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- PDB-4rqq: Crystal structure of human Fab PGDM1400, a broadly reactive and p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rqq
タイトルCrystal structure of human Fab PGDM1400, a broadly reactive and potent HIV-1 neutralizing antibody
要素
  • Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 heavy chain
  • Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / IgG / anti-HIV-1 antibody / HIV-1 Env trimer
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Julien, J.-P. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Recombinant HIV envelope trimer selects for quaternary-dependent antibodies targeting the trimer apex.
著者: Sok, D. / van Gils, M.J. / Pauthner, M. / Julien, J.P. / Saye-Francisco, K.L. / Hsueh, J. / Briney, B. / Lee, J.H. / Le, K.M. / Lee, P.S. / Hua, Y. / Seaman, M.S. / Moore, J.P. / Ward, A.B. / ...著者: Sok, D. / van Gils, M.J. / Pauthner, M. / Julien, J.P. / Saye-Francisco, K.L. / Hsueh, J. / Briney, B. / Lee, J.H. / Le, K.M. / Lee, P.S. / Hua, Y. / Seaman, M.S. / Moore, J.P. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Sanders, R.W. / Burton, D.R.
履歴
登録2014年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月10日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
L: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 light chain
H: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 heavy chain
A: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 light chain
B: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 heavy chain
C: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 light chain
D: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,6006
ポリマ－151,6006
非ポリマー00
水00
1
L: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 light chain
H: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5332
ポリマ－50,5332
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21360 Å2
手法PISA
2
A: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 light chain
B: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5332
ポリマ－50,5332
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21220 Å2
手法PISA
3
C: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 light chain
D: Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5332
ポリマ－50,5332
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area21390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.700, 149.170, 109.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Heterodimer made of light chain and heavy chain

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要素

#1: 抗体 Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 light chain


分子量: 24093.719 Da / 分子数: 3 / 断片: Fab light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: 抗体 Human anti-HIV-1 antibody PGDM1400 heavy chain


分子量: 26439.633 Da / 分子数: 3 / 断片: Fab heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.04 M potassium dihydrogen phosphate, 16% w/v polyethylene glycol 8000 and 20% v/v glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月11日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. all: 32022 / Num. obs: 30950 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 57.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 2832 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U1S

3u1s


解像度: 3.1→38.809 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 25.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2528 1544 4.99 %RANDOM
Rwork0.2211 ---
obs0.2227 30926 96.7 %-
all-30926 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→38.809 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10427 0 0 0 10427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.76614525
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.353829
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0291633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.20.3331300.28872702X-RAY DIFFRACTION99
3.2-3.31440.32611540.27722704X-RAY DIFFRACTION98
3.3144-3.4470.32391320.27222698X-RAY DIFFRACTION98
3.447-3.60370.2861460.25072656X-RAY DIFFRACTION98
3.6037-3.79360.28011440.25312570X-RAY DIFFRACTION93
3.7936-4.0310.26471300.22522669X-RAY DIFFRACTION97
4.031-4.34190.23321420.19932715X-RAY DIFFRACTION98
4.3419-4.77810.18981440.18212662X-RAY DIFFRACTION96
4.7781-5.46790.22341330.18592632X-RAY DIFFRACTION95
5.4679-6.88270.23541480.22412727X-RAY DIFFRACTION98
6.8827-38.81240.24281410.19842647X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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