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- PDB-5kpu: Crystal structure of TEM1 beta-lactamase mutant I263L in the pres... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kpu
タイトルCrystal structure of TEM1 beta-lactamase mutant I263L in the presence of 1.2 MPa xenon
要素Beta-lactamase TEM
キーワードHYDROLASE / xenon
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
XENON / Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Roose, B.W. / Dmochowski, I.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM097478 米国
Department of Defense Lung Cancer Research ProgramW81XWH-14-1-0424 米国
引用ジャーナル: Chemphyschem / 年: 2018
タイトル: A Structural Basis for129Xe Hyper-CEST Signal in TEM-1 beta-Lactamase.
著者: Roose, B.W. / Zemerov, S.D. / Wang, Y. / Kasimova, M.A. / Carnevale, V. / Dmochowski, I.J.
履歴
登録2016年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase TEM
B: Beta-lactamase TEM
C: Beta-lactamase TEM
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,35417
ポリマ－115,6484
非ポリマー1,70713
水21,6181200
1
A: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4375
ポリマ－28,9121
非ポリマー5254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3064
ポリマ－28,9121
非ポリマー3943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3064
ポリマ－28,9121
非ポリマー3943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase TEM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3064
ポリマ－28,9121
非ポリマー3943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.430, 84.050, 95.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase TEM / IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 ...IRT-4 / Penicillinase / TEM-1 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-2 / TEM-24/CAZ-6 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2


分子量: 28911.904 Da / 分子数: 4 / 変異: M182T, I263L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla, blaT-3, blaT-4, blaT-5, blaT-6 / プラスミド: pJ411 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.42 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2% (v/v) tacsimate (pH 6.0), 0.1 M BIS-TRIS (pH 6.5), 20% (w/v) PEG 3350
PH範囲: 6.0 - 7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.181 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.181 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.45
反射解像度: 1.5→43.65 Å / Num. obs: 148928 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.5-1.533.60.3610.904195.6
8.22-43.653.50.0380.997198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.17データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HVI

5hvi


解像度: 1.5→34.502 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 22.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 15293 5.2 %
Rwork0.1698 --
obs0.1746 148867 97.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 75.35 Å2 / Biso mean: 10.7482 Å2 / Biso min: 2.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→34.502 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8051 0 12 1210 9273
Biso mean--13.94 19.21 -
残基数----1052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99311159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0481293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7343071
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.52590.27677590.2455135761433591
1.5259-1.55360.286900.2425137981448891
1.5536-1.58350.25987050.2369137211442692
1.5835-1.61580.24557010.2221138761457791
1.6158-1.6510.23987460.2145137071445392
1.651-1.68940.21268190.2106137621458191
1.6894-1.73160.22647220.202138951461792
1.7316-1.77840.23847420.1971139371467992
1.7784-1.83070.21677480.1966139881473692
1.8307-1.88980.2067410.1885138251456693
1.8898-1.95730.22857700.1998140631483393
1.9573-2.03570.2077800.1874139591473993
2.0357-2.12830.21436710.1833141161478794
2.1283-2.24040.21336900.1805141361482694
2.2404-2.38070.19698000.1744140061480693
2.3807-2.56440.20197350.1585142311496694
2.5644-2.82220.1767720.1555141571492994
2.8222-3.230.16347380.1452142171495594
3.23-4.06720.14537790.1272142261500594
4.0672-26.73090.15428270.1437141791500694
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67251.02770.2714.2263-0.38361.48650.0036-0.18690.13330.102-0.04180.0221-0.1460.01610.01840.06070.0053-0.00940.0947-0.02810.045967.257523.611213.5728
21.374-0.46710.11982.31670.44881.3605-0.0232-0.09420.16870.05830.0192-0.0977-0.1490.1180.00610.0413-0.00530.01060.1206-0.01280.067276.66620.37989.8661
30.6345-0.1802-0.23920.36440.17571.2085-0.00050.0438-0.0645-0.0134-0.01150.03230.0755-0.0629-0.00110.0489-0.0006-0.00770.0323-0.00140.050973.37055.2593-14.5939
41.59930.04160.81971.0726-0.0461.68580.0001-0.001-0.0208-0.07620.0001-0.01980.00760.06070.00190.0322-0.00130.01410.0373-0.00630.033476.56216.5392-8.9448
52.31150.2157-0.29711.32130.381.62070.028-0.08320.00140.1474-0.06640.07130.1485-0.01370.03960.0551-0.0009-0.00330.0507-0.0020.046175.41923.6354.7247
60.5227-0.3337-0.54861.3958-1.6573.98180.1051-0.01070.06390.0057-0.0659-0.0738-0.24380.1556-0.0220.042-0.00990.00270.0841-0.01330.061480.462118.14541.8855
71.848-0.2193-1.08350.60450.14821.09850.040.00160.1128-0.02540.0027-0.0278-0.0934-0.0355-0.03250.05650.0029-0.00330.04870.00450.058672.410522.5929-8.3144
81.3383-0.0475-0.38941.1042-0.36341.2877-0.0082-0.0770.07570.0389-0.0039-0.0271-0.1012-0.03130.01320.03480.0056-0.00660.0578-0.01060.045665.63121.07063.6965
91.7451-1.08730.51613.40290.48080.6664-0.03420.10.0918-0.07180.0063-0.0497-0.03930.00370.02940.0394-0.00110.00210.07680.010.037299.212523.52568.9802
101.41340.04860.54361.801-0.3020.6166-0.02180.06010.1021-0.00290.05520.1024-0.0724-0.0883-0.00980.0380.00210.01780.09740.01260.066689.821420.29112.7705
110.7280.1953-0.00820.5275-0.24041.31310.033-0.0377-0.07160.0079-0.0318-0.04610.09880.0277-0.00440.0427-0.0038-0.00570.03-0.00060.060593.27255.326437.1928
120.4165-0.1255-0.04030.4261-0.231.04230.01870.0533-0.0107-0.0297-0.0034-0.02570.0873-0.0603-0.0150.0362-0.01270.00440.0502-0.00380.058289.39927.727324.5072
130.81770.207-0.40490.1902-0.11320.92170.01710.00750.04250.0151-0.00690.0116-0.05040.0411-0.01320.04030.00180.00030.0376-0.00120.051798.388121.574523.2252
142.88741.37561.34892.8850.08011.83050.06020.0487-0.03850.0753-0.0266-0.03980.15070.0174-0.03920.05890.01510.02220.0637-0.00430.032468.776910.00961.4052
151.2804-0.6288-0.10761.86550.03831.0317-0.0484-0.0009-0.0866-0.03040.01380.09590.1386-0.14040.03120.0624-0.01340.00310.087-0.00770.052459.353213.420257.4363
160.45970.35090.40450.57840.20130.5982-0.04520.06270.1107-0.0349-0.01170.0475-0.0730.03280.02410.04440.00260.00510.04180.00540.05357.489325.609834.3287
172.70730.4570.06012.28270.26181.5491-0.03590.05610.10120.07940.0819-0.1407-0.26490.1649-0.04290.0955-0.0362-0.00760.08360.00440.084470.975731.956131.2185
181.4719-0.3431-1.01450.5968-0.02832.2344-0.02730.061-0.0009-0.0230.0031-0.0106-0.0946-0.10450.01920.0468-0.009-0.01320.03770.0010.044359.255626.835838.9598
192.00720.95690.36451.67110.49570.9377-0.05510.00340.13130.10680.06710.0132-0.2244-0.0233-0.01930.11390.0124-0.01320.0376-0.00090.07561.334630.612852.5051
200.9663-0.80010.30131.84142.1114.81970.0895-0.072-0.0913-0.0096-0.10390.10880.1569-0.2073-00.0438-0.010.00340.06950.00780.040455.760815.528649.6279
212.0789-0.09210.93250.3938-0.20070.90610.01540.0246-0.105-0.02770.03580.02950.06150.0308-0.04540.0589-0.00530.00610.0403-0.00620.050263.891410.980239.5552
221.2490.08640.1421.01620.24651.270.0067-0.0858-0.0174-0.0418-0.0496-0.01630.0236-0.03550.05030.0319-0.0008-0.00030.03140.00980.049168.318614.483349.9282
233.73015.0609-0.11888.3499-0.12111.2615-0.03690.0089-0.10690.04350.0826-0.10470.2082-0.0298-0.03130.0760.0196-0.00220.08820.00150.046674.64288.69454.2666
241.1294-0.11860.43720.76670.23990.92010.0196-0.1001-0.10190.0442-0.0282-0.00380.2245-0.0820.00050.084-0.02410.01290.08050.00660.058179.4854-30.578437.2678
250.6360.27340.75830.40240.42760.9401-0.0227-0.03090.0681-0.0324-0.03240.028-0.0292-0.07230.01790.037-0.00090.0070.04540.00450.048772.3749-16.366211.8513
261.18180.93270.95452.47960.95282.9099-0.0077-0.00550.047-0.03990.0195-0.1648-0.13230.2366-0.00340.0557-0.0197-0.0040.11420.00610.080585.8855-10.42858.28
271.392-0.0609-0.81081.0646-0.13022.0406-0.0225-0.0004-0.02180.0066-0.0064-0.0018-0.0654-0.0920.02380.0379-0.0051-0.00960.043-0.00310.037374.2494-15.283516.4205
281.54960.14720.14671.50130.01561.2340.0012-0.06670.07970.0559-0.01430.0601-0.0814-0.11590.01130.04550.00530.00160.05390.00140.034174.208-16.900828.9955
292.52080.1750.60650.7647-0.05181.3940.01660.0178-0.134-0.01020.04660.01170.0362-0.072-0.04220.0593-0.01-0.0070.02810.00290.07870.8047-29.066513.8065
301.8160.55530.94830.60470.43891.60050.00090.0107-0.12030.0175-0.1414-0.06290.11770.13670.1070.04780.02440.02280.08440.00110.059287.7331-33.577820.8944
311.2422-0.08480.09890.6131-0.08210.90720.011-0.0275-0.04670.06050.010.00580.14290.0353-0.01320.06210.0006-0.00320.0444-0.00270.046585.307-29.663828.9951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 50 )A26 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 51 through 68 )A51 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 118 )A69 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 119 through 154 )A119 - 154
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 155 through 179 )A155 - 179
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 180 through 195 )A180 - 195
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 196 through 229 )A196 - 229
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 230 through 290 )A230 - 290
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 26 through 50 )B26 - 50
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 51 through 68 )B51 - 68
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 69 through 118 )B69 - 118
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 119 through 195 )B119 - 195
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 196 through 290 )B196 - 290
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 26 through 50 )C26 - 50
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 51 through 68 )C51 - 68
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 69 through 98 )C69 - 98
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 99 through 118 )C99 - 118
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 119 through 155 )C119 - 155
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 156 through 179 )C156 - 179
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 180 through 195 )C180 - 195
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 196 through 229 )C196 - 229
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 230 through 271 )C230 - 271
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 272 through 290 )C272 - 290
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 26 through 68 )D26 - 68
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 69 through 98 )D69 - 98
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 99 through 118 )D99 - 118
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 119 through 155 )D119 - 155
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 156 through 195 )D156 - 195
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 196 through 212 )D196 - 212
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 213 through 229 )D213 - 229
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 230 through 290 )D230 - 290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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