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Yorodumi- PDB-5k9q: Crystal structure of multidonor HV1-18-class broadly neutralizing... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5k9q | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of multidonor HV1-18-class broadly neutralizing Influenza A antibody 16.a.26 in complex with A/Hong Kong/1-4-MA21-1/1968 (H3N2) Hemagglutinin | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / HV1-18 (QxxV) / multidonor / H5 / universal influenza vaccine | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationviral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus Homo sapiens (human) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.503 Å | ||||||
Authors | Joyce, M.G. / Thomas, P.V. / Wheatley, A.K. / McDermott, A.B. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Cell(Cambridge,Mass.) / Year: 2016Title: Vaccine-Induced Antibodies that Neutralize Group 1 and Group 2 Influenza A Viruses. Authors: Joyce, M.G. / Wheatley, A.K. / Thomas, P.V. / Chuang, G.Y. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Kong, W.P. / Leung, K. / Narpala, S.N. / ...Authors: Joyce, M.G. / Wheatley, A.K. / Thomas, P.V. / Chuang, G.Y. / Soto, C. / Bailer, R.T. / Druz, A. / Georgiev, I.S. / Gillespie, R.A. / Kanekiyo, M. / Kong, W.P. / Leung, K. / Narpala, S.N. / Prabhakaran, M.S. / Yang, E.S. / Zhang, B. / Zhang, Y. / Asokan, M. / Boyington, J.C. / Bylund, T. / Darko, S. / Lees, C.R. / Ransier, A. / Shen, C.H. / Wang, L. / Whittle, J.R. / Wu, X. / Yassine, H.M. / Santos, C. / Matsuoka, Y. / Tsybovsky, Y. / Baxa, U. / Mullikin, J.C. / Subbarao, K. / Douek, D.C. / Graham, B.S. / Koup, R.A. / Ledgerwood, J.E. / Roederer, M. / Shapiro, L. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / McDermott, A.B. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5k9q.cif.gz | 2.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5k9q.ent.gz | 1.8 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5k9q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5k9q_validation.pdf.gz | 638.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5k9q_full_validation.pdf.gz | 704.3 KB | Display | |
| Data in XML | 5k9q_validation.xml.gz | 236.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 5k9q_validation.cif.gz | 307.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/5k9q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/5k9q | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Hemagglutinin ... , 2 types, 12 molecules ACEMOQBDFNPR
| #1: Protein | Mass: 35225.617 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Strain: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / Gene: HA / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q91MA7#2: Protein | Mass: 19728.725 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza A virus (strain A/Hong Kong/1/1968 H3N2)Strain: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / Gene: HA / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q91MA7 |
|---|
-Antibody , 2 types, 12 molecules GHJSUXIKLTVY
| #3: Antibody | Mass: 24567.611 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human)#4: Antibody | Mass: 23585.182 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
|---|
-Sugars / Non-polymers , 2 types, 1705 molecules 


| #5: Sugar | ChemComp-NAG / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.5 Å3/Da / Density % sol: 64.81 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.01M L-cysteine, 0.09M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.18M magnesium acetate, and 7.9% (w/v) PEG-8000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 3, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 244485 / % possible obs: 82.55 % / Redundancy: 4.1 % / Net I/σ(I): 14.05 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 2.503→49.277 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.84 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.503→49.277 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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