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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5k6x | |||||||||
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Title | Sidekick-2 immunoglobulin domains 1-4, crystal form 1 | |||||||||
![]() | Protein sidekick-2 | |||||||||
![]() | CELL ADHESION / immunoglobulin | |||||||||
Function / homology | ![]() SDK interactions / camera-type eye photoreceptor cell differentiation / retina layer formation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / synapse assembly / synapse / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Goodman, K.M. / Mannepalli, S. / Honig, B. / Shapiro, L. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Molecular basis of sidekick-mediated cell-cell adhesion and specificity. Authors: Goodman, K.M. / Yamagata, M. / Jin, X. / Mannepalli, S. / Katsamba, P.S. / Ahlsen, G. / Sergeeva, A.P. / Honig, B. / Sanes, J.R. / Shapiro, L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 305.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 248.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 37.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5k6uC ![]() 5k6vC ![]() 5k6wC ![]() 5k6yC ![]() 5k6zC ![]() 5k70C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 42389.168 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal residues GPAGA are expression construct derived and would be cleaved in the native protein. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 4 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: Polysaccharide | alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#4: Sugar |
-Non-polymers , 3 types, 51 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.26 Å3/Da / Density % sol: 62.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: batch mode / pH: 4 / Details: 1.5M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate pH4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Sep 23, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→40 Å / Num. obs: 29407 / % possible obs: 98.7 % / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 12.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.85 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 98.5 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: Sdk1 Resolution: 2.7→39.002 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.68
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→39.002 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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