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万見
- PDB-5iwu: Macrolide 2'-phosphotransferase type II complexed with erythromycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iwu
タイトルMacrolide 2'-phosphotransferase type II complexed with erythromycin
要素Macrolide 2'-phosphotransferase II
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / macrolide phosphotransferase / kinase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ERYTHROMYCIN A / Macrolide 2'-phosphotransferase II
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Berghuis, A.M. / Fong, D.H.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-13107 カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2016年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22017年5月17日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrolide 2'-phosphotransferase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4525
ポリマ－34,5271
非ポリマー9254
水10,647591
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.160, 81.290, 97.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Macrolide 2'-phosphotransferase II / Macrolide 2'-phosphotransferase II protein MphB / Macrolide 2-phosphotransferase / mph(B)


分子量: 34527.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mphB, pO103_99 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32553

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非ポリマー , 5種, 595分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ERY / ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン


分子量: 733.927 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H67NO13 / コメント: 抗生剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1M Tris, 25-40% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月23日
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→41.786 Å / Num. obs: 77516 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 26.98
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.3-1.330.6041.89181.5
1.33-1.370.552.34191.4
1.37-1.410.4423.22197.2
1.41-1.450.3414.96199.7
1.45-1.50.2647.31100
1.5-1.550.2029.641100
1.55-1.610.15312.581100
1.61-1.680.12515.451100
1.68-1.750.09719.81100
1.75-1.840.07924.081100
1.84-1.940.05832.351100
1.94-2.060.04441.791100
2.06-2.20.03650.291100
2.2-2.370.03355.281100
2.37-2.60.0360.11100
2.6-2.910.02766.331100
2.91-3.360.02372.621100
3.36-4.110.0278.26199.9
4.11-5.810.01979.341100
5.810.01876.33198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IGU

5igu


解像度: 1.3→41.786 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1709 2000 2.58 %
Rwork0.1583 --
obs0.1587 77513 97.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.97 Å2 / Biso mean: 20.39 Å2 / Biso min: 7.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→41.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2405 0 154 591 3150
Biso mean--14.78 30.29 -
残基数----299
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0823657
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.382976
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2999-1.33250.27221160.26514408452481
1.3325-1.36850.2471320.24084947507991
1.3685-1.40880.22061390.21445273541297
1.4088-1.45420.19091450.185154345579100
1.4542-1.50620.18431440.175754895633100
1.5062-1.56650.17231450.154354725617100
1.5665-1.63780.19361450.143854475592100
1.6378-1.72420.17141450.142555015646100
1.7242-1.83220.18051460.14954905636100
1.8322-1.97360.1721460.145755215667100
1.9736-2.17230.14481470.139455145661100
2.1723-2.48660.17361470.142155695716100
2.4866-3.13260.15371480.160656215769100
3.1326-41.80770.16411550.158858275982100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6672.2984-1.66543.0059-0.8012.4294-0.0891-0.4252-0.71650.56790.06380.06960.5425-0.00890.09120.44190.034600.29870.05610.24648.9723-14.538552.3913
21.1813-0.49260.21061.3429-0.01411.1189-0.0714-0.18360.00870.21450.0221-0.02630.0996-0.05660.0260.10560.002-0.00520.1192-0.01780.09347.8712-7.507139.0546
31.5362-0.3319-0.13020.83620.26040.8553-0.00080.01480.11940.0687-0.01270.03690.0145-0.12870.01330.067-0.00070.00780.06170.00530.078-5.96951.810227.2927
41.95950.16980.28021.1958-0.02560.74950.10190.3514-0.1747-0.3332-0.05390.01880.1499-0.0164-0.01640.20.03740.00130.1468-0.01140.0638-4.3433-13.96378.0081
51.0671-0.04860.19860.9932-0.12720.73720.00530.02110.1501-0.03590.0031-0.00660.0011-0.041-0.01090.07130.00290.0160.07940.01330.0875-5.04380.118222.3447
61.05481.1065-0.16812.5994-0.07870.4010.05510.16020.2177-0.1213-0.02020.19210.0096-0.0630.00180.13470.01650.00780.1530.03330.1255-8.2476-0.278810.8102
71.4951-0.1354-0.25832.2043-1.47112.46590.0614-0.1253-0.19920.3153-0.03910.2804-0.1232-0.0505-0.00280.2521-0.02040.02280.13960.00250.1915-11.795-21.668222.6784
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:14)A1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 15:95)A15 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 96:143)A96 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 144:191)A144 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 192:252)A192 - 252
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 253:273)A253 - 273
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 274:299)A274 - 299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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