PDB-5n4j: human Fab fragment 10C3 against NHBA from Neisseria meningitidis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n4j

タイトル

human Fab fragment 10C3 against NHBA from Neisseria meningitidis

要素

HEAVY CHAIN
LIGHT CHAIN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab fragment / antibody / human

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.503 Å

データ登録者

Maritan, M. / Malito, E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of human Fabs targeting the Bexsero meningococcal vaccine antigen NHBA.
著者: Maritan, M. / Cozzi, R. / Lo Surdo, P. / Veggi, D. / Bottomley, M.J. / Malito, E.

履歴

登録	2017年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.3	2019年4月3日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n4j.cif.gz	200.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n4j.ent.gz	158.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/5n4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/5n4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n4gC 4h8wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gsd-d 5y9k-d 6meg-d 4trp-d 6wyr-2 5kg9-2 4yo0-1 3piq-4 4x8j-2 4m5y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: LIGHT CHAIN

H: HEAVY CHAIN

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.910, 79.830, 82.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	LIGHT CHAIN 分子量: 22766.080 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRS5a / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	HEAVY CHAIN 分子量: 27319.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the sequence provided include the cleavable tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRS5a / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.17 M ammonium sulfate, 15% v/v glycerol, 25.5% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979788 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.503→32.19 Å / Num. obs: 73404 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05052 / R_pim(I) all: 0.03079 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 14.88
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / CC_1/2: 0.521 / R_rim(I) all: 1.16 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4H8W

4h8w

解像度: 1.503→32.19 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2115	3669	5 %
R_work	0.1788	-	-
obs	0.1805	73375	98.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.503→32.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3130	0	0	701	3831

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3241
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.272	4427
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.579	1144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	566

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5031-1.5229	0.3419	130	0.3339	2455	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5229-1.5438	0.3537	139	0.2935	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5438-1.5658	0.2897	140	0.2818	2674	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5658-1.5892	0.2851	141	0.2688	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5892-1.614	0.2779	141	0.2556	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.614-1.6405	0.2995	139	0.2423	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6405-1.6688	0.2812	141	0.234	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6688-1.6991	0.2619	141	0.221	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6991-1.7318	0.2812	141	0.2126	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7318-1.7671	0.2222	142	0.2079	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7671-1.8055	0.2303	139	0.1967	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8055-1.8475	0.263	142	0.1959	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8475-1.8937	0.2265	141	0.1853	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8937-1.9449	0.1905	141	0.1786	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9449-2.0022	0.2218	141	0.1817	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0022-2.0668	0.2224	141	0.1691	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0668-2.1406	0.2073	141	0.1727	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1406-2.2263	0.22	142	0.1748	2702	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2263-2.3276	0.2153	142	0.1809	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3276-2.4503	0.2537	142	0.1782	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4503-2.6037	0.2423	142	0.1858	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6037-2.8047	0.1976	143	0.1803	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8047-3.0867	0.2182	142	0.1737	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0867-3.5329	0.1869	144	0.1612	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5329-4.4492	0.1601	145	0.1439	2751	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4492-32.1974	0.168	146	0.1529	2788	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.0932 Å / Origin y: -17.7426 Å / Origin z: 5.101 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1235 Å²	0.0041 Å²	0.0076 Å²	-	0.1607 Å²	0.0033 Å²	-	-	0.1389 Å²
L	0.2623 °²	0.1026 °²	0.1285 °²	-	0.6177 °²	-0.06 °²	-	-	0.3595 °²
S	-0.027 Å °	-0.0089 Å °	0.0231 Å °	-0.037 Å °	0.0132 Å °	0.0161 Å °	-0.044 Å °	-0.0404 Å °	0.0122 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)