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- PDB-4tx8: Crystal Structure of a Family GH18 Chitinase from Chromobacterium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4tx8
タイトルCrystal Structure of a Family GH18 Chitinase from Chromobacterium violaceum
要素Probable chitinase A
キーワードHYDROLASE / Chitinase Family 18 Glycoside Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitin binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / : / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase II ...Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / : / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Ribbon / Glycosidases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Pereira, H.M. / Lobo, M.D.P. / Brandao-Neto, J. / Grangeiro, T.B.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP) ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of a Family GH18 Chitinase from Chromobacterium violaceum
著者: Pereira, H.M. / Lobo, M.D.P. / Brandao-Neto, J. / Grangeiro, T.B.
履歴
登録2014年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support ...diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable chitinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7958
ポリマ－45,7531
非ポリマー1,0427
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14560 Å2
2
A: Probable chitinase A
ヘテロ分子

A: Probable chitinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,59116
ポリマ－91,5072
非ポリマー2,08414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area24670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.480, 120.480, 106.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Probable chitinase A


分子量: 45753.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757
遺伝子: CV_2935 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: Q7NTW8
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 298分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.7 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 25/09/2011
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→53.88 Å / Num. obs: 40464 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 32.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-IDRejects% possible all
2.17-2.2350.5792.31098.4
9.7-53.884.60.0221091.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
GDAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ED7

1ed7


解像度: 2.17→48.67 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1907 2026 5.01 %Random selection
Rwork0.168 ---
obs0.1692 40433 96.3 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→48.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 69 292 3122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8723980
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1811037
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005526
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1701-2.22430.28761270.25242768X-RAY DIFFRACTION98
2.2243-2.28450.2371480.22392733X-RAY DIFFRACTION98
2.2845-2.35170.24261420.22182750X-RAY DIFFRACTION98
2.3517-2.42760.23321450.21232734X-RAY DIFFRACTION98
2.4276-2.51430.22681410.20742741X-RAY DIFFRACTION97
2.5143-2.6150.24381250.19662746X-RAY DIFFRACTION97
2.615-2.7340.21151600.1942712X-RAY DIFFRACTION97
2.734-2.87810.2121330.18812753X-RAY DIFFRACTION97
2.8781-3.05840.17611630.18082703X-RAY DIFFRACTION96
3.0584-3.29450.20981460.18062734X-RAY DIFFRACTION96
3.2945-3.6260.18011520.15092724X-RAY DIFFRACTION96
3.626-4.15040.17561480.13512724X-RAY DIFFRACTION95
4.1504-5.22810.12721440.12692753X-RAY DIFFRACTION94
5.2281-48.68270.18771520.15482832X-RAY DIFFRACTION92
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5126-0.7091-0.69121.72850.76720.9399-0.10490.20660.362-0.0407-0.03710.0088-0.4968-0.13870.02930.3340.0191-0.03230.19690.0270.3068-43.0853-15.1103-11.7455
21.1427-0.019-0.06851.38880.16571.15930.05220.1454-0.2028-0.2673-0.0279-0.0185-0.0264-0.00570.01680.24680.0040.01910.2280.04230.2507-33.0565-24.7115-13.8896
32.252-0.44070.18793.00030.68381.4448-0.10720.25280.1252-0.11490.0175-0.3528-0.16420.46910.07910.2686-0.07140.03280.27550.07350.3449-25.8604-15.9622-11.7376
41.4990.1816-0.21792.39490.18210.6747-0.0777-0.16650.05160.2858-0.0021-0.1489-0.1562-0.06260.25340.2566-0.0097-0.00930.17350.00710.3601-31.1276-14.7959-0.6621
52.38060.39420.61323.04890.15823.8328-0.2660.13890.48990.40660.0707-0.3094-0.31420.25970.20530.445-0.0783-0.10310.23050.040.4606-25.72-5.4128-1.3618
61.21960.5572-0.46590.7291-0.89592.06170.0032-0.11960.13550.0779-0.01980.0927-0.3982-0.02480.07080.27950.001-0.00150.1957-0.0030.2611-39.445-12.17024.3984
72.04160.3907-0.48730.8936-0.57352.2893-0.0438-0.1506-0.08410.17020.03050.1385-0.2512-0.3291-0.01790.23880.0471-0.00410.2783-0.00750.2763-49.7904-19.20633.767
81.90840.1023-0.3411.4648-0.88612.92620.0796-0.2280.16860.28360.1060.1295-0.4242-0.5104-0.09780.25190.09090.00450.3064-0.00020.2915-53.7792-15.81273.1058
94.5167-2.11411.01673.1537-0.35662.73660.24550.088-0.3984-0.2473-0.13280.38010.2561-0.4196-0.14170.2362-0.0569-0.0220.31970.02690.3091-51.2392-29.9378-6.8118
102.5906-0.47870.31962.8806-1.36292.9713-0.0790.12850.10250.08390.13490.356-0.2218-0.6964-0.12840.21280.0298-0.04730.3557-0.02690.2773-56.1975-20.5717-6.4968
117.051-0.9166-0.15571.96370.10341.85650.22260.3144-0.1932-0.3365-0.14780.10320.1344-0.1748-0.07960.2692-0.0184-0.03780.2364-0.00880.2383-43.2331-29.2975-15.7718
122.97110.2447-0.32942.5296-0.23462.57870.24710.3994-0.0876-0.7891-0.2080.44130.0925-0.2606-0.02370.42220.0383-0.07380.3241-0.07980.2976-34.6909-45.8393-23.5382
133.8158-0.16810.02053.1325-0.52311.99930.12690.0543-0.1543-0.3061-0.18850.03650.0768-0.05560.06390.31230.0297-0.02390.1782-0.05340.2676-30.5036-45.5252-17.0707
143.3107-1.17560.00053.7255-1.85753.41360.01610.60450.2704-0.8130.1559-0.3567-0.1044-0.16290.04760.49940.02890.00410.31220.00540.3266-32.2645-38.2673-24.2038
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 75 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 115 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 116 through 149 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 150 through 168 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 169 through 186 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 187 through 251 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 252 through 289 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 290 through 327 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 328 through 352 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 353 through 375 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 376 through 396 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 2 through 22 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 23 through 47 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 48 through 54 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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