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- PDB-5n9b: Crystal Structure of unliganded human IL-17RA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n9b
タイトルCrystal Structure of unliganded human IL-17RA
要素Interleukin-17 receptor A
キーワードSIGNALING PROTEIN / Fibronectin type III
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-17 receptor activity / granulocyte chemotaxis / Interleukin-17 signaling / T-helper 17 type immune response / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production ...interleukin-17 receptor activity / granulocyte chemotaxis / Interleukin-17 signaling / T-helper 17 type immune response / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / fibroblast activation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / defense response to fungus / protein catabolic process / positive regulation of interleukin-6 production / response to virus / positive regulation of inflammatory response / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / innate immune response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 2 / Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin 17 receptor D / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain ...Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 2 / Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin 17 receptor D / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain / SEFIR domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-17 receptor A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rondeau, J.-M. / Goepfert, A.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: IL-17-induced dimerization of IL-17RA drives the formation of the IL-17 signalosome to potentiate signaling.
著者: Goepfert, A. / Barske, C. / Lehmann, S. / Wirth, E. / Willemsen, J. / Gudjonsson, J.E. / Ward, N.L. / Sarkar, M.K. / Hemmig, R. / Kolbinger, F. / Rondeau, J.M.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32022年11月2日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-17 receptor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0845
ポリマ－33,2001
非ポリマー8854
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.593, 71.685, 105.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-17 receptor A / IL-17RA / CDw217


分子量: 33199.617 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain, UNP rsidues 33-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17RA, IL17R / プラスミド: pRS5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96F46
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: Tris-HCl, PEG 2000 MME, lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→59.27 Å / Num. obs: 24921 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.263 % / Biso Wilson estimate: 31.43 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.115 / Χ2: 0.931 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 156084 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.956.5311.1251.7318070.6841.22399.9
1.95-26.4980.872.3617580.8140.94899.8
2-2.066.3910.7362.7817350.8370.802100
2.06-2.126.2680.5943.517000.8950.649100
2.12-2.195.9870.4744.2115940.9030.52199.9
2.19-2.276.2110.4035.0815660.9330.44199.9
2.27-2.366.60.3516.1415440.9470.38399.9
2.36-2.456.5510.2966.9614490.9550.322100
2.45-2.566.4130.2438.3614230.9660.26599.8
2.56-2.696.3560.19610.6713390.9770.21599.6
2.69-2.836.0110.15812.8412870.9860.17499.8
2.83-36.2790.12415.8612090.9890.13699.8
3-3.216.5980.08820.7211570.9950.09699.9
3.21-3.476.3470.07324.4310730.9950.07999.9
3.47-3.86.0850.0627.1910010.9960.06699.3
3.8-4.255.5670.05328.799010.9970.05999.3
4.25-4.916.0270.04433.298170.9970.04899.8
4.91-6.015.9990.04631.526950.9970.05199.4
6.01-8.55.3410.04829.55400.9960.05397.6
8.5-59.275.1290.04235.113260.9980.04897

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HSA

4hsa


解像度: 1.9→59.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.144 / SU Rfree Blow DPI: 0.138 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.133
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1246 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 24918 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 145.08 Å2 / Biso mean: 38.76 Å2 / Biso min: 18.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.4562 Å20 Å20 Å2
2--6.132 Å20 Å2
3---2.3242 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→59.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1989 0 56 189 2234
Biso mean--59.44 45.98 -
残基数----244
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d730SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes51HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes306HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2109HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion284SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2304SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2109HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2877HARMONIC21.1
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.3
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 137 4.97 %
Rwork0.227 2618 -
all0.228 2755 -
obs--99.82 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.9972 Å / Origin y: -19.7529 Å / Origin z: 17.5814 Å
111213212223313233
T-0.0475 Å2-0.0038 Å2-0.0243 Å2--0.0188 Å2-0.0109 Å2---0.1011 Å2
L0.3594 °20.3473 °2-0.2233 °2-1.6146 °2-0.7511 °2--0.607 °2
S-0.0198 Å °0.059 Å °0.0053 Å °-0.1848 Å °-0.0109 Å °0.0561 Å °0.0673 Å °0.0139 Å °0.0307 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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