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- PDB-3l8q: Structure analysis of the type II cohesin dyad from the adaptor S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l8q
タイトルStructure analysis of the type II cohesin dyad from the adaptor ScaA scaffoldin of Acetivibrio cellulolyticus
要素Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN BINDING / Dockerin-binding module / protein-protein interactions / linker segment / scaffoldin arrangement / beta sandwich / alpha helix / beta flaps
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily ...: / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / 1,3-PROPANDIOL / Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Noach, I. / Frolow, F. / Bayer, E.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Modular Arrangement of a Cellulosomal Scaffoldin Subunit Revealed from the Crystal Structure of a Cohesin Dyad
著者: Noach, I. / Levy-Assaraf, M. / Lamed, R. / Shimon, L.J.W. / Frolow, F. / Bayer, E.A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Intermodular linker flexibility revealed from crystal structures of adjacent cellulosomal cohesins of Acetivibrio cellulolyticus
著者: Noach, I. / Frolow, F. / Alber, O. / Lamed, R. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E.A.
履歴
登録2010年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
B: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
C: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
D: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,53634
ポリマ－151,5904
非ポリマー1,94630
水38,8402156
1
A: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4089
ポリマ－37,8971
非ポリマー5118
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3267
ポリマ－37,8971
非ポリマー4296
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,47010
ポリマ－37,8971
非ポリマー5739
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3328
ポリマ－37,8971
非ポリマー4347
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.225, 73.912, 90.793
Angle α, β, γ (deg.)100.25, 94.26, 112.15
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B


分子量: 37897.426 Da / 分子数: 4 / 断片: Cohesin dyad, UNP residues 28-368 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: scaB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q7WYN3
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#4: 化合物 ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DEPOSITORS SUSPECT THAT THE ORIGINAL SEQUENCING WAS MISTAKEN AT THIS POSITION. THEIR RESULTS ...THE DEPOSITORS SUSPECT THAT THE ORIGINAL SEQUENCING WAS MISTAKEN AT THIS POSITION. THEIR RESULTS CLEARLY SHOW THR IN THIS POSITION AND NOT ILE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 0.15M citric acid pH 3.5, 16% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月8日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→30 Å / Num. obs: 192139 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 23.9 / Num. measured all: 707451
反射 シェル解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 8616 / Rsym value: 0.446 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZV9

1zv9


解像度: 1.57→29.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.799 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.; THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR phasing.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22554 9366 5 %RANDOM
Rwork0.17813 ---
obs0.1805 176887 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.626 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.11 Å2-0.36 Å20.49 Å2
2--0.75 Å20.21 Å2
3---0.25 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.203 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10245 0 126 2156 12527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210658
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.96714464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.845317285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.251380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.39626.048420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.116151786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8411525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02111801
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.35436788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.72832770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.585511085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.72673870
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.76103372
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.917317650
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.572→1.603 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 646 -
Rwork0.189 12151 -
obs--95.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32970.0186-0.02660.0913-0.06930.17080.0517-0.0370.0330.0105-0.03910.01680.04320.0528-0.01260.04710.0036-0.00720.0411-0.00350.02410.6330.1180.032
20.31480.02190.06710.0628-0.08290.29330.01590.00690.00930.0037-0.02260.01070.02330.05880.00660.04020.0069-0.01670.033-0.00480.020413.12624.28643.473
30.28390.0541-0.21290.013-0.03140.46820.00260.0418-00.00550.0036-0.0047-0.0028-0.0811-0.00610.03820.00670.00770.02820.00550.03244.36516.8688.567
40.16140.0504-0.02150.0208-0.01430.13160.00330.0138-0.0263-0.001-0.0056-0.0044-0.0187-0.01520.00220.04010.0060.00270.0279-0.0060.038831.791-7.51246.022
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 338
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 341
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 337
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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