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万見
- PDB-5jnx: The 6.6 A cryo-EM structure of the full-length human NPC1 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jnx
タイトルThe 6.6 A cryo-EM structure of the full-length human NPC1 in complex with the cleaved glycoprotein of Ebola virus
要素
  • (Envelope glycoprotein) x 2
  • Niemann-Pick C1 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / lipid transporter activity / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / cholesterol transport ...cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / lipid transporter activity / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / cholesterol transport / bile acid metabolic process / programmed cell death / establishment of protein localization to membrane / lysosomal transport / adult walking behavior / cholesterol efflux / cholesterol binding / cellular response to steroid hormone stimulus / negative regulation of macroautophagy / protein glycosylation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / response to cadmium ion / negative regulation of TORC1 signaling / cholesterol metabolic process / neurogenesis / liver development / cholesterol homeostasis / macroautophagy / autophagy / endocytosis / transmembrane signaling receptor activity / nuclear envelope / late endosome membrane / signaling receptor activity / virus receptor activity / gene expression / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / suppression by virus of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / lysosome / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont entry into host cell / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / lipid binding / viral envelope / host cell plasma membrane / perinuclear region of cytoplasm / virion membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NPC1-like / : / NPC1, middle luminal domain / Niemann-Pick C1, N-terminal / Niemann-Pick C1 N terminus / : / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein ...NPC1-like / : / NPC1, middle luminal domain / Niemann-Pick C1, N-terminal / Niemann-Pick C1 N terminus / : / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NPC intracellular cholesterol transporter 1 / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Ebola virus - Zaire
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.56 Å
データ登録者Gong, X. / Qian, H.W. / Zhou, X.H. / Wu, J.P. / Wan, T. / Shi, Y. / Gao, F. / Zhou, Q. / Yan, N.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2015CB9101012014, ZX09507003006 中国
National Natural Science Foundation of Chinaproject 31321062 and 81590761 中国
President Foundation of Chinese Academy of Sciences and Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of SciencesXDB08020100 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Niemann-Pick C1 (NPC1)-Mediated Cholesterol Transfer and Ebola Infection.
著者: Xin Gong / Hongwu Qian / Xinhui Zhou / Jianping Wu / Tao Wan / Pingping Cao / Weiyun Huang / Xin Zhao / Xudong Wang / Peiyi Wang / Yi Shi / George F Gao / Qiang Zhou / Nieng Yan /
要旨: Niemann-Pick disease type C (NPC) is associated with mutations in NPC1 and NPC2, whose gene products are key players in the endosomal/lysosomal egress of low-density lipoprotein-derived cholesterol. ...Niemann-Pick disease type C (NPC) is associated with mutations in NPC1 and NPC2, whose gene products are key players in the endosomal/lysosomal egress of low-density lipoprotein-derived cholesterol. NPC1 is also the intracellular receptor for Ebola virus (EBOV). Here, we present a 4.4 Å structure of full-length human NPC1 and a low-resolution reconstruction of NPC1 in complex with the cleaved glycoprotein (GPcl) of EBOV, both determined by single-particle electron cryomicroscopy. NPC1 contains 13 transmembrane segments (TMs) and three distinct lumenal domains A (also designated NTD), C, and I. TMs 2-13 exhibit a typical resistance-nodulation-cell division fold, among which TMs 3-7 constitute the sterol-sensing domain conserved in several proteins involved in cholesterol metabolism and signaling. A trimeric EBOV-GPcl binds to one NPC1 monomer through the domain C. Our structural and biochemical characterizations provide an important framework for mechanistic understanding of NPC1-mediated intracellular cholesterol trafficking and Ebola virus infection.
履歴
登録2016年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Data processing / Database references / カテゴリ: em_software / pdbx_database_related / Item: _em_software.name
改定 1.22019年10月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.32019年12月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name
改定 1.42019年12月11日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年8月5日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / em_entity_assembly ...chem_comp / em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource / em_entity_assembly_recombinant / entity_src_gen / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
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  • マップデータ: EMDB-8169
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Niemann-Pick C1 protein
C: Envelope glycoprotein
D: Envelope glycoprotein
E: Envelope glycoprotein
F: Envelope glycoprotein
G: Envelope glycoprotein
H: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,80225
ポリマ－238,5057
非ポリマー6,29718
水00
1
A: Niemann-Pick C1 protein
C: Envelope glycoprotein
E: Envelope glycoprotein
G: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,88019
ポリマ－193,8574
非ポリマー5,02415
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
2
D: Envelope glycoprotein
F: Envelope glycoprotein
H: Envelope glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9226
ポリマ－44,6483
非ポリマー1,2733
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 7分子 ACEGDFH

#1: タンパク質 Niemann-Pick C1 protein


分子量: 142272.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPC1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15118
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 17194.543 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 32-188 / Mutation: T42V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus - Zaire (1995) (エボラウイルス)
遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): Hi-5
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P87666
#3: タンパク質 Envelope glycoprotein / GP1 / 2 / GP


分子量: 14882.807 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 509-632 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus - Zaire (1995) (エボラウイルス)
遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): Hi-5
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P87666

-
糖 , 4種, 18分子

#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Niemann-Pick C1 protein in complex with GPclCOMPLEX#1-#30RECOMBINANT
2Niemann-Pick C1 proteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Envelope glycoproteinCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Ebola virus - Zaire (1995) (エボラウイルス)128951
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
22Homo sapiens (ヒト)9606pCAG
33Insect cell expression vector pTIE1 (その他)266783
緩衝液pH: 8
試料濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 25 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl and 0.1% digitonin
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500 X / 倍率（補正後）: 38270 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / Calibrated defocus min: 1700 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2700 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 105 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1379
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 0-32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
2UCSFImage4画像取得
4Gctf0.38CTF補正
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
12RELION1.4分類
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 703336
3次元再構成解像度: 6.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50223 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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