PDB-5muh: Crystal structure of an amyloidogenic light chain dimer H7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5muh

タイトル

Crystal structure of an amyloidogenic light chain dimer H7

要素

light chain dimer

キーワード

IMMUNE SYSTEM / light chain dimer / light chain amyloidosis / immunoglobulin fold / protein aggregation

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Oberti, L. / Rognoni, P. / Russo, R. / Maritan, M. / Bacarizo, J. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Concurrent structural and biophysical traits link with immunoglobulin light chains amyloid propensity.
著者: Oberti, L. / Rognoni, P. / Barbiroli, A. / Lavatelli, F. / Russo, R. / Maritan, M. / Palladini, G. / Bolognesi, M. / Merlini, G. / Ricagno, S.

履歴

登録	2017年1月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5muh.cif.gz	154.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5muh.ent.gz	124.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5muh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5muh_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5muh_full_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示
XML形式データ	5muh_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	5muh_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/5muh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/5muh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m6aC 5m6iSC 5m76C 5mtlC 5mudC 5mvgC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ihz-1 3tnn-2 7fab-d 1ffn-1 3cc5-1 4hux-d 4yhy-1 3nt7-1 5mtl-1 3qhz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: light chain dimer

B: light chain dimer

44.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.010, 72.820, 73.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.19, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	light chain dimer 分子量: 22347.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH7.5, 10% 2-propanol, 20% w/v PEG 4K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50.99 Å / Num. obs: 13069 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 65.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.645 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1879 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M6I

5m6i

解像度: 2.65→55.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.898 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.858 / SU R Cruickshank DPI: 0.72 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.631 / SU R_free Blow DPI: 0.321 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.332

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	635	4.92 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.208	12897	97.2 %	-
all	-	13069	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 105.61 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.6974 Å²	0 Å²	39.3581 Å²
2-	-	37.6832 Å²	0 Å²
3-	-	-	-31.9858 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.43 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.65→55.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2786	0	0	26	2812

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	2860	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.2	3905	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		903	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		58	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		408	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2860	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.49
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.45
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		401	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3066	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.9 Å / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	140	4.81 %
R_work	0.2241	2772	-
all	0.2276	2912	-
obs	-	-	92.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6962	0.5938	0.9564	1.5079	-0.9302	1.8711	0.1081	-0.5541	-0.012	0.7522	-0.1006	0.1296	0.1081	-0.1371	-0.0075	0.0485	0.0748	0.0037	-0.2208	-0.127	-0.004	-15.1244	19.8743	11.7154
2	5.119	0.8302	2.5358	2.0097	0.8154	4.579	0.158	-0.5294	-0.6444	0.2544	0.1516	-0.1942	0.2389	-0.1541	-0.3095	0.0933	0.082	-0.0756	-0.3647	-0.0591	0.0399	-14.3607	3.3473	9.4529

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)