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- PDB-3bry: Crystal structure of the Ralstonia pickettii toluene transporter TbuX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bry
タイトルCrystal structure of the Ralstonia pickettii toluene transporter TbuX
要素TbuX
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta barrel / outer membrane protein
機能・相同性Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / long-chain fatty acid transporting porin activity / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Porin / cell outer membrane / Beta Barrel / Mainly Beta / Aromatic hydrocarbon degradation protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia pickettii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Hearn, E.M. / Patel, D.R. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Outer-membrane transport of aromatic hydrocarbons as a first step in biodegradation.
著者: Hearn, E.M. / Patel, D.R. / van den Berg, B.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TbuX
B: TbuX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,1664
ポリマ－92,5532
非ポリマー6132
水00
1
A: TbuX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5832
ポリマ－46,2771
非ポリマー3061
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TbuX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5832
ポリマ－46,2771
非ポリマー3061
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.291, 125.244, 269.511
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 TbuX


分子量: 46276.641 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 26-458 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ralstonia pickettii (バクテリア)
株: PKO1 / 遺伝子: tbuX / プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q9RBW8
#2: 化合物 ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M magnesium acetate, 50 mM sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月22日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→31.92 Å / Num. all: 27405 / Num. obs: 27405 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル解像度: 2.74→2.85 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The starting model was a partial structure of TbuX that was determined from a SAD dataset but did not refine well.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 1255 -random
Rwork0.268 ---
all0.268 16516 --
obs0.268 25331 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.54 Å20 Å20 Å2
2---4.512 Å20 Å2
3---9.052 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5666 0 42 0 5708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
3.2-3.340.3291630.2950.026202799.2
3.34-3.50.2531650.2680.02202899.1
3.5-3.70.2461520.2480.02204698.7
3.7-3.950.2871430.2560.024201298.8
3.95-4.290.2871270.2650.026202798.4
4.29-4.790.2571610.2330.02207598
4.79-5.660.2821880.2760.021202697.5
5.66-80.3141560.3230.025204496.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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