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- EMDB-2099: Structure of ER membrane associated ribosomes in situ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2099
タイトルStructure of ER membrane associated ribosomes in situ
マップデータReconstruction of ER membrane associated ribosome from canine pancreatic microsomes
試料
  • 試料: ER membrane associated ribosome
  • 複合体: Membrane-bound 80S ribosome
キーワード80S ribosome / translocon / mammalian / ER membrane
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 31.0 Å
データ登録者Pfeffer S / Brandt F / Hrabe T / Lang S / Eibauer M / Zimmermann R / Foerster F
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structure and 3D arrangement of endoplasmic reticulum membrane-associated ribosomes.
著者: Stefan Pfeffer / Florian Brandt / Thomas Hrabe / Sven Lang / Matthias Eibauer / Richard Zimmermann / Friedrich Förster /
要旨: In eukaryotic cells, cotranslational protein translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane requires an elaborate macromolecular machinery. While structural details of ribosomes bound ...In eukaryotic cells, cotranslational protein translocation across the endoplasmic reticulum (ER) membrane requires an elaborate macromolecular machinery. While structural details of ribosomes bound to purified and solubilized constituents of the translocon have been elucidated in recent years, little structural knowledge of ribosomes bound to the complete ER protein translocation machinery in a native membrane environment exists. Here, we used cryoelectron tomography to provide a three-dimensional reconstruction of 80S ribosomes attached to functional canine pancreatic ER microsomes in situ. In the resulting subtomogram average at 31 Å resolution, we observe direct contact of ribosomal expansion segment ES27L and the membrane and distinguish several membrane-embedded and lumenal complexes, including Sec61, the TRAP complex and another large complex protruding 90 Å into the lumen. Membrane-associated ribosomes adopt a preferred three-dimensional arrangement that is likely specific for ER-associated polyribosomes and may explain the high translation efficiency of ER-associated ribosomes compared to their cytosolic counterparts.
履歴
登録2012年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年7月25日-
マップ公開2012年7月25日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00895
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.00895
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-2099-pic...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of ER membrane associated ribosome from canine pancreatic microsomes
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.68 Å/pix.
x 128 pix.
= 599.04 Å		4.68 Å/pix.
x 128 pix.
= 599.04 Å		4.68 Å/pix.
x 128 pix.
= 599.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00895 / ムービー #1: 0.00895
最小 - 最大-0.05852651 - 0.08826262
平均 (標準偏差)0.00050413 (±0.007813)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 599.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.684.684.68
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z599.040599.040599.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128168
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0590.0880.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ER membrane associated ribosome

全体名称: ER membrane associated ribosome
要素
  • 試料: ER membrane associated ribosome
  • 複合体: Membrane-bound 80S ribosome

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超分子 #1000: ER membrane associated ribosome

超分子名称: ER membrane associated ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample is embedded into its native membrane / 集合状態: ER membrane associated ribosome / Number unique components: 1
分子量理論値: 4.5 MDa

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超分子 #1: Membrane-bound 80S ribosome

超分子名称: Membrane-bound 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog / 組織: Pancreas / Organelle: Endoplasmic reticulum / 細胞中の位置: Endoplasmic reticulum
分子量理論値: 4.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 5 mM MgCl2, 140 mM KCl, 10 mM Hepes pH 7.4, 1 mM DTT, protease inhibitor
グリッド詳細: lacy carbon
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 90 K / 平均: 85 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan GIF 2002
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV
日付2011年1月1日
撮影実像数: 328 / 平均電子線量: 50 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using PyTom and classified by constrained principal component analysis. Average number of projections used in the 3D reconstructions: 1000. Average number of class averages: 1.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 31.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PyTom
CTF補正詳細: each particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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