PDB-5nc2: ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDEL-NH2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nc2

タイトル

ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PPPPTEDEL-NH2

要素

Ac-[2-Cl-F]PPPPTEDEL-NH2
Protein enabled homolog

キーワード

CELL ADHESION / proline-rich motif / ActA / protein-protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

actin polymerization-dependent cell motility / WW domain binding / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / Generation of second messenger molecules / filopodium / axon guidance / SH3 domain binding / lamellipodium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Barone, M. / Roske, Y.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Designed nanomolar small-molecule inhibitors of Ena/VASP EVH1 interaction impair invasion and extravasation of breast cancer cells.
著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, ...

履歴

登録	2017年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年10月26日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb5nc2.ent.gz	89 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5nc2_validation.pdf.gz	465.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nc2_full_validation.pdf.gz	468.3 KB	表示
XML形式データ	5nc2_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	5nc2_validation.cif.gz	19.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n91C 5n9cSC 5n9pC 5najC 5nbfC 5nbxC 5nc7C 5ncfC 5ncgC 5ncpC 5nd0C 5nduC 5negC 6rcfC 6rcjC 6rd2C 6xvtC 6xxrC 7a5mC 7akiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5b1w-4 5nd0-1 7lk3-2 2ogb-1 6rd2-1 1o4j-d 5nc7-1 5nc7-2 3mxp-d 5naj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein enabled homolog

B: Protein enabled homolog

I: Ac-[2-Cl-F]PPPPTEDEL-NH2

J: Ac-[2-Cl-F]PPPPTEDEL-NH2

ヘテロ分子

28.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein enabled homolog

I: Ac-[2-Cl-F]PPPPTEDEL-NH2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Tetramerization of Ena/VASP is mediated by EVH2 domain (Bachmann1999)
14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein enabled homolog

J: Ac-[2-Cl-F]PPPPTEDEL-NH2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.781, 44.024, 34.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein enabled homolog / ENAH EVH1 分子量: 12628.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENAH, MENA / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold pLysS AG / 参照: UniProt: Q8N8S7
#2: タンパク質・ペプチド	Ac-[2-Cl-F]PPPPTEDEL-NH2 分子量: 1199.716 Da / 分子数: 2 Fragment: ActA-derived 10-mer Ac-FPPPPTEDEL-NH2 with acetylated (Ac) and amidated (NH2) termini. Phe is substitued by 2-chloro-L-Phe. 由来タイプ: 合成詳細: As there is no monomer code for 2-chloro-L-phenylalanine, the acetylated 2-Cl-Phe was linked to a polymer 由来: (合成) Listeria monocytogenes (バクテリア) / 参照: UniProt: P33379*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化	温度: 300.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.2M ammonium sulfate, 500mM ammonium nitrate / Temp details: Incubator

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→42.112 Å / Num. obs: 29131 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 2.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 10.23
反射シェル	解像度: 1.58→1.68 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.47 / Num. unique obs: 4618 / CC_1/2: 0.605 / R_rim(I) all: 0.975 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N9C

5n9c

解像度: 1.58→42.1 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.62

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2451	1456	5 %
R_work	0.1989	-	-
obs	0.2012	29120	96.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→42.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1876	0	29	182	2087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2047
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.166	2781
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.596	1582
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	284
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58-1.6362	0.3641	141	0.339	2686	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6362-1.7017	0.3698	144	0.2968	2751	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7017-1.7791	0.2748	145	0.2471	2754	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7791-1.8729	0.29	146	0.2329	2766	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8729-1.9903	0.2513	146	0.2141	2776	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9903-2.1439	0.2787	146	0.2016	2776	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1439-2.3597	0.2315	146	0.1896	2757	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3597-2.7011	0.2565	146	0.1948	2789	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7011-3.4028	0.2077	147	0.175	2796	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4028-42.1	0.2168	149	0.1747	2813	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0011	0.0018	-0.0079	0.0023	0.0096	0.0023	0.0463	-0.0195	-0.0173	-0.0119	0.0289	0.0076	-0.008	0.0349	0	0.0542	-0.0128	-0.0039	0.0623	0.0276	0.0602	15.1919	-26.5911	15.228
2	0.0004	0.001	0.0001	0.0002	-0	0.0009	-0.0096	-0.0087	-0.0025	0.0059	-0.0128	0.0007	0.0012	-0.006	0	0.1017	-0.0772	-0.0417	0.1085	-0.0004	0.0631	25.9019	-14.5873	17.7829
3	-0.0012	0.0035	0.0042	0.0001	-0.0012	-0.0014	0.0153	0.0199	-0.0316	0.0087	-0.058	0.0314	0.0019	-0.0624	-0	-0.0912	0.0393	-0.2091	0.0505	0.0774	-0.2222	9.1829	-26.8481	13.9009
4	0.0083	0.0232	0.0026	0.0151	0.0023	0.0031	0.0289	0.0182	-0.062	0.0422	-0.0107	-0.0125	0.0034	-0.0286	0	0.0704	-0.008	0.0042	0.0713	0.0097	0.0582	16.6332	-24.9006	12.5307
5	0.0021	0.0032	-0.0011	0.0037	-0.004	0.0075	-0.0554	0.0274	0.026	-0.0395	-0.0308	-0.015	0.0313	-0.0504	-0	0.0824	-0.0218	-0.0115	-0.2033	0.1123	0.032	18.5886	-27.3231	8.2122
6	-0.0013	-0.004	-0.0022	-0.0001	-0.0009	0.0008	-0.0009	0.0282	0.0194	-0.0051	0.0246	0.0164	-0.0095	0.0321	-0	0.0495	0.0025	0.011	0.0409	0.011	0.0506	13.8204	-46.9317	26.4346
7	0.0007	-0.0012	-0.0004	0.0004	0.0009	0.0008	-0.0098	-0.0101	-0.0047	-0.0072	-0.0162	-0.0027	-0.0036	0.0032	-0	0.0946	0.0421	0.0256	0.0347	0.031	0.0504	23.8414	-58.9664	28.4247
8	0	0.0015	-0.0011	0.0037	0.0034	-0.0024	-0.004	-0.0046	0.006	0.0024	-0.016	-0.0267	0.019	-0.058	0	0.064	-0.0064	0.0117	0.0928	0.0193	0.0956	10.5942	-45.1126	23.38
9	0.0015	-0.0018	0.0009	-0.0007	-0.0021	0.0004	-0.0044	-0.0002	0.0043	-0.0206	-0.0416	0.0268	0.0029	-0.0039	-0	-0.0361	-0.0002	0.0988	0.1226	0.0225	-0.0485	4.6594	-47.654	25.0281
10	0.0017	-0.0009	0.001	0.0015	-0.0005	0.0016	0.0314	0.0129	-0.0177	-0.0247	0.0008	0.0188	0.0136	-0.0053	-0	0.1198	0.009	0.0288	0.1102	0.0096	0.0619	12.4754	-50.1383	19.5408
11	0.0033	-0.0016	0.0029	-0.0001	-0.0074	0.0057	-0.03	-0.0132	-0.0261	0.0374	0.0072	-0.0394	-0.0072	-0.035	0	0.0713	-0.0144	0.0133	0.0637	0.0231	0.0851	14.2074	-50.4807	36.5627
12	0.0034	-0.0005	0.0014	0.0022	-0.0002	0.0015	-0.0217	0.0057	-0.0281	0.0675	0.0089	-0.0274	-0.0444	0.0265	-0	0.0838	-0.0025	0.0086	0.0355	0.0097	0.0536	12.354	-42.1094	33.6832
13	0.0013	-0.0013	0.0039	0.0015	-0.0053	0.0142	-0.0012	0.0005	-0.0116	0.0054	-0.0029	-0.0063	0.0032	-0.0012	0	0.1427	-0.0487	0.0141	0.2096	-0.0223	0.1518	31.9888	-22.4136	15.5259
14	0.0011	0.0003	-0.0017	-0.0006	-0.0004	0.0033	-0.0153	-0.0098	0.0085	-0.0089	-0.0112	-0.0064	-0.0015	-0.0039	-0	0.1	0.0012	0.0081	0.1814	0.0605	0.2086	28.7181	-51.7406	30.4376

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 28 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 29 through 52 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 76 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 77 through 111 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 3 through 17 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 18 through 28 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 29 through 40 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 41 through 52 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 53 through 63 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 64 through 85 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 86 through 111 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'I' and (resid 2 through 8 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'J' and (resid 2 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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