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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mhe | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of anti-T4 Fab fragment with T4 | |||||||||
要素 | (Fab-fragment) x 2 | |||||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Fab-fragment / Ig fold | |||||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 3,5,3',5'-TETRAIODO-L-THYRONINE 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Parkkinen, T. / Rouvinen, J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structures of anti-T4 Fab fragment 著者: Parkkinen, T. / Rouvinen, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mhe.cif.gz | 175.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mhe.ent.gz | 139.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mhe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mhe_validation.pdf.gz | 835.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mhe_full_validation.pdf.gz | 839.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mhe_validation.xml.gz | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mhe_validation.cif.gz | 31.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mhe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mhe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#1: 抗体 | 分子量: 23323.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308 |
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#2: 抗体 | 分子量: 25367.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308 |
-非ポリマー , 4種, 339分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
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#4: 化合物 | ChemComp-T44 / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 0.1 M ammonium sulphate, 25% PEG 3350, 0.1 M Hepes |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 63198 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 1.6 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 7.66 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 0.65 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 1.49 / CC1/2: 0.6 / Rrim(I) all: 1.05 / % possible all: 91.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DQD 解像度: 1.9→19.835 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.98
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.835 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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