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- PDB-4hsa: Structure of interleukin 17a in complex with il17ra receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hsa
タイトルStructure of interleukin 17a in complex with il17ra receptor
要素
  • Interleukin-17 receptor A
  • Interleukin-17A
キーワードIMMUNE SYSTEM/PROTEIN BINDING / cytokine receptor / glycosylation / IMMUNE SYSTEM-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-17 receptor activity / positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte chemotaxis / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / T-helper 17 type immune response / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production ...interleukin-17 receptor activity / positive regulation of interleukin-16 production / granulocyte chemotaxis / granulocyte migration / positive regulation of antimicrobial peptide production / Interleukin-17 signaling / T-helper 17 type immune response / cell death / interleukin-17A-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / negative regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / interleukin-17-mediated signaling pathway / intestinal epithelial structure maintenance / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / fibroblast activation / positive regulation of bicellular tight junction assembly / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / keratinocyte proliferation / cellular response to interleukin-1 / defense response to fungus / keratinocyte differentiation / Notch signaling pathway / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / cytokine activity / protein catabolic process / response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell-cell signaling / defense response to Gram-negative bacterium / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / gene expression / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / inflammatory response / protein heterodimerization activity / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 2 / Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin 17 receptor D / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain ...Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 2 / Interleukin-17 receptor A/B, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 1 superfamily / Interleukin-17 receptor A/B, FnIII-like domain 2 superfamily / Interleukin-17 receptor, fibronectin-III-like domain 1 / Interleukin 17 receptor D / Interleukin-17 receptor-like / SEFIR domain / SEFIR domain / SEFIR domain profile. / Interleukin-17, chordata / Interleukin-17 family / Interleukin-17 / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-17A / Interleukin-17 receptor A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Liu, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of interleukin 17A and its complex with IL-17 receptor A.
著者: Liu, S. / Song, X. / Chrunyk, B.A. / Shanker, S. / Hoth, L.R. / Marr, E.S. / Griffor, M.C.
履歴
登録2012年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-17A
B: Interleukin-17A
C: Interleukin-17 receptor A
D: Interleukin-17A
E: Interleukin-17A
F: Interleukin-17 receptor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,14511
ポリマ－126,1966
非ポリマー2,9495
水905
1
A: Interleukin-17A
B: Interleukin-17A
C: Interleukin-17 receptor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9316
ポリマ－63,0983
非ポリマー1,8333
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11520 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA
2
D: Interleukin-17A
E: Interleukin-17A
F: Interleukin-17 receptor A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2145
ポリマ－63,0983
非ポリマー1,1162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10570 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.710, 138.710, 179.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABDECF

#1: タンパク質
Interleukin-17A / IL-17 / IL-17A / Cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 8 / CTLA-8


分子量: 14120.848 Da / 分子数: 4 / 変異: N45D, C106S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17A, CTLA8, IL17 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16552
#2: タンパク質 Interleukin-17 receptor A / IL-17 receptor A / IL-17RA / CDw217


分子量: 34856.297 Da / 分子数: 2 / 変異: N175D, N234D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL17RA, IL17R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96F46

-
糖 , 4種, 5分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 5分子

#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.83 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→100 Å / Num. obs: 34990 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 97.66 Å2

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→43.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9205 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8877 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2315 1774 5.07 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.1891 32406 99.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 106.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.2764 Å20 Å20 Å2
2---11.2764 Å20 Å2
3---22.5527 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.674 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→43.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7830 0 196 5 8031
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018289HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3111345HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2842SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes201HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1186HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8289HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion24
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1125SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8885SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.24 Å / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3115 154 5.47 %
Rwork0.2323 2662 -
all0.2366 2816 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80960.1365-0.59912.62761.17134.08120.2538-0.0419-0.36030.3029-0.18440.28010.5105-0.3158-0.0694-0.3285-0.126-0.021-0.06780.0041-0.392-58.373442.9358-33.2586
21.56271.01021.02263.45872.05875.11660.31210.1821-0.0394-0.1338-0.15960.145-0.1462-0.3417-0.1525-0.41740.00680.0675-0.07320.0155-0.429-52.946552.394-35.6823
31.10560.79280.61933.16031.54092.69690.35650.0243-0.42650.45230.0003-0.45260.5770.3635-0.3568-0.54080.1002-0.1562-0.2621-0.053-0.5712-36.214642.0479-34.7152
43.03650.4268-0.08293.21580.27857.4173-0.0946-0.30190.0430.12840.15830.73580.0695-1.1046-0.0637-0.31210.05040.05280.15840.16520.1288-80.779258.709-64.8682
52.7884-0.1431-0.50042.3805-0.54757.38980.1568-0.15520.12130.01390.33760.25090.1031-0.1988-0.4944-0.35540.0102-0.0124-0.13320.0563-0.0691-70.458.3355-68.9809
62.51550.1594-1.48751.6543-0.66785.1270.3642-0.14610.96420.39030.29070.4405-1.2441-0.3766-0.6549-0.43650.1540.1656-0.71390.0422-0.3677-70.237478.0096-68.0738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A17 - 131
2X-RAY DIFFRACTION2B19 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 273
4X-RAY DIFFRACTION4D20 - 131
5X-RAY DIFFRACTION5E19 - 127
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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