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万見
- PDB-5k6z: Sidekick chimera containing sidekick-2 immunoglobulin domains 1-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5k6z
タイトルSidekick chimera containing sidekick-2 immunoglobulin domains 1-2 and sidekick-1 immunoglobulin domains 3-4
要素Protein sidekick-2,Protein sidekick-1 chimera
キーワードCELL ADHESION / immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


SDK interactions / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / regulation of dendritic spine development / retina layer formation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / behavioral response to cocaine / synapse assembly / synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / Protein sidekick-1 / Protein sidekick-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Goodman, K.M. / Mannepalli, S. / Honig, B. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Molecular basis of sidekick-mediated cell-cell adhesion and specificity.
著者: Goodman, K.M. / Yamagata, M. / Jin, X. / Mannepalli, S. / Katsamba, P.S. / Ahlsen, G. / Sergeeva, A.P. / Honig, B. / Sanes, J.R. / Shapiro, L.
履歴
登録2016年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein sidekick-2,Protein sidekick-1 chimera
B: Protein sidekick-2,Protein sidekick-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,7198
ポリマ－85,4792
非ポリマー1,2406
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4650 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area36460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.350, 85.730, 146.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protein sidekick-2,Protein sidekick-1 chimera


分子量: 42739.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sdk2, Kiaa1514, Sdk1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6V4S5, UniProt: Q3UH53

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糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 40分子

#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 6.9
詳細: 3% (w/v) PEG8000, 40% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium cacodylate pH6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→60 Å / Num. obs: 27743 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 32.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.7→45.374 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2329 1393 5.02 %
Rwork0.1928 --
obs0.1948 27742 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.374 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5846 0 77 37 5960
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7158292
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9783666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041079
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7001-2.79650.32021480.2682543X-RAY DIFFRACTION100
2.7965-2.90850.33181360.25522622X-RAY DIFFRACTION100
2.9085-3.04080.29771360.24332586X-RAY DIFFRACTION100
3.0408-3.20110.34751310.2292612X-RAY DIFFRACTION100
3.2011-3.40160.23931390.21072622X-RAY DIFFRACTION100
3.4016-3.66410.22731350.19112608X-RAY DIFFRACTION100
3.6641-4.03270.21951370.16462634X-RAY DIFFRACTION100
4.0327-4.61570.18161440.14372643X-RAY DIFFRACTION100
4.6157-5.81340.16461380.16042688X-RAY DIFFRACTION100
5.8134-45.38050.21011490.19562791X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82270.12431.31271.9965-1.49585.0898-0.12920.1658-0.0075-0.71380.25180.13680.2132-0.0399-0.12910.4309-0.0715-0.02740.2015-0.01930.197323.1495-0.058317.0376
21.65820.66152.282.1367-0.26736.64470.0520.008-0.1156-0.07280.13540.04360.0243-0.0375-0.17560.08930.00220.02190.20320.00920.171221.5462-0.61749.6457
34.9131-0.85982.871.7267-0.96324.197-0.17630.0775-0.0220.0862-0.0311-0.17830.10470.15380.19980.16510.02350.03160.11150.00080.200145.4001-8.18651.3809
43.2481-2.68221.99512.8082-2.46762.34660.22270.0343-0.4742-0.3820.13320.59860.2841-0.3734-0.29460.307-0.0256-0.16710.31170.01370.3695-1.304811.501416.4803
53.3248-0.21322.02974.0437-1.017.7060.06690.33220.6130.12450.03270.0656-0.29960.2263-0.10560.1723-0.01050.04660.26590.06610.343249.929513.490949.4914
62.8040.1236-0.8083.51580.16852.85680.0808-0.1212-0.04010.35680.1612-0.33050.02620.2631-0.23950.17950.0544-0.04690.3567-0.05170.27945.553932.402223.2727
72.46810.88890.7862.0298-0.25412.15730.02180.2588-0.0182-0.57390.1452-0.07380.40090.1101-0.15950.5044-0.04270.03950.1784-0.03230.221733.868615.8865.1264
82.3735-0.48290.0293.6607-1.14437.3465-0.10280.0090.2207-0.0126-0.0915-0.0252-0.4988-0.14510.18650.1328-0.0009-0.05010.1729-0.03110.222524.254617.384162.7739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 2:90))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ((resseq 2:90))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 91:185))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 91:186))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resseq 191:285))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and ((resseq 191:285))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and ((resseq 286:379))
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and ((resseq 286:379))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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