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Yorodumi- PDB-4z87: Structure of the IMP dehydrogenase from Ashbya gossypii bound to GDP -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z87 | ||||||
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Title | Structure of the IMP dehydrogenase from Ashbya gossypii bound to GDP | ||||||
Components | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / IMP dehydrgoenase / Bateman domain | ||||||
Function / homology | Function and homology information IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Ashbya gossypii (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | ||||||
Authors | Buey, R.M. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2015 Title: Guanine nucleotide binding to the Bateman domain mediates the allosteric inhibition of eukaryotic IMP dehydrogenases. Authors: Buey, R.M. / Ledesma-Amaro, R. / Velazquez-Campoy, A. / Balsera, M. / Chagoyen, M. / de Pereda, J.M. / Revuelta, J.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4z87.cif.gz | 1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4z87.ent.gz | 912.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4z87.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4z87_validation.pdf.gz | 6.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4z87_full_validation.pdf.gz | 6.3 MB | Display | |
Data in XML | 4z87_validation.xml.gz | 74.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4z87_validation.cif.gz | 100.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/4z87 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4z0gSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 56808.699 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ashbya gossypii (strain ATCC 10895) (fungus) Gene: AGOS_AER117W / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q756Z6, IMP dehydrogenase |
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-Non-polymers , 5 types, 471 molecules
#2: Chemical | ChemComp-5GP / #3: Chemical | ChemComp-GDP / #4: Chemical | ChemComp-K / #5: Chemical | ChemComp-ACT / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 40% (v/v) 1,2-propanediol, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00004 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 22, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00004 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→47.05 Å / Num. obs: 102432 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.84 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 26.04 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.31 Å / Redundancy: 14.15 % / Rmerge(I) obs: 1.65 / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4Z0G Resolution: 2.25→47.029 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 22.94 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→47.029 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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