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- PDB-6f52: Crystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase in... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6f52 | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase in complex with PO4 and formycin A | ||||||||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Purine nucleoside phosphorylase / H. pylori / formycin A | ||||||||||||
Function / homology | ![]() uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Stefanic, Z. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Helicobacter pylori purine nucleoside phosphorylase shows new distribution patterns of open and closed active site conformations and unusual biochemical features. Authors: Narczyk, M. / Bertosa, B. / Papa, L. / Vukovic, V. / Lescic Asler, I. / Wielgus-Kutrowska, B. / Bzowska, A. / Luic, M. / Stefanic, Z. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 286.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 233.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 457.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 473.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 56.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 81.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5lu0C ![]() 6f4wC ![]() 6f4xC ![]() 6f5aC ![]() 6f5iC ![]() 5mx4S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25818.105 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P56463, purine-nucleoside phosphorylase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.2M MgCl2, 0.1M TRIS-HCl, 10% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 24, 2015 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→47.37 Å / Num. obs: 100026 / % possible obs: 99.35 % / Redundancy: 3.67 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/av σ(I): 5.9131 / Net I/σ(I): 7.6999 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5MX4 Resolution: 2→47.368 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.24 Å2 / Biso mean: 37.3796 Å2 / Biso min: 13.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→47.368 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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