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万見
- PDB-5jqd: Antibody Fab Fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jqd
タイトルAntibody Fab Fragment
要素
  • D80 Fab Fragment Heavy Chain
  • D80 Fab Fragment Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody Fab Fragment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.591 Å
データ登録者Zhang, Z. / Prachanronarong, K. / Gellatly, K. / Marasco, W.A. / Schiffer, C.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Defense Advanced Research Projects AgencyDARPA-BAA-10-93 米国
Department of Defense (DOD, United States)HR0011-11-C-0095 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Basis of an Influenza Hemagglutinin Stem-Directed Antibody Retaining the G6 Idiotype
著者: Avnir, Y. / Zhang, Z. / Prachanronarong, K. / Gellatly, K. / Schiffer, C.A. / Marasco, W.A.
履歴
登録2016年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D80 Fab Fragment Light Chain
B: D80 Fab Fragment Light Chain
C: D80 Fab Fragment Heavy Chain
D: D80 Fab Fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8964
ポリマ－94,8964
非ポリマー00
水1,67593
1
A: D80 Fab Fragment Light Chain
D: D80 Fab Fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4482
ポリマ－47,4482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
2
B: D80 Fab Fragment Light Chain
C: D80 Fab Fragment Heavy Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4482
ポリマ－47,4482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.055, 91.577, 106.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 D80 Fab Fragment Light Chain


分子量: 23409.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#2: 抗体 D80 Fab Fragment Heavy Chain


分子量: 24037.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→46.12 Å / Num. obs: 26407 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 11.16

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.591→46.117 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2416 1273 4.82 %
Rwork0.2115 --
obs0.213 26404 95.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.591→46.117 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6329 0 0 93 6422
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056487
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7458844
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0053857
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.591-2.69470.2961400.29032749X-RAY DIFFRACTION95
2.6947-2.81730.33051400.26282800X-RAY DIFFRACTION97
2.8173-2.96580.29751410.24752799X-RAY DIFFRACTION96
2.9658-3.15160.28841340.23792795X-RAY DIFFRACTION96
3.1516-3.39490.25041560.22572776X-RAY DIFFRACTION96
3.3949-3.73640.2551250.20512785X-RAY DIFFRACTION95
3.7364-4.27670.23011640.1892780X-RAY DIFFRACTION95
4.2767-5.38690.18731090.16612823X-RAY DIFFRACTION94
5.3869-46.12420.21861640.22072824X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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