5 %RANDOM
Rwork0.1768 ---
obs0.1779 28614 99.82 %-
原子変位パラメータBiso max: 144.94 Å2 / Biso mean: 43.57 Å2 / Biso min: 22.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.2596 Å20 Å20 Å2
2---15.272 Å20 Å2
3---8.0124 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.224 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→17.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2469 0 13 174 2656
Biso mean--45.76 46.11 -
残基数----319
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d854SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes61HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes377HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2555HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion317SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2898SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2555HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3465HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.55
LS精密化 シェル解像度: 2→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2238 147 4.99 %
Rwork0.2122 2799 -
all0.2128 2946 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.74181.1340.48694.15041.04173.5502-0.1370.2233-0.4642-0.41310.4762-0.6070.14550.527-0.3392-0.0718-0.01410.0691-0.1344-0.1178-0.051611.83276.699718.3884
22.1670.913-0.1531.7276-0.0161.2748-0.06680.22080.1195-0.08360.11990.0004-0.09-0.0862-0.0531-0.07630.00730.0090.0260.0119-0.07868.870229.330824.2272
31.70640.06470.20220.84040.33662.3675-0.0021-0.2577-0.09680.04290.0055-0.07120.01750.0535-0.0034-0.07130.0026-0.00950.0360.0152-0.07942.527121.780243.7457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A25 - 117
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|* }H1 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3{ L|* }L1 - 112

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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