PDB-5l7v: Crystal Structure of BvGH123 with bond transition state analog Ga...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5l7v

タイトル

Crystal Structure of BvGH123 with bond transition state analog Galthiazoline.

要素

glycoside hydrolase

キーワード

HYDROLASE / TIM barrel / BACON

機能・相同性

Glycoside hydrolase 123, N-terminal domain / Glycoside hydrolase 123, N-terminal domain / Glycoside hydrolase 123, C-terminal / Glycoside hydrolase 123, catalytic domain / Chem-GNL / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides vulgatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Roth, C. / Petricevic, M. / John, A. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.

引用

ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2016
タイトル: Structural and mechanistic insights into a Bacteroides vulgatus retaining N-acetyl-beta-galactosaminidase that uses neighbouring group participation.
著者: Roth, C. / Petricevic, M. / John, A. / Goddard-Borger, E.D. / Davies, G.J. / Williams, S.J.

履歴

登録	2016年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5l7v.cif.gz	460.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5l7v.ent.gz	384 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5l7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5l7v_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5l7v_full_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示
XML形式データ	5l7v_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	5l7v_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/5l7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/5l7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l7rSC 5l7uC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5l7r-d 7jvq-d 4k5r-2 4k2x-d 5z06-d 2fhf-d 7ljc-d 5hyn-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: glycoside hydrolase

B: glycoside hydrolase

ヘテロ分子

129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.504, 148.386, 147.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	glycoside hydrolase 分子量: 64482.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (strain ATCC 8482 / DSM 1447 / JCM 5826 / NBRC 14291 / NCTC 11154) (バクテリア) 遺伝子: BVU_2198 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A6L2E5
#2: 化合物	ChemComp-GNL / (3aR,5R,6R,7R,7aR)-5-(hydroxymethyl)-2-methyl-5,6,7,7a-tetrahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol 分子量: 219.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃NO₄S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0. 1 M BisTris 16-20 % PEG MME2k / PH範囲: 6-7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→74.19 Å / Num. obs: 51335 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 1.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 63.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0151	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5l7r

5l7r

解像度: 2.3→74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.364 / ESU R Free: 0.224
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2209	1098	2.1 %	RANDOM
R_work	0.1873	-	-	-
obs	0.188	51273	92.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 171.54 Å² / B_iso mean: 80.9238 Å² / B_iso min: 25.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.55 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.16 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9077	0	28	27	9132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	9353
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	8750
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.626	1.945	12688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.666	3	20218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.858	5	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.808	24.368	419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.924	15	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.992	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	10415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.012	0.02	2149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.965	4.417	4498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.965	4.417	4497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.074	6.627	5619

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	26	-
R_work	0.369	2428	-
all	-	2454	-
obs	-	-	61.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.582	-1.161	-0.4789	4.2502	-0.6047	4.9503	0.001	0.1056	1.0619	-0.3834	0.1364	0.2442	-0.6302	0.1295	-0.1375	0.1668	0.0008	-0.1065	0.1829	0.0138	0.7523	-8.976	66.855	21.63
2	2.2186	-0.958	0.1513	3.0677	-1.4543	1.7807	0.1414	0.1637	0.3403	-0.5335	-0.0283	0.1951	0.0857	-0.1107	-0.1131	0.137	0.0364	-0.0542	0.1204	0.0577	0.3879	-5.843	49.789	20.834
3	2.0702	0.0031	-0.3457	2.3921	-1.7754	3.2583	0.1231	-0.066	-0.0394	-0.316	-0.2166	-0.3102	0.27	0.5033	0.0934	0.1381	0.1015	-0.0008	0.1787	0.0304	0.3026	11.972	27.862	34.95
4	3.623	-0.1751	-1.0566	2.8592	-0.6427	3.7463	0.1907	0.2352	0.5343	-0.6402	-0.1698	-0.4182	-0.0568	0.6256	-0.0208	0.2198	0.0518	0.0361	0.201	0.099	0.4672	9.087	50.18	18.239
5	1.3553	-0.6317	0.2873	2.9901	-0.2899	3.8904	0.1067	0.7872	0.0182	-0.2244	-0.1182	-0.1393	-0.3134	0.9195	0.0115	0.2283	-0.0024	0.0828	0.9032	-0.0766	0.4773	26.591	65.567	51.406
6	1.7888	-0.4924	0.8921	1.4955	-0.8997	3.5349	0.0234	0.0466	-0.1493	0.0131	-0.0682	0.0919	-0.2881	-0.0478	0.0448	0.0849	0.0121	0.0469	0.1158	-0.0243	0.2846	11.593	63.946	83.708
7	2.1278	-0.3833	1.105	2.0414	-0.3988	3.3693	0.003	0.5155	-0.1222	-0.2275	0.0653	-0.018	-0.2001	0.412	-0.0683	0.1211	0.0257	0.0522	0.3248	-0.0671	0.2605	13.939	64.146	64.194
8	3.5621	-1.5667	-0.3146	10.7917	1.6823	4.3169	-0.0517	0.144	0.485	-0.0487	-0.106	0.6452	-0.8552	-0.3521	0.1578	0.4966	0.0963	-0.0531	0.5552	0.0423	0.464	1.646	79.56	55.681

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	53 - 261
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	262 - 432
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	433 - 563
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 182
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	183 - 432
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	433 - 515
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	516 - 563

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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