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- PDB-5l7u: Crystal structure of BvGH123 with bound GalNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l7u
タイトルCrystal structure of BvGH123 with bound GalNAc
要素Glycoside hydrolase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / BACON
機能・相同性Glycoside hydrolase 123, N-terminal domain / Glycoside hydrolase 123, N-terminal domain / Glycoside hydrolase 123, C-terminal / Glycoside hydrolase 123, catalytic domain / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Roth, C. / Petricevic, M. / John, A. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.
引用ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2016
タイトル: Structural and mechanistic insights into a Bacteroides vulgatus retaining N-acetyl-beta-galactosaminidase that uses neighbouring group participation.
著者: Roth, C. / Petricevic, M. / John, A. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.
履歴
登録2016年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase
B: Glycoside hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,1315
ポリマ－132,6532
非ポリマー4783
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area43770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.345, 142.207, 145.806
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase


分子量: 66326.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア)
遺伝子: BVU_2198
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A6L2E5
#2: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M BisTRis pH 6.0-7.0 17 % PEG MME2k 10 mM GalNAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→65 Å / Num. obs: 68163 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5l7r

5l7r


解像度: 2.1→64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.183
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 3283 4.8 %RANDOM
Rwork0.1927 ---
obs0.1943 68085 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.13 Å2 / Biso mean: 52.2065 Å2 / Biso min: 12.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.67 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.08 Å2-0 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9016 0 31 179 9226
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.029316
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.028724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5921.94512637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.661320155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.86651116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.89724.354418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.537151622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6981540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0130.022145
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3692.9344470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3692.9344469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.184.3935584
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 240 -
Rwork0.322 4730 -
all-4970 -
obs--99.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0278-0.7579-0.42542.86520.23262.37040.02750.0127-0.0720.05270.0306-0.0719-0.05920.0667-0.05820.1143-0.01040.030.01760.01170.0929-5.60319.334-22.718
20.5018-0.1170.01222.8221-1.84511.71790.0048-0.06710.01050.24150.043-0.0405-0.25130.0674-0.04790.1452-0.01080.01840.0252-0.0070.0801-13.198.6282.253
31.984-0.56420.22374.3067-0.83071.3950.08870.0676-0.07180.0240.18370.8263-0.3034-0.4055-0.27250.21430.0670.07310.18020.12110.254-26.775-3.68812.651
41.956-0.7982-0.50631.6671-0.33931.51930.06740.1842-0.03860.03740.07660.474-0.1787-0.3724-0.14410.17670.02860.03910.09740.04860.2084-26.94817.041-9.537
52.34210.28480.57922.8998-0.54111.82050.0873-0.0851-0.6174-0.0573-0.18260.22530.1326-0.18110.09530.2038-0.01080.01810.0465-0.02080.4658-13.076-58.53928.868
61.127-0.0760.01753.6483-1.70191.42360.0494-0.0074-0.07820.1162-0.2083-0.07730.02680.10220.15880.0758-0.0184-0.0040.05640.01420.0638-5.786-28.65126.142
75.41510.9483-3.63232.3455-1.77046.4040.06390.0891-0.22690.0888-0.3444-0.53540.09890.47790.28050.1473-0.0494-0.09440.16340.10570.22718.936-17.35324.774
81.44480.0175-0.01563.422-0.26970.96650.0662-0.059-0.25740.2671-0.2998-0.78040.09480.43330.23350.1715-0.0039-0.03060.21210.15470.3647.188-44.43132.508
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2A175 - 305
3X-RAY DIFFRACTION3A306 - 381
4X-RAY DIFFRACTION4A382 - 563
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6B179 - 324
7X-RAY DIFFRACTION7B325 - 379
8X-RAY DIFFRACTION8B380 - 563

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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