PDB-5kw9: Structural Basis for Norovirus Neutralization by a HBGA Blocking ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5kw9

タイトル

Structural Basis for Norovirus Neutralization by a HBGA Blocking Human IgA Antibody

要素

Capsid protein VP1
IgA Light chain
IgA(VH)-IgG(CH) heavy chain Fab fragment

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / IgA / Norovirus / Neutralisation / Fab / Antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

T=3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Shanker, S. / Prasad, B.V.V.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	P01 AI057788	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	P30 DK56338	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Structural basis for norovirus neutralization by an HBGA blocking human IgA antibody.
著者: Shanker, S. / Czako, R. / Sapparapu, G. / Alvarado, G. / Viskovska, M. / Sankaran, B. / Atmar, R.L. / Crowe, J.E. / Estes, M.K. / Prasad, B.V.

履歴

登録	2016年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2016年10月26日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5kw9.cif.gz	298.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5kw9.ent.gz	240.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5kw9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/5kw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/5kw9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zl5S 4rqqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7kmg-1 4xak-1 1fns-d 3w2d-d 6vmk-13 7cm4-d 3bry-d 6vmk-5 7kmg-2 4cad-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (4)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

H: IgA(VH)-IgG(CH) heavy chain Fab fragment

L: IgA Light chain

ヘテロ分子

80.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.000, 162.000, 146.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 / CP / p59 分子量: 31529.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q83884

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体	IgA(VH)-IgG(CH) heavy chain Fab fragment 分子量: 24236.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	IgA Light chain 分子量: 24292.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 347分子

#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M Sodium Formate, 0.1M Bis Tris propane, pH 6.5 and 20% w/v PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→81 Å / Num. obs: 50863 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.1 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZL5, 4RQQ

2zl5

4rqq

解像度: 2.3→81 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2123	2522	4.96 %
R_work	0.1863	-	-
obs	0.1876	50807	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5478	0	8	339	5825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	5640
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.678	7708
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.625	3338
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	859
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1003

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3443	0.2682	145	0.2451	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3443-2.3921	0.2611	147	0.2314	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3921-2.4441	0.2468	135	0.2313	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.501	0.2563	141	0.235	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.501-2.5635	0.2714	142	0.2175	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5635-2.6328	0.2627	137	0.215	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.7103	0.2289	140	0.2009	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7103-2.7978	0.2625	139	0.2047	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7978-2.8978	0.2424	140	0.2143	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8978-3.0138	0.275	135	0.2153	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0138-3.151	0.2338	143	0.2071	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.151-3.3171	0.2297	126	0.2044	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3171-3.525	0.2528	141	0.1942	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
3.525-3.7971	0.2068	142	0.1822	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7971-4.1792	0.1554	145	0.1556	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1792-4.7839	0.1411	159	0.1379	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7839-6.027	0.1622	134	0.1506	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
6.027-81.0502	0.2206	131	0.1826	2950	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8069	0.4573	-0.3629	2.7593	0.9448	3.0859	0.0014	0.0898	0.0998	-0.2435	-0.0548	-0.0358	-0.2596	-0.002	0.0723	0.1716	-0.0006	-0.0199	0.2035	-0.0062	0.1855	39.0951	153.219	143.9805
2	2.7049	0.3717	-1.1716	1.5902	-0.4503	1.5874	-0.0051	-0.4625	0.0848	0.4106	-0.0055	-0.0523	-0.2324	0.0486	0.0091	0.2207	0.018	-0.0231	0.2646	-0.0475	0.1915	30.5489	147.4818	159.509
3	1.1946	0.2501	-0.32	1.3424	-0.1188	1.2989	0.0083	-0.1143	0.0844	0.1632	-0.0272	0.2774	-0.0905	-0.2669	0.0315	0.1682	0.0466	0.0101	0.323	-0.0471	0.3059	19.0867	150.986	154.5139
4	4.1494	1.2921	-0.1956	1.5639	0.1255	6.2629	0.2522	-0.2	0.3528	0.4018	-0.1783	0.1142	-0.5305	0.1834	-0.1641	0.347	0.0142	-0.0031	0.187	-0.0347	0.3289	36.7279	161.1748	150.4608
5	2.3959	-0.0868	0.5937	1.4791	-0.4832	1.1952	-0.0586	0.1273	0.0351	-0.1645	-0.0088	-0.2961	-0.1062	0.1706	0.0822	0.242	-0.0269	0.0216	0.2719	-0.0512	0.2752	45.5113	153.0939	142.1544
6	0.7369	-0.7089	0.0384	1.431	-0.2018	0.0521	0.0527	0.9662	0.5209	-1.1073	-0.0177	0.4684	-0.531	-0.2557	0.0668	0.5406	0.0357	-0.0322	0.4981	0.1245	0.3709	41.2711	159.2548	130.5719
7	6.0046	1.2237	0.1953	6.0276	-0.2485	2.0995	0.096	-0.0111	0.5548	-0.064	0.056	-0.6479	-0.5782	0.6374	-0.0447	0.2391	-0.1336	0.1147	0.3725	-0.0042	0.3762	54.1858	160.1878	139.6169
8	7.1023	1.2656	0.2192	3.5569	-1.4988	1.5403	0.0174	0.5462	0.7125	-0.2507	-0.133	0.2053	-0.1932	-0.3283	0.089	0.3923	0.2051	-0.0339	0.5563	0.0458	0.3674	-13.8337	169.6498	137.781
9	7.322	-0.0276	0.3914	2.9287	-0.2996	3.3813	-0.0503	0.3695	0.4813	-0.1959	0.0482	-0.2194	-0.0216	-0.2891	0.0136	0.3848	0.1408	-0.0107	0.4372	0.0068	0.3752	-1.2975	170.8487	143.2625
10	6.8899	1.7278	0.2496	6.3257	-1.6544	5.4114	-0.0877	0.9345	0.0335	-0.7215	0.0032	-0.4158	0.3499	0.134	-0.0778	0.3974	0.1344	0.0047	0.5005	-0.0177	0.3681	-1.8785	167.7381	136.862
11	7.4235	1.0156	1.7922	3.611	-0.2599	3.0147	-0.0809	0.186	-0.0005	0.1476	0.1924	0.0275	0.2857	-0.3939	-0.0482	0.3919	0.1031	-0.013	0.467	-0.0198	0.236	-8.6058	164.8384	143.2467
12	2.6163	-0.7188	1.0345	0.3763	0.3011	2.1598	-0.221	-0.352	0.8504	-0.2171	-0.0449	-0.0753	-0.3116	-0.2233	0.2209	0.3778	0.1159	0.003	0.3958	-0.0062	0.6037	0.5754	172.5946	148.3054
13	1.9022	-0.1403	-0.5187	0.7761	0.4568	3.277	-0.0441	0.0109	-0.0568	-0.0982	0.2043	0.2494	-0.2355	-0.2199	-0.2239	0.5182	0.0358	-0.0132	0.6128	0.0911	0.3997	-34.4598	168.4769	150.7235
14	0.6704	0.4506	-0.326	2.3102	-0.594	7.4385	0.0187	0.1635	0.3932	-0.0744	0.4363	0.3348	-0.8487	-0.8133	-0.4536	0.5173	0.0699	-0.0025	0.7343	0.149	0.4944	-40.1605	174.406	153.1891
15	3.5319	-0.2133	-2.5442	1.2927	0.006	1.8956	-0.1209	-0.884	-0.1193	0.1609	0.1552	0.277	-0.3487	-1.1319	0.3179	0.3851	0.1926	-0.0042	1.095	-0.0662	0.4126	-6.1725	162.5741	168.2771
16	7.7241	1.1157	-0.2872	1.2838	-2.2493	4.3146	-0.0466	-0.3801	0.674	-0.1136	0.1561	-0.0486	-0.1909	-0.1843	0.3051	0.2631	0.0813	-0.0056	0.4075	-0.0965	0.4214	13.5512	165.038	160.9636
17	1.4063	-0.0381	-0.4277	1.0083	-0.2259	0.6417	-0.4555	-1.3732	0.8568	0.1549	0.3785	0.0248	-0.6782	-0.8889	-0.0323	0.4212	0.3916	-0.0258	0.9374	-0.2926	0.5291	-3.8677	171.9029	164.8322
18	2.6849	0.0221	-1.9395	0.1507	-0.0102	1.1989	-0.0703	-0.8372	0.2649	0.0919	0.2082	0.0417	-0.0128	-0.0238	-0.1595	0.3791	0.1721	0.0277	0.7659	-0.0129	0.3899	-9.5917	164.2151	163.4624
19	4.595	2.3321	-0.2619	5.6301	2.0404	5.7514	-0.3664	0.2912	0.0284	-0.0893	0.3833	0.3923	0.6954	0.3257	0.0167	0.4935	0.1262	0.0665	0.621	0.0679	0.38	-38.5935	159.1024	160.1023
20	1.3367	-0.1968	0.042	2.605	3.5975	5.1819	-0.3403	0.1228	-0.5856	0.4362	0.2895	0.2425	1.1382	0.3195	0.0398	0.819	0.1589	0.1397	0.7655	0.0481	0.5856	-36.2374	150.3959	157.8368
21	4.7165	1.5882	0.5944	4.1661	2.0873	4.6933	-0.3708	0.2456	-0.139	-0.1501	0.3773	0.0849	0.5239	0.2324	-0.0127	0.4978	0.078	0.0559	0.6353	0.0466	0.3232	-37.6156	157.9407	159.8759
22	3.8545	-1.1881	-0.8136	3.2478	0.4866	1.6305	-0.2183	0.3783	-0.2603	0.2817	-0.0393	0.2238	1.3687	0.1941	-0.1537	0.6012	0.018	0.1994	0.6159	0.0534	0.4256	-42.0755	155.1832	168.2973

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 229 through 269 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 270 through 326 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 327 through 397 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 398 through 425 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 426 through 484 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 485 through 499 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 500 through 518 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 3 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 18 through 60 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 61 through 83 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 84 through 100 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 101 through 122 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'H' and (resid 123 through 186 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'H' and (resid 187 through 224 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'L' and (resid 1 through 25 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'L' and (resid 26 through 38 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'L' and (resid 39 through 96 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'L' and (resid 97 through 119 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'L' and (resid 120 through 156 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'L' and (resid 157 through 169 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'L' and (resid 170 through 203 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'L' and (resid 204 through 219 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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