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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mx6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase from clinical isolate HpPNP-2 | ||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase / clinical isolate / Helicobacter pylori / dead-end-complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uridine phosphorylase / uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å | ||||||
データ登録者 | Stefanic, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2017 タイトル: Structural characterization of purine nucleoside phosphorylase from human pathogen Helicobacter pylori. 著者: Stefanic, Z. / Mikleusevic, G. / Luic, M. / Bzowska, A. / Lescic Asler, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mx6.cif.gz | 287.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mx6.ent.gz | 233.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mx6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mx6_validation.pdf.gz | 522.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mx6_full_validation.pdf.gz | 538.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mx6_validation.xml.gz | 56.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mx6_validation.cif.gz | 78.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mx6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 25817.096 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter pylori (ピロリ菌) 参照: UniProt: K2JXG0, UniProt: P56463*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase |
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-非ポリマー , 6種, 537分子
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-HPA / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PEG / #6: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Na acetate pH 4.5, 50% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9781 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月3日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9781 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.41→34.805 Å / Num. obs: 67753 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 30.62 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.069 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 9 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5MX4 解像度: 2.41→34.805 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.82 Å2 / Biso mean: 34.9271 Å2 / Biso min: 11.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.41→34.805 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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