PDB-5k9j: Crystal structure of multidonor HV6-1-class broadly neutralizing ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k9j

タイトル

Crystal structure of multidonor HV6-1-class broadly neutralizing Influenza A antibody 56.a.09 isolated following H5 immunization.

要素

56.a.09 heavy chain
56.a.09 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Influenza / multidonor / H5 / universal influenza vaccine

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.904 Å

データ登録者

Joyce, M.G. / Thomas, P.V. / Wheatley, A.K. / McDermott, A.B. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Vaccine-Induced Antibodies that Neutralize Group 1 and Group 2 Influenza A Viruses.
著者: Joyce, M.G. / Wheatley, A.K. / Thomas, P.V. / Chuang, G.Y. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Kong, W.P. / Leung, K. / Narpala, S.N. / ...

履歴

登録	2016年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5k9j.cif.gz	192.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5k9j.ent.gz	150.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5k9j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5k9j_validation.pdf.gz	879.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5k9j_full_validation.pdf.gz	883.9 KB	表示
XML形式データ	5k9j_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	5k9j_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/5k9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/5k9j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5k9kC 5k9oC 5k9qC 5kanC 5kaqC 1bvkS 4lssS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6u3z-1 6dwa-1 5mu0-1 2gcy-d 1rz8-2 5vh4-1 6xtg-d 4mhj-10 4gaj-d 4r96-4 4x7s-d 1nak-1 1y0l-3 1ruq-d 1mam-d 3g6j-4 6u6o-d 2ajy-d 2aj3-2 6u3z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: 56.a.09 heavy chain

L: 56.a.09 light chain

ヘテロ分子

50.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.790, 103.758, 59.983
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: 抗体	56.a.09 heavy chain 分子量: 24465.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	56.a.09 light chain 分子量: 23189.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500 分子量: 1529.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₉H₁₄₀O₃₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M sodium acetate, pH 5.5, 25% (w/v) PEG-400 and 11% (w/v) PEG-8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 25791 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 18.29

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1bvk, 4lss

1bvk

4lss

解像度: 1.904→35.124 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2312	1249	4.84 %
R_work	0.1952	-	-
obs	0.197	25791	65.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.904→35.124 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3352	0	24	143	3519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.77	4695
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.402	2078
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	593

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9038-1.98	0.4593	7	0.342	147	X-RAY DIFFRACTION	4
1.98-2.0701	0.4049	28	0.2545	549	X-RAY DIFFRACTION	13
2.0701-2.1792	0.2939	60	0.228	1392	X-RAY DIFFRACTION	34
2.1792-2.3157	0.2892	142	0.2381	2387	X-RAY DIFFRACTION	58
2.3157-2.4945	0.2337	167	0.2386	3283	X-RAY DIFFRACTION	80
2.4945-2.7454	0.2683	187	0.2398	4073	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7454-3.1424	0.2917	207	0.2171	4159	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1424-3.9583	0.2094	211	0.1854	4207	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9583-35.13	0.2034	240	0.1682	4345	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5648	-2.0436	-2.2196	2.7997	1.8642	2.379	-0.2024	0.0759	-0.382	0.1323	0.2204	-0.1667	0.2934	0.4251	-0.0329	0.2594	0.0455	0.0005	0.3885	-0.141	0.4997	18.0297	36.1852	-15.2912
2	1.9837	-0.6541	0.2316	1.784	-0.2448	1.8385	0.1514	0.3413	0.3104	-0.6913	0.2408	-1.0292	-0.2951	0.7095	0.249	0.0517	-0.0758	0.161	0.4192	-0.2888	0.6288	20.5442	43.4542	-20.8975
3	0.036	-0.3449	-0.1858	2.0625	1.0844	3.373	0.064	0.2599	-0.0798	-0.2458	0.1242	-0.2704	0.0228	0.2804	-0.1672	0.2375	-0.0318	0.0557	0.3738	-0.1499	0.4711	13.2429	40.3318	-22.5334
4	1.437	-0.7486	-0.7485	1.3803	-0.6645	1.4714	0.3519	-0.1082	-1.2169	0.2422	-0.0426	-0.0077	0.5333	-0.3139	0.0282	0.3238	-0.0767	-0.094	0.2458	0.0795	0.57	-9.0991	29.9406	-4.4489
5	0.8522	1.1474	-0.1602	3.9885	0.1028	2.8886	0.0576	-0.2127	-1.1196	0.2506	0.0382	-0.2319	0.598	-0.027	0.124	0.3266	-0.0186	-0.0383	0.2142	0.0733	0.6979	-8.8784	29.0469	-4.6845
6	0.7426	0.6685	0.7271	4.57	0.8982	3.3079	0.6207	-0.7597	-0.2896	0.1876	-0.2735	-0.2657	0.7485	-0.2912	0.1444	0.5239	-0.0827	-0.2605	0.6493	0.2916	0.6588	-8.206	24.1306	2.446
7	5.0729	1.2606	-1.6688	1.6773	-0.2619	2.7594	0.4405	0.1416	1.2879	-0.2618	-0.2476	0.2547	-0.3875	-0.0977	-0.1315	0.3952	0.0084	0.0312	0.4052	-0.0091	0.7407	-1.1674	43.2439	-38.2722
8	4.4762	0.1204	0.2372	1.3986	1.136	4.0059	0.4738	-0.1031	-0.0015	0.0709	0.1132	0.0443	0.0947	0.0971	-0.0892	0.2656	-0.0303	0.0222	0.3478	-0.1265	0.4243	6.478	35.4486	-32.1356
9	5.9864	-0.2595	-0.0516	1.7811	-0.2056	3.5414	0.1606	0.1226	-0.0277	-0.144	-0.0504	0.0315	0.0216	0.0422	-0.1919	0.2385	0.0135	-0.0279	0.3458	-0.0993	0.3883	2.5936	34.1818	-38.2826
10	3.0703	0.4249	-1.778	1.0895	-0.577	4.0417	0.0619	-0.0983	-0.4795	-0.0405	-0.0512	-0.1145	0.0463	-0.1053	-0.3112	0.2432	-0.0584	-0.0611	0.2288	-0.0056	0.3432	-9.7556	36.0393	-16.7439
11	3.2241	1.0984	-1.1544	2.6394	1.6849	9.2047	0.3172	0.0749	0.4263	-0.2532	0.3621	0.3929	-0.2916	-0.808	-0.3459	0.266	-0.0843	-0.0312	0.3087	0.071	0.3796	-21.7356	36.8011	-12.0124
12	3.6222	0.8906	-0.5847	3.158	0.708	5.4233	0.3699	-0.0981	0.3807	0.125	0.1034	0.4334	-0.2582	-0.7442	-0.2492	0.2711	-0.0941	-0.0306	0.4453	0.0802	0.4748	-23.3428	37.1874	-7.7154

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 34 through 82 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 82A through 111 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 112 through 165 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 166 through 203 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 204 through 215 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 1 through 29 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 30 through 48 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 49 through 91 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 92 through 128 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 129 through 150 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 151 through 211 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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