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- PDB-5n2a: METHYL-COENZYME M REDUCTASE III FROM METHANOTORRIS FORMICICUS TRI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n2a
タイトルMETHYL-COENZYME M REDUCTASE III FROM METHANOTORRIS FORMICICUS TRIGONAL FORM
要素
  • (Methyl-coenzyme M reductase, ...) x 2
  • Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION / BINDING SITES / CATALYSIS / COENZYMES / DISULFIDES / HYDROGEN / HYDROGEN BONDING / LIGANDS / MESNA / METALLOPORPHYRINS / METHANE / METHANOCOCCALES / NICKEL / OXIDATION-REDUCTION / OXIDOREDUCTASES / PHOSPHOTHREONINE / PROTEIN CONFORMATION / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STRUCTURE / THERMOPHILE / AUTOTROPH / HYDROXY-TRYPTOPHANE
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit ...Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 1 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, N-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, ferredoxin-like fold / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 2 / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, N-terminal domain / Lambda Exonuclease; Chain A / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / FACTOR 430 / : / Coenzyme B / Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha / Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma / Methyl-coenzyme M reductase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Methanotorris formicicus Mc-S-70 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wagner, T. / Wegner, C.E. / Ermler, U. / Shima, S.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2017
タイトル: Phylogenetic and Structural Comparisons of the Three Types of Methyl Coenzyme M Reductase from Methanococcales and Methanobacteriales.
著者: Wagner, T. / Wegner, C.E. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年4月24日Group: Atomic model / Data collection / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / pdbx_database_proc
Item: _atom_site.occupancy / _citation.journal_abbrev ..._atom_site.occupancy / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.title
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha
B: Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit
C: Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,5088
ポリマ－138,9973
非ポリマー1,5115
水00
1
A: Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha
B: Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit
C: Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit
ヘテロ分子

A: Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha
B: Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit
C: Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)281,01616
ポリマ－277,9946
非ポリマー3,02210
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area55190 Å2
ΔGint-289 kcal/mol
Surface area61970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.699, 127.699, 160.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

K

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase subunit alpha


分子量: 61180.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: IN CHAIN A, RESIDUE 260 IS A N1-METHYLHISTIDINE. RESIDUE 274 IS A C5-(S)-METHYLARGININE. RESIDUE 402 IS A C2-(S)-METHYLGLUTAMINE. RESIDUE 429 IS A POSSIBLE 6-HYDROXY-TRYPTOPHANE. RESIDUE 447 IS A THIOGLYCINE.
由来: (天然) Methanotorris formicicus Mc-S-70 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: DSMZ / Variant: Wild-type / 組織: /
参照: UniProt: H1KXL5, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

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Methyl-coenzyme M reductase, ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit


分子量: 47541.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanotorris formicicus Mc-S-70 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: DSMZ / Variant: Wild-type / 組織: /
参照: UniProt: H1KXL9, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質 Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit


分子量: 30274.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Methanotorris formicicus Mc-S-70 (古細菌)
細胞株: / / 器官: / / Plasmid details: DSMZ / Variant: Wild-type / 組織: /
参照: UniProt: H1KXL6, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

-
非ポリマー , 5種, 5分子

#4: 化合物 ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2
#5: 化合物 ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン


分子量: 343.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS
#6: 化合物 ChemComp-F43 / FACTOR 430


分子量: 906.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H51N6NiO13
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 % / 解説: Yellow cubic crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Three single crystals appeared after one year and could be immediately fished. The drop contained a mixture of 0.8 ul of 35 mg/ml of MCR III Methanotorris formicicus and 0.8 ul of the ...詳細: Three single crystals appeared after one year and could be immediately fished. The drop contained a mixture of 0.8 ul of 35 mg/ml of MCR III Methanotorris formicicus and 0.8 ul of the reservoir solution containing 200 mM potassium bromide, 200 mM potassium thiocyanate, 100 mM Na cacodylate pH 6.5, 3% (w/v) PGA-LM, and 30% PEG 400 (v/v).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.13 Å / Num. obs: 37773 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 62.56 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.188 / Rpim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.739 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5454 / CC1/2: 0.334 / Rpim(I) all: 0.371 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.0.05位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A8W

5a8w


解像度: 2.8→39.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8968 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.306
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2208 1898 5.03 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.1991 37735 99.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1879 Å20 Å20 Å2
2--3.1879 Å20 Å2
3----6.3758 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.369 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→39.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9662 0 92 0 9754
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00810019HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0113597HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3500SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes254HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1468HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it10019HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.55
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.64
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1295SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11999SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.88 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 142 4.87 %
Rwork0.2444 2772 -
all0.2448 2914 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0711-0.09920.11790.8277-0.33520.1749-0.11560.03030.09240.02110.1554-0.0778-0.08120.0814-0.0399-0.0381-0.043-0.0244-0.01370.0224-0.0345-24.42516.975322.5389
20.05540.18030.20110.4218-0.13070.4823-0.06470.0208-0.0022-0.03630.03520.02560.01710.00250.0296-0.0193-0.08580.0129-0.13860.06350.0843-58.5839-0.11179.3743
30.3883-0.0239-0.3589-0.1570.321.1568-0.03970.0745-0.0606-0.0309-0.0088-0.0026-0.02460.00080.04850.1026-0.10870.04-0.1229-0.0087-0.0209-37.345713.7317-14.7026
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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