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- PDB-5mcp: Structure of IMP dehydrogenase from Ashbya gossypii bound to ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mcp
タイトルStructure of IMP dehydrogenase from Ashbya gossypii bound to ATP
要素Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / IMP dehydrogenase / Ashbya gossypii / allosteric modulator / purine nucleotides
機能・相同性
機能・相同性情報


IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain ...Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMP dehydrogenase / GMP reductase, conserved site / IMP dehydrogenase / GMP reductase signature. / IMP dehydrogenase/GMP reductase / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / IMP dehydrogenase / GMP reductase domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ashbya gossypii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Winter, G. / Fernandez-Justel, D. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L. / Buey, R.M.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-79237-P スペイン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: A nucleotide-controlled conformational switch modulates the activity of eukaryotic IMP dehydrogenases.
著者: Buey, R.M. / Fernandez-Justel, D. / Marcos-Alcalde, I. / Winter, G. / Gomez-Puertas, P. / de Pereda, J.M. / Luis Revuelta, J.
履歴
登録2016年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conf
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conf.beg_auth_comp_id ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length
改定 1.22018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
B: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
C: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
D: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
E: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
F: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
G: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
H: Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)465,68340
ポリマ－453,3178
非ポリマー12,36732
水22,9871276
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44050 Å2
ΔGint-296 kcal/mol
Surface area136930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.891, 152.090, 152.255
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase / IMPDH


分子量: 56664.574 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ashbya gossypii (strain ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056) (菌類)
株: ATCC 10895 / CBS 109.51 / FGSC 9923 / NRRL Y-1056 / 遺伝子: AGOS_AER117W / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q756Z6, IMP dehydrogenase
#2: 化合物...
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M Imidazole + 0.05 M Mes; pH 6.5 20 % Glycerol 20 % PEG-4000 0.02 M D-glucose 0.02 M D-Mannose 0.02 M D_Galactose 0.02 M L-Fucose 0.02 M C-Xylose 0.02 M N-Acetyl-D-Glucosamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→152.042 Å / Num. obs: 226714 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.487 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.686 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11_2567: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z0G

4z0g


解像度: 2.4→152.042 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2712 11355 5.02 %
Rwork0.2494 --
obs0.2505 226233 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→152.042 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22478 0 752 1276 24506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00323593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58832138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.73913743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433799
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044078
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24880.7623-0.54970.961-0.88681.13210.07760.0688-0.07220.11390.12640.1183-0.0241-0.33840.02990.236-0.0162-0.01390.25380.05950.1723-6.1652-36.309-22.8315
21.48290.5691-0.75981.8592-0.14620.3142-0.19080.1717-0.2789-0.25260.12180.16350.0349-0.2662-0.00750.5713-0.0922-0.02410.38740.08140.3354-11.1208-49.9645-17.1644
31.0760.6758-0.33911.5378-0.00991.81810.06720.0280.01650.06030.05070.04640.0167-0.1114-0.0010.40140.0264-0.01110.20140.04570.16776.5886-24.5058-21.0567
41.2257-0.7830.61913.1021-0.55891.44890.06130.1279-0.0731-0.0203-0.1276-0.5642-0.05810.21870.08660.35950.02620.04290.24980.01020.227721.5731-11.4018-20.5173
51.269-0.6017-0.61490.66740.74270.95780.0732-0.0329-0.0606-0.0777-0.26220.368-0.0005-0.2782-0.00750.4267-0.01830.0070.3152-0.11370.3519-14.148819.86940.1078
61.0659-0.6616-0.69020.55650.48791.2487-0.0369-0.1905-0.07510.1123-0.00310.32410.1319-0.16150.03660.5753-0.05950.07230.3954-0.05390.324-12.526120.20289.2904
70.9687-0.3345-0.67622.2328-0.11181.41420.0563-0.0204-0.05020.0319-0.09630.1625-0.0571-0.053-0.00950.4239-0.0021-0.03270.2217-0.04280.16726.166115.0518-14.8665
81.3230.48210.55311.2610.52043.21010.031-0.0129-0.0498-0.02570.153-0.23940.37290.6859-0.10350.4050.0465-0.01440.243-0.02890.191121.923414.8037-27.3715
91.4292-0.91880.42731.0903-1.48390.73940.0467-0.01250.08750.12630.23420.29730.1037-0.515-0.00640.44780.04470.03260.43280.10370.3089-11.639437.4109-60.4723
101.1437-0.4350.92111.0772-0.49310.7136-0.2139-0.1840.25850.37650.12250.1449-0.1435-0.3478-0.01910.63370.06510.04140.42230.04480.3661-8.99646.4205-60.3576
111.2022-0.74860.17931.57540.13952.29670.0413-0.0380.0127-0.04760.05560.03580.0277-0.10550.01080.4026-0.03430.00790.17450.05640.15568.202521.2731-54.3424
120.960.72830.68561.88091.05450.8472-0.01550.00680.0303-0.2098-0.11010.17330.0163-0.0324-0.01630.40460.0076-0.00380.22-0.0010.18635.6171-12.4897-66.2322
131.47760.51250.83441.54580.30731.2903-0.05380.12840.1651-0.0642-0.0950.7727-0.1216-0.3628-0.01550.47060.0723-0.09510.4274-0.12120.575-16.9307-26.1436-87.9998
140.93540.41710.66321.79340.24721.56040.05460.04330.0607-0.0001-0.11080.1228-0.0047-0.0363-0.00770.38220.00680.03120.2078-0.04580.17028.5814-18.2379-60.5974
150.9756-0.3075-0.56420.61910.20370.38070.1173-0.0753-0.27460.3323-0.68240.15990.2037-0.6941-0.06070.8222-0.1113-0.00620.9878-0.12861.083-89.278-14.9284-24.0037
160.4102-0.81560.68622.3429-0.41252.2082-0.1092-0.46540.63530.79670.44110.0920.0879-0.2653-0.06980.44780.0384-0.14770.81460.12991.2421-76.2065-19.0223-34.4269
170.2215-0.08180.43180.58820.00610.94920.484-0.32970.06140.21220.0658-0.09310.56770.2558-0.00780.83280.1595-0.22650.9399-0.03521.261-64.9286-38.8929-41.1152
180.99740.6101-0.62581.2719-0.74232.101-0.14150.4111-0.2977-0.12090.2414-0.65580.1692-0.1021-0.06660.51510.2434-0.16941.019-0.03761.4317-56.9711-43.6527-53.1675
190.268-0.17190.1540.14580.13030.60180.54040.1775-0.8704-0.4695-0.34310.4563-0.6660.19020.00480.863-0.0255-0.32231.2643-0.03760.9812-41.122-59.3999-35.7835
201.2665-0.13520.18731.0684-0.21360.62090.1450.13240.27640.2953-0.1355-0.76420.27620.3755-0.04790.82380.0856-0.17851.03360.021.2423-72.6073-36.4534-54.1227
211.424-0.4112-0.65490.12510.11540.35960.05110.013-0.04330.30990.13970.1116-0.1241-0.1226-0.05040.75370.1488-0.16710.99140.10260.9727-62.6838-30.0229-40.2074
220.749-0.71660.04870.6759-0.04730.52440.2897-0.315-0.44410.8488-0.15120.30220.4953-0.4357-0.01010.84920.113-0.23250.75380.0131.23-73.8631-28.7039-30.9804
230.00370.08160.07850.9510.70130.93380.4287-0.38990.336-0.1601-0.150.6705-0.836-0.6983-0.09330.67970.16940.26240.82970.3491.4224-89.123215.9955-32.7
240.10150.38850.13371.02130.17270.62250.6238-0.4590.09580.06680.5771-0.9405-0.15360.57120.04630.8559-0.11680.17941.0991-0.01861.3323-76.98124.1967-20.1231
250.5594-0.2346-0.39940.07930.16290.31360.40460.5988-0.07440.0102-0.09180.26960.2446-0.66130.22570.6569-0.4021-0.30780.87240.13421.6536-52.6282-6.25972.6979
260.5710.9866-0.05031.7199-0.44662.3654-0.2942-0.74450.20750.39930.17810.39830.40760.38650.01291.0784-0.11720.03310.84380.15561.2891-33.50732.921520.3797
270.26520.13370.06220.0880.04370.11420.0633-0.23640.2715-0.12650.0414-0.0418-0.1404-0.01880.20080.7527-0.70740.66991.1384-0.12462.0222-55.7312.077812.3308
280.4368-0.0451-0.11210.1651-0.19940.33070.0695-0.22730.08270.16540.26060.1209-0.2510.5664-0.0670.5696-0.0488-0.23061.061-0.04661.1629-73.8484-17.5901-6.5517
291.5212-0.15070.85311.4907-0.20741.69360.048-0.17650.40240.37310.1061-0.3651-0.4630.2740.0220.8531-0.085-0.09150.8309-0.09981.4654-78.8794-9.7268-19.6901
300.6390.7648-0.26261.11720.09770.93180.63910.31880.70750.2332-0.32990.5872-0.94810.1010.08020.7207-0.3340.1871.0091-0.05371.5083-74.31494.9277-18.2223
310.97750.0175-0.04220.7184-0.00850.6618-0.01410.27680.091-0.4828-0.0816-0.17870.29390.3275-0.04050.69230.13580.13061.05440.22731.1499-72.2321-10.6943-67.8443
320.9225-0.0556-0.22960.15830.21730.26250.65370.45340.30150.2001-0.1372-0.4865-0.1421-0.7124-0.0390.98620.1947-0.08230.99120.18771.7608-37.8876-3.9335-97.0247
331.0607-1.1079-0.47611.09580.54650.16330.07220.03580.26271.00150.03420.0612-0.0448-0.1395-0.08280.85760.16730.25231.01440.21881.528-65.15956.6798-84.9764
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350.6123-0.3659-0.01780.58270.12560.3276-0.19060.28780.2773-0.2124-0.4397-0.2045-0.3484-0.19790.09940.47290.09640.2231.15650.18481.5011-84.38588.6177-60.6875
360.5191-0.01570.20140.5172-0.21730.232-0.17240.30940.8184-0.15370.1036-0.3425-0.3909-0.7769-0.03681.0352-0.0790.41910.98080.00831.5033-69.452328.4925-47.7212
370.0277-0.1675-0.02371.03560.1130.0436-0.104-0.3921-0.29530.0506-0.44351.10520.05160.0886-0.27030.8285-0.19340.45471.1044-0.00421.217-51.035643.3436-37.6332
380.66-0.4249-0.85271.76110.33731.25690.3473-0.36370.74590.35710.06310.28410.1167-0.2318-0.04981.09220.02720.19621.5698-0.13560.8123-31.207556.2501-43.1162
391.0538-0.08172.0260.3364-0.04943.9421-0.54690.08810.72420.066-0.4249-0.033-0.1889-0.151-0.41980.66610.39940.42541.34590.12551.4438-44.426857.4543-52.8747
401.14990.2778-0.1860.1492-0.6854.62840.3265-0.41751.16840.0011-0.0214-0.1906-0.3658-0.291-0.11190.8241-0.05030.39510.5488-0.09191.8997-66.06743.1278-38.0759
410.7052-0.25520.25390.8139-0.03660.71920.6920.03260.2116-0.2302-0.2085-0.2023-0.2482-0.0435-0.06111.0595-0.09570.39820.7509-0.00471.4798-75.058825.5631-38.8732
421.2009-1.11560.49521.26330.15721.7568-0.02940.5798-0.23790.1855-0.02160.65860.68670.55970.18720.62470.21140.41620.8260.07141.7419-80.82219.8826-54.9608
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 195 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 196 through 256 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 257 through 507 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 37 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 38 through 195 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 196 through 256 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 257 through 507 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 0 through 37 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 38 through 195 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 196 through 256 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 257 through 507 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 2 through 132 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 133 through 256 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 257 through 507 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 4 through 27 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 28 through 51 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 52 through 90 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 91 through 113 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 114 through 238 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 239 through 372 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 373 through 459 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 460 through 499 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 4 through 27 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 28 through 67 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 69 through 165 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 166 through 196 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 197 through 238 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 239 through 319 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 320 through 360 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 361 through 499 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 3 through 102 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'G' and (resid 103 through 206 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 207 through 309 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 310 through 501 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 3 through 40 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 41 through 81 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 82 through 142 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 143 through 184 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 185 through 228 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 234 through 268 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 269 through 478 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 479 through 499 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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