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- PDB-5m6i: Crystal structure of non-cardiotoxic Bence-Jones light chain dimer M8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m6i
タイトルCrystal structure of non-cardiotoxic Bence-Jones light chain dimer M8
要素(light chain dimer) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / light chain dimer / light chain amyloidosis / immunoglobulin fold / protein aggregation
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Oberti, L. / Rognoni, P. / Russo, R. / Bacarizo, J. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Concurrent structural and biophysical traits link with immunoglobulin light chains amyloid propensity.
著者: Oberti, L. / Rognoni, P. / Barbiroli, A. / Lavatelli, F. / Russo, R. / Maritan, M. / Palladini, G. / Bolognesi, M. / Merlini, G. / Ricagno, S.
履歴
登録2016年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年3月11日Group: Atomic model / Polymer sequence / カテゴリ: atom_site / entity_poly
Item: _atom_site.occupancy / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: light chain dimer
A: light chain dimer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7564
ポリマ－45,7102
非ポリマー462
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)229.378, 229.378, 64.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

NA

21B-384-

HOH

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要素

#1: 抗体 light chain dimer


分子量: 22863.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Plasmid details: Urine
#2: 抗体 light chain dimer


分子量: 22846.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Plasmid details: Urine
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.2 M Sodium acetate, 2.0 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.96862 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96862 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→57.34 Å / Num. obs: 43679 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 2.548 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M6A

5m6a


解像度: 2.2→54.56 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2265 2198 5.03 %
Rwork0.195 --
obs0.1966 43676 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→54.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3158 0 2 259 3419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033232
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6194419
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0651945
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045509
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005565
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.24780.3441350.28992565X-RAY DIFFRACTION100
2.2478-2.30010.31911300.28192553X-RAY DIFFRACTION99
2.3001-2.35770.34521050.27942566X-RAY DIFFRACTION99
2.3577-2.42140.33191380.29012544X-RAY DIFFRACTION99
2.4214-2.49260.32561360.28572549X-RAY DIFFRACTION99
2.4926-2.57310.30191520.27592540X-RAY DIFFRACTION99
2.5731-2.66510.33121280.26982560X-RAY DIFFRACTION99
2.6651-2.77180.27831310.22622584X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-2.89790.25721330.20652581X-RAY DIFFRACTION100
2.8979-3.05070.23061320.20292594X-RAY DIFFRACTION100
3.0507-3.24180.22571430.19272581X-RAY DIFFRACTION100
3.2418-3.49210.22561500.18272583X-RAY DIFFRACTION100
3.4921-3.84340.19191450.16082609X-RAY DIFFRACTION100
3.8434-4.39930.18611420.14472624X-RAY DIFFRACTION100
4.3993-5.54180.16481640.14242639X-RAY DIFFRACTION100
5.5418-54.57680.18761340.1822806X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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