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- PDB-1zv9: Crystal structure analysis of a type II cohesin domain from the c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zv9
タイトルCrystal structure analysis of a type II cohesin domain from the cellulosome of Acetivibrio cellulolyticus- SeMet derivative
要素Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
キーワードcellulosome / cohesins II
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily ...: / Immunoglobulin-like - #680 / Cellulosome anchoring protein, cohesin domain / Cohesin domain / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / FORMIC ACID / NITRATE ION / 1,3-PROPANDIOL / : / Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Noach, I. / Rosenheck, S. / Lamed, R. / Shimon, L. / Bayer, E. / Frolow, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Intermodular linker flexibility revealed from crystal structures of adjacent cellulosomal cohesins of Acetivibrio cellulolyticus.
著者: Noach, I. / Frolow, F. / Alber, O. / Lamed, R. / Shimon, L.J. / Bayer, E.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Preliminary X-ray characterisation and phasing of a type II cohesin domain from the cellulosome of Acetivibrio cellulolyticus
著者: Noach, I. / Lamed, R. / Xu, Q. / Rosenheck, S. / Shimon, L.J.W. / Bayer, E. / Frolow, F.
履歴
登録2005年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,26813
ポリマ－18,5291
非ポリマー73912
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.858, 53.858, 111.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cellulosomal scaffoldin adaptor protein B / ScaB


分子量: 18529.287 Da / 分子数: 1 / 断片: cohesin II domain from cellulosome assembly / 変異: MET41MSE,MET63MSE,MET139MSE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetivibrio cellulolyticus (バクテリア)
遺伝子: ScaB / プラスミド: pet28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 31540575, UniProt: Q7WYN3*PLUS

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非ポリマー , 6種, 307分子

#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: Ammonium sulfate, pH 6, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月16日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→50 Å / Num. all: 49349 / Num. obs: 48796 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Χ2: 1.23 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2340 / Rsym value: 0.49 / Χ2: 0.841 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.401データ抽出
ProDCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QZN

1qzn


解像度: 1.28→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.182 / SU ML: 0.023 / SU R Cruickshank DPI: 0.035 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.158 2462 5.1 %RANDOM
Rwork0.116 ---
all0.118 48796 --
obs0.118 48747 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0.13 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1328 0 32 316 1676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01513940.022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0019280.02
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.47218821.986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98923043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5051845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.0555226.538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.84924115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.027315
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0872260.2
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.00715280.02
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0012380.02
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2362160.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1989500.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1646760.2
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0837230.2
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1741940.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3100.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.278280.2
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.155380.2
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.83210903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.4183543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.38914435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.1965587
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it13.03743210
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.6627013
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29731.928
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded230910.211
LS精密化 シェル解像度: 1.28→1.312 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 187 -
Rwork0.168 3230 -
obs-3230 94.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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