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- PDB-5jce: Crystal structure of OsCEBiP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jce
タイトルCrystal structure of OsCEBiP complex
要素Chitin elicitor-binding protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / rice chitin receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / defense response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LysM domain superfamily / Lysin motif / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
triacetyl-beta-chitotriose / Chitin elicitor-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Chai, J.J. / Liu, S.M. / Wang, J.Z.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Molecular Mechanism for Fungal Cell Wall Recognition by Rice Chitin Receptor OsCEBiP
著者: Liu, S.M. / Wang, J.Z. / Han, Z. / Gong, X. / Zhang, H. / Chai, J.J.
履歴
登録2016年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitin elicitor-binding protein
B: Chitin elicitor-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8347
ポリマ－62,3222
非ポリマー1,5125
水00
1
A: Chitin elicitor-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0103
ポリマ－31,1611
非ポリマー8492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area14820 Å2
手法PISA
2
B: Chitin elicitor-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8254
ポリマ－31,1611
非ポリマー6643
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.448, 99.771, 87.647
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chitin elicitor-binding protein / CEBiP


分子量: 31160.926 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-325 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: CEBIP, Os03g0133400, LOC_Os03g04110, OJ1006F06.19, OsJ_30068
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q8H8C7
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / triacetyl-beta-chitotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 2.0 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: AGILENT EOS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→39.2 Å / Num. obs: 33694 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.51→2.6 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JCD

5jcd


解像度: 2.51→39.16 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 1999 5.94 %
Rwork0.22 --
obs0.222 33668 97.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→39.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4308 0 99 0 4407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2786141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3191590
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006788
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5124-2.57520.34281170.31631848X-RAY DIFFRACTION80
2.5752-2.64480.35241420.29572269X-RAY DIFFRACTION98
2.6448-2.72260.35521450.28552286X-RAY DIFFRACTION99
2.7226-2.81040.35311430.28022272X-RAY DIFFRACTION99
2.8104-2.91090.32141450.26452300X-RAY DIFFRACTION99
2.9109-3.02740.31891470.25892324X-RAY DIFFRACTION99
3.0274-3.16510.22861440.24732279X-RAY DIFFRACTION100
3.1651-3.33190.31041460.23352312X-RAY DIFFRACTION100
3.3319-3.54050.27671470.22612311X-RAY DIFFRACTION100
3.5405-3.81370.25441450.19822304X-RAY DIFFRACTION99
3.8137-4.1970.19561440.18812288X-RAY DIFFRACTION99
4.197-4.80340.21051440.17992271X-RAY DIFFRACTION98
4.8034-6.04820.23831460.19692325X-RAY DIFFRACTION99
6.0482-39.16110.22681440.21512280X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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