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Yorodumi- PDB-5mx4: Crystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase fr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mx4 | |||||||||
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Title | Crystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase from clinical isolate HpPNP-1 | |||||||||
Components | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase / clinical isolate / Helicobacter pylori / dead-end-complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information uridine phosphorylase / uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Helicobacter pylori R018c (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.31 Å | |||||||||
Authors | Stefanic, Z. | |||||||||
Funding support | Croatia, 2items
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Citation | Journal: Int. J. Biol. Macromol. / Year: 2017 Title: Structural characterization of purine nucleoside phosphorylase from human pathogen Helicobacter pylori. Authors: Stefanic, Z. / Mikleusevic, G. / Luic, M. / Bzowska, A. / Lescic Asler, I. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5mx4.cif.gz | 289.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5mx4.ent.gz | 235.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5mx4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5mx4_validation.pdf.gz | 482 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5mx4_full_validation.pdf.gz | 495.4 KB | Display | |
Data in XML | 5mx4_validation.xml.gz | 58.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5mx4_validation.cif.gz | 83.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mx4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5mx6C 5mx8C 1k9sS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25817.096 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Helicobacter pylori R018c (bacteria) References: UniProt: K2JXG0, purine-nucleoside phosphorylase #2: Chemical | ChemComp-HPA / | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, 10% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ELETTRA / Beamline: 5.2R / Wavelength: 0.9781 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 3, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9781 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.31→48.768 Å / Num. obs: 67351 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 28.1 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 16.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB code 1k9s Resolution: 2.31→48.768 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.37
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 89.8 Å2 / Biso mean: 30.8692 Å2 / Biso min: 11.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.31→48.768 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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