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万見
- PDB-5iv5: Cryo-electron microscopy structure of the hexagonal pre-attachmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5iv5
タイトルCryo-electron microscopy structure of the hexagonal pre-attachment T4 baseplate-tail tube complex
要素
  • (Baseplate tail-tube protein ...) x 2
  • (Baseplate wedge protein ...) x 8
  • Baseplate hub protein gp27
  • Peptidoglycan hydrolase gp5
  • Short tail fiber protein gp12
  • Tail tube protein gp19
  • Uncharacterized 10.2 kDa protein in segC-Gp6 intergenic region
キーワードVIRAL PROTEIN / T4 / baseplate-tail tube complex / pre-attachment / bacteriophage / bacterial virus / hexagonal / membrane-piercing / cell attachment / infection
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan beta-N-acetylmuramidase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, tube / virus tail, baseplate / virus tail, fiber / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host ...peptidoglycan beta-N-acetylmuramidase activity / symbiont genome ejection through host cell envelope, contractile tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, tube / virus tail, baseplate / virus tail, fiber / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage T4, Gp12 / Baseplate tail-tube protein gp48, T4-like virus / Short tail fibre protein, C-terminal / Short tail fibre protein, C-terminal superfamily / Phage short tail fibre protein gp12, middle domain / Tail-tube assembly protein / Short tail fibre protein receptor-binding domain / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : ...Bacteriophage T4, Gp12 / Baseplate tail-tube protein gp48, T4-like virus / Short tail fibre protein, C-terminal / Short tail fibre protein, C-terminal superfamily / Phage short tail fibre protein gp12, middle domain / Tail-tube assembly protein / Short tail fibre protein receptor-binding domain / Baseplate wedge protein gp53, bacteriophage T4 / Baseplate wedge protein gp7 / : / : / : / Base plate wedge protein 53 / Baseplate wedge protein gp7, domain V / Baseplate wedge protein gp7, helical domain / Baseplate wedge protein gp7, domain VI / Phage tail collar domain / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, C-terminal / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, N-terminal / Phage tail collar domain superfamily / Gp27, baseplate hub, domain 3 / Gp27, baseplate hub, domain 4 / Gp27, baseplate hub, domain 2 / Phage Tail Collar Domain / Baseplate structural protein, domain 2 / Baseplate structural protein, domain 1 / Baseplate structural protein Gp11 / Bacteriophage T4, Gp11, C-terminal finger domain / Baseplate structural protein Gp11, N-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp11 superfamily / Baseplate structural protein Gp11, C-terminal domain / GP11 baseplate wedge protein / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp6 / : / : / : / : / : / : / Baseplate wedge protein gp6-like, helical domain / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain I / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain II / Baseplate wedge protein gp6, domain II / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain III / Baseplate wedge protein gp10 domain 3 / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Gp5, C-terminal / Gp5 C-terminal repeat (3 copies) / : / Baseplate structural protein Gp10, C-terminal domain / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / PAAR motif / PAAR motif / IraD/Gp25-like / Baseplate wedge protein gp25 / Bacteriophage T4, Gp19, tail tube / T4-like virus tail tube protein gp19 / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Baseplate wedge protein gp25 / Baseplate protein gp9 / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp11 / Short tail fiber protein gp12 / Tail tube protein gp19 / Baseplate tail-tube junction protein gp48 / Baseplate tail-tube junction protein gp54 / Pre-baseplate central spike protein Gp5 ...: / Baseplate wedge protein gp25 / Baseplate protein gp9 / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp11 / Short tail fiber protein gp12 / Tail tube protein gp19 / Baseplate tail-tube junction protein gp48 / Baseplate tail-tube junction protein gp54 / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Baseplate wedge protein gp53 / Baseplate central spike complex protein gp27 / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge protein gp7 / Baseplate wedge protein gp8 / Baseplate puncturing device gp5.4
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.11 Å
データ登録者Taylor, N.M.I. / Guerrero-Ferreira, R.C. / Goldie, K.N. / Stahlberg, H. / Leiman, P.G.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of the T4 baseplate and its function in triggering sheath contraction.
著者: Nicholas M I Taylor / Nikolai S Prokhorov / Ricardo C Guerrero-Ferreira / Mikhail M Shneider / Christopher Browning / Kenneth N Goldie / Henning Stahlberg / Petr G Leiman /
要旨: Several systems, including contractile tail bacteriophages, the type VI secretion system and R-type pyocins, use a multiprotein tubular apparatus to attach to and penetrate host cell membranes. This ...Several systems, including contractile tail bacteriophages, the type VI secretion system and R-type pyocins, use a multiprotein tubular apparatus to attach to and penetrate host cell membranes. This macromolecular machine resembles a stretched, coiled spring (or sheath) wound around a rigid tube with a spike-shaped protein at its tip. A baseplate structure, which is arguably the most complex part of this assembly, relays the contraction signal to the sheath. Here we present the atomic structure of the approximately 6-megadalton bacteriophage T4 baseplate in its pre- and post-host attachment states and explain the events that lead to sheath contraction in atomic detail. We establish the identity and function of a minimal set of components that is conserved in all contractile injection systems and show that the triggering mechanism is universally conserved.
履歴
登録2016年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 1.32017年8月30日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: em_imaging_optics / em_software / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.details ..._em_imaging_optics.energyfilter_name / _em_software.details / _em_software.name / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2
改定 1.42018年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / Item: _em_imaging_optics.energyfilter_lower
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3374
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baseplate wedge protein gp6
B: Baseplate wedge protein gp6
C: Baseplate wedge protein gp7
D: Baseplate wedge protein gp8
E: Baseplate wedge protein gp8
F: Baseplate wedge protein gp9
G: Baseplate wedge protein gp9
H: Baseplate wedge protein gp9
I: Baseplate wedge protein gp10
J: Baseplate wedge protein gp10
K: Baseplate wedge protein gp10
L: Baseplate wedge protein gp11
M: Baseplate wedge protein gp11
N: Baseplate wedge protein gp11
O: Short tail fiber protein gp12
P: Short tail fiber protein gp12
Q: Short tail fiber protein gp12
R: Tail tube protein gp19
S: Tail tube protein gp19
T: Baseplate wedge protein gp25
U: Baseplate tail-tube protein gp48
V: Baseplate wedge protein gp53
W: Baseplate tail-tube protein gp54
X: Baseplate wedge protein gp6
Y: Baseplate wedge protein gp6
Z: Baseplate wedge protein gp7
a: Baseplate wedge protein gp8
b: Baseplate wedge protein gp8
c: Baseplate wedge protein gp9
d: Baseplate wedge protein gp9
e: Baseplate wedge protein gp9
f: Baseplate wedge protein gp10
g: Baseplate wedge protein gp10
h: Baseplate wedge protein gp10
i: Baseplate wedge protein gp11
j: Baseplate wedge protein gp11
k: Baseplate wedge protein gp11
l: Short tail fiber protein gp12
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n: Short tail fiber protein gp12
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p: Tail tube protein gp19
q: Baseplate wedge protein gp25
r: Baseplate tail-tube protein gp48
s: Baseplate wedge protein gp53
t: Baseplate tail-tube protein gp54
u: Baseplate wedge protein gp6
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x: Baseplate wedge protein gp8
y: Baseplate wedge protein gp8
z: Baseplate wedge protein gp9
AA: Baseplate wedge protein gp9
AB: Baseplate wedge protein gp9
AC: Baseplate wedge protein gp10
AD: Baseplate wedge protein gp10
AE: Baseplate wedge protein gp10
AF: Baseplate wedge protein gp11
AG: Baseplate wedge protein gp11
AH: Baseplate wedge protein gp11
AI: Short tail fiber protein gp12
AJ: Short tail fiber protein gp12
BA: Short tail fiber protein gp12
BB: Tail tube protein gp19
BC: Tail tube protein gp19
BD: Baseplate wedge protein gp25
BE: Baseplate tail-tube protein gp48
BF: Baseplate wedge protein gp53
BG: Baseplate tail-tube protein gp54
BH: Baseplate wedge protein gp6
BI: Baseplate wedge protein gp6
BJ: Baseplate wedge protein gp7
CA: Baseplate wedge protein gp8
CB: Baseplate wedge protein gp8
CC: Baseplate wedge protein gp9
CD: Baseplate wedge protein gp9
CE: Baseplate wedge protein gp9
CF: Baseplate wedge protein gp10
CG: Baseplate wedge protein gp10
CH: Baseplate wedge protein gp10
CI: Baseplate wedge protein gp11
CJ: Baseplate wedge protein gp11
DA: Baseplate wedge protein gp11
DB: Short tail fiber protein gp12
DC: Short tail fiber protein gp12
DD: Short tail fiber protein gp12
DE: Tail tube protein gp19
DF: Tail tube protein gp19
DG: Baseplate wedge protein gp25
DH: Baseplate tail-tube protein gp48
DI: Baseplate wedge protein gp53
DJ: Baseplate tail-tube protein gp54
EA: Baseplate wedge protein gp6
EB: Baseplate wedge protein gp6
EC: Baseplate wedge protein gp7
ED: Baseplate wedge protein gp8
EE: Baseplate wedge protein gp8
EF: Baseplate wedge protein gp9
EG: Baseplate wedge protein gp9
EH: Baseplate wedge protein gp9
EI: Baseplate wedge protein gp10
EJ: Baseplate wedge protein gp10
FA: Baseplate wedge protein gp10
FB: Baseplate wedge protein gp11
FC: Baseplate wedge protein gp11
FD: Baseplate wedge protein gp11
FE: Short tail fiber protein gp12
FF: Short tail fiber protein gp12
FG: Short tail fiber protein gp12
FH: Tail tube protein gp19
FI: Tail tube protein gp19
FJ: Baseplate wedge protein gp25
GA: Baseplate tail-tube protein gp48
GB: Baseplate wedge protein gp53
GC: Baseplate tail-tube protein gp54
GD: Baseplate wedge protein gp6
GE: Baseplate wedge protein gp6
GF: Baseplate wedge protein gp7
GG: Baseplate wedge protein gp8
GH: Baseplate wedge protein gp8
GI: Baseplate wedge protein gp9
GJ: Baseplate wedge protein gp9
HA: Baseplate wedge protein gp9
HB: Baseplate wedge protein gp10
HC: Baseplate wedge protein gp10
HD: Baseplate wedge protein gp10
HE: Baseplate wedge protein gp11
HF: Baseplate wedge protein gp11
HG: Baseplate wedge protein gp11
HH: Short tail fiber protein gp12
HI: Short tail fiber protein gp12
HJ: Short tail fiber protein gp12
IA: Tail tube protein gp19
IB: Tail tube protein gp19
IC: Baseplate wedge protein gp25
ID: Baseplate tail-tube protein gp48
IE: Baseplate wedge protein gp53
IF: Baseplate tail-tube protein gp54
YA: Peptidoglycan hydrolase gp5
YB: Peptidoglycan hydrolase gp5
YC: Peptidoglycan hydrolase gp5
YD: Baseplate hub protein gp27
YE: Baseplate hub protein gp27
YF: Baseplate hub protein gp27
ZA: Uncharacterized 10.2 kDa protein in segC-Gp6 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,490,099152
ポリマ－6,489,651145
非ポリマー4487
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1577510 Å2
ΔGint-8354 kcal/mol
Surface area2099780 Å2
手法PISA

-
要素

-
Baseplate wedge protein ... , 8種, 96分子 ABXYuvBHBIEAEBGDGECZwBJECGFDEabxyCACBEDEEGGGH...

#1: タンパク質
Baseplate wedge protein gp6 / Gene product 6 / gp6


分子量: 74492.641 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P19060
#2: タンパク質
Baseplate wedge protein gp7 / Gene product 7 / gp7


分子量: 119336.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P19061
#3: タンパク質
Baseplate wedge protein gp8 / Gene product 8 / gp8


分子量: 38041.668 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P19062
#4: タンパク質
Baseplate wedge protein gp9 / Gene product 9 / gp9


分子量: 31024.725 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P10927
#5: タンパク質
Baseplate wedge protein gp10 / Gene product 10 / gp10


分子量: 66281.680 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P10928
#6: タンパク質
Baseplate wedge protein gp11 / Gene product 11 / gp11


分子量: 23725.523 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P10929
#9: タンパク質
Baseplate wedge protein gp25 / Outer wedge of baseplate protein / Protein Gp25


分子量: 15111.101 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P09425
#11: タンパク質
Baseplate wedge protein gp53 / Gene product 53 / gp53


分子量: 22990.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P16011

-
タンパク質 , 5種, 37分子 OPQlmnAIAJBADBDCDDFEFFFGHHHIHJRSopBBBCDEDFFHFIIAIB...

#7: タンパク質
Short tail fiber protein gp12 / Gene product 12 / gp12


分子量: 56253.926 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P10930
#8: タンパク質
Tail tube protein gp19 / Gene product 19 / gp19


分子量: 18479.613 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P13333
#13: タンパク質 Peptidoglycan hydrolase gp5 / Protein Gp5


分子量: 63183.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
詳細: The chain breaks in gp5 (chains YA, YB and YC) between residues 76 and 77 were introduced by the refinement program. The starting model did not contain these breaks. This region lies in the ...詳細: The chain breaks in gp5 (chains YA, YB and YC) between residues 76 and 77 were introduced by the refinement program. The starting model did not contain these breaks. This region lies in the symmetry mismatched region of our map and cannot be refined reliably. The crystal structure of the gp5-gp27 complex - PDB code 1K28 - gives a more precise description of the polypeptide chain conformation at this location.
由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P16009, lysozyme
#14: タンパク質 Baseplate hub protein gp27 / Gene product 27 / gp27 / Hub protein 27


分子量: 44431.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P17172
#15: タンパク質 Uncharacterized 10.2 kDa protein in segC-Gp6 intergenic region


分子量: 10233.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P39234

-
Baseplate tail-tube protein ... , 2種, 12分子 UrBEDHGAIDWtBGDJGCIF

#10: タンパク質
Baseplate tail-tube protein gp48 / Baseplate-tube cap / Gene product 48 / gp48


分子量: 39770.332 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P13339
#12: タンパク質
Baseplate tail-tube protein gp54 / Gene product 54 / gp54


分子量: 35001.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage T4 (ファージ) / Plasmid details: am18/am23 mutant / 参照: UniProt: P13341

-
非ポリマー , 2種, 7分子

#16: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#17: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Hexagonal pre-attachment T4 baseplate-tail tube complex
タイプ: COMPLEX
詳細: Only the baseplate and the proximal part of the tail tube were selected for 3D reconstruction. The total mass of the reconstructed volume was approximately 6.5 MDa.
Entity ID: #1-#15 / 由来: NATURAL
分子量値: 8.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 株: am18/am23 mutant
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTRIS-hydrochloride pH 8TRIS-HCl1
2100 mMsodium chlorideNaCl1
38 mMmagnesium sulfateMgSO41
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: In addition to hexagonal pre-attachment baseplate-tail tube complexes, the sample also contained some star-shaped, hubless post-attachment baseplates. The current model is the hexagonal pre- ...詳細: In addition to hexagonal pre-attachment baseplate-tail tube complexes, the sample also contained some star-shaped, hubless post-attachment baseplates. The current model is the hexagonal pre-attachment baseplate-tail tube complex.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %
詳細: Applied 3.5 ul of sample and blotting 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 37700 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: HELIUM
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 3-40

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1EMAN2粒子像選択e2boxer.py
4CTFFIND4CTF補正
5RELION1.4CTF補正
8Coot0.8.2モデルフィッティング
10RELION1.4初期オイラー角割当
11RELION1.4最終オイラー角割当
13RELION1.4３次元再構成
14PHENIX1.10.1-2155モデル精密化phenix.real_space_refine
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 47516
対称性点対称性: C6 (6回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 37913 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13H2T

3h2t

13H2T1PDBexperimental model
21N7Z

1n7z

11N7Z2PDBexperimental model
31S2E

1s2e

11S2E3PDBexperimental model
42FKK

2fkk

12FKK4PDBexperimental model
51EL6

1el6

11EL65PDBexperimental model
61H6W

1h6w
PDB 未公開エントリ

11H6W6PDBexperimental model
71OCY

1ocy

11OCY7PDBexperimental model
84HRZ

4hrz
PDB 未公開エントリ

14HRZ8PDBexperimental model
91K28

1k28

11K289PDBexperimental model
104KU0

4ku0

14KU010PDBexperimental model

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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