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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6f5i | ||||||||||||
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Title | Crystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase | ||||||||||||
![]() | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE / Purine nucleoside phosphorylase / H. pylori | ||||||||||||
Function / homology | ![]() uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Stefanic, Z. | ||||||||||||
Funding support | ![]() ![]()
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![]() | ![]() Title: Helicobacter pylori purine nucleoside phosphorylase shows new distribution patterns of open and closed active site conformations and unusual biochemical features. Authors: Narczyk, M. / Bertosa, B. / Papa, L. / Vukovic, V. / Lescic Asler, I. / Wielgus-Kutrowska, B. / Bzowska, A. / Luic, M. / Stefanic, Z. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 282.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 230 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 468.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 490.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 55 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 77.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5lu0C ![]() 6f4wC ![]() 6f4xC ![]() 6f52C ![]() 6f5aC ![]() 5mx4S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25818.105 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P56463, purine-nucleoside phosphorylase #2: Chemical | ChemComp-MOH / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: 0.2M MgCl2, 0.1M TRIS-HCl, 10% PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 24, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.298→133.384 Å / Num. obs: 60022 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 6.2 % / Rpim(I) all: 0.101 / Rrim(I) all: 0.253 / Rsym value: 0.231 / Net I/av σ(I): 3.14 / Net I/σ(I): 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5MX4 Resolution: 2.298→44.444 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.16
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.9 Å2 / Biso mean: 23.8795 Å2 / Biso min: 6.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.298→44.444 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21
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