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- PDB-5itf: Cetuximab Fab in complex with 2-bromophenylalanine meditope variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5itf
タイトルCetuximab Fab in complex with 2-bromophenylalanine meditope variant
要素
  • Cetuximab Fab, heavy chain
  • Cetuximab Fab, light chain
  • Meditope variant
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Bzymek, K.P. / Williams, J.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Natural and non-natural amino-acid side-chain substitutions: affinity and diffraction studies of meditope-Fab complexes.
著者: Bzymek, K.P. / Avery, K.A. / Ma, Y. / Horne, D.A. / Williams, J.C.
履歴
登録2016年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年12月13日Group: Atomic model / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12018年3月28日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
改定 2.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cetuximab Fab, light chain
B: Cetuximab Fab, heavy chain
C: Cetuximab Fab, light chain
D: Cetuximab Fab, heavy chain
E: Meditope variant
F: Meditope variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,32510
ポリマ－96,9456
非ポリマー3804
水6,648369
1
A: Cetuximab Fab, light chain
B: Cetuximab Fab, heavy chain
E: Meditope variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6635
ポリマ－48,4733
非ポリマー1902
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Cetuximab Fab, light chain
D: Cetuximab Fab, heavy chain
F: Meditope variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6635
ポリマ－48,4733
非ポリマー1902
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.010, 82.210, 211.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Cetuximab Fab, light chain


分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義)
#2: 抗体 Cetuximab Fab, heavy chain


分子量: 23725.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義)
#3: タンパク質・ペプチド Meditope variant


分子量: 1459.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 369 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M citric acid, 0.1 M sodium hydrogen phosphate, 0.4 M potassium hydrogen phosphate, 1.6 M sodium dihydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→34.136 Å / Num. obs: 38574 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.1 % / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.51→2.58 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GW1

4gw1


解像度: 2.51→34.136 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.58
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 1929 5 %
Rwork0.1835 --
obs0.1855 38565 98.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→34.136 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6725 0 20 369 7114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036943
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5979470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2814121
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441063
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041213
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5101-2.57280.31511280.22852428X-RAY DIFFRACTION92
2.5728-2.64230.26041340.22492558X-RAY DIFFRACTION99
2.6423-2.72010.27941360.22322583X-RAY DIFFRACTION99
2.7201-2.80780.29761370.22092594X-RAY DIFFRACTION99
2.8078-2.90810.28061370.21242611X-RAY DIFFRACTION99
2.9081-3.02450.2611370.21372589X-RAY DIFFRACTION99
3.0245-3.16210.24871380.2112635X-RAY DIFFRACTION99
3.1621-3.32860.24761360.20812584X-RAY DIFFRACTION99
3.3286-3.5370.21741390.18662642X-RAY DIFFRACTION99
3.537-3.80970.22991370.18422590X-RAY DIFFRACTION98
3.8097-4.19250.20071380.15142639X-RAY DIFFRACTION99
4.1925-4.79780.15671410.13282673X-RAY DIFFRACTION99
4.7978-6.03920.17941420.15052696X-RAY DIFFRACTION99
6.0392-34.13890.21341490.19482814X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48720.45190.65252.2163-1.13952.76060.3818-0.1260.29440.2709-0.02720.3124-0.61910.0683-0.38870.4973-0.04640.14080.3541-0.16720.4334-6.8991-25.5483-14.9628
20.62020.5046-0.20841.4936-1.812.24640.4108-0.23960.35840.4774-0.0470.5852-0.62030.3575-0.28260.432-0.02810.11830.2909-0.08440.3473-6.3411-25.9616-22.5087
31.85310.11761.12025.41053.15295.42720.04650.15810.17210.12440.0875-0.04640.26180.0436-0.11820.1553-0.01990.01790.2089-0.01590.3568-3.5966-30.8389-53.2133
43.1089-0.46313.38760.87311.41958.1869-0.1246-0.15220.5185-0.0519-0.37030.1489-0.01520.1860.61680.1679-0.041-0.00640.3060.04070.4315-12.1916-33.5177-55.2266
53.2924-0.05760.50841.97880.97784.42770.09360.28860.1821-0.0289-0.07870.24450.18560.0393-0.01510.1586-0.0230.01160.17860.00210.2996-5.3663-28.3306-54.51
63.73721.67661.59752.99520.71786.6257-0.0430.5419-0.3836-0.3030.1018-0.09330.6410.7209-0.00910.33860.1691-0.01940.3579-0.01820.35383.0392-49.8947-25.6814
72.06880.54640.09282.3003-0.33054.73870.1175-0.4463-0.195-0.0295-0.0512-0.01360.21040.3669-0.01090.3027-0.0046-0.03840.3349-0.04280.2350.5852-47.5889-14.6998
82.07810.51610.29311.07961.06444.04390.0669-0.0564-0.01850.0625-0.1106-0.07060.2003-0.1319-0.03120.1970.0768-0.0390.1056-0.0390.30122.698-41.0403-37.8498
91.96011.449-0.58084.2051-0.84211.9841-0.0567-0.21830.1122-0.05650.00120.06110.00230.00830.05380.150.005-0.00880.255-0.070.2534.4208-35.5624-44.6287
103.00542.9078-1.79647.1383-3.00543.7508-0.0858-0.6857-0.07250.052-0.3035-0.72140.00540.5330.22730.18940.0169-0.02980.3088-0.03190.315912.421-39.0448-43.9061
113.7172.1629-1.34547.7426-3.30574.8994-0.1953-0.1363-0.3652-0.6127-0.1614-0.25040.57770.6220.25620.18860.01620.02730.2937-0.04050.330112.7865-40.072-49.9386
127.90227.07745.18239.53046.31644.20660.7419-0.881-0.91940.1229-0.1741-0.87460.3071-0.2139-0.5530.40860.10460.00260.42920.08010.3932-20.1848-16.5948-17.5991
132.2810.5793-0.72521.99591.43742.91620.0234-0.2887-0.27780.02790.0825-0.01410.4048-0.001-0.16050.39750.0119-0.010.35160.11410.3397-29.003-13.7968-11.6611
140.83320.48490.70460.19791.03023.64310.0832-0.2617-0.22850.16980.0107-0.16730.27640.0723-0.02330.40330.06560.00160.28490.07650.2876-26.1508-13.506-20.8986
152.55970.7524-0.83442.20331.06462.30630.03460.63670.2528-0.56780.00350.3463-0.161-0.3603-0.00750.1716-0.0048-0.04080.34020.04350.2963-34.36070.0998-55.4125
160.92131.409-1.58349.9287-8.16487.4568-0.0458-0.2217-0.07240.09430.0020.00930.00850.36420.14040.1583-0.023-0.0340.1881-0.01950.2139-25.2191-10.228-48.7434
173.2941.9198-2.84253.0576-1.96192.4525-0.00220.1244-0.040.20360.1230.04170.0277-0.1583-0.03090.1513-0.0373-0.0190.2537-0.00060.2458-25.0565-9.5014-44.7869
181.85370.3982-0.39335.6807-3.2014.4745-0.06730.4325-0.1572-0.5564-0.0932-0.14110.317-0.01640.10550.156-0.01810.04260.2873-0.04350.2305-25.7379-6.7777-57.7835
196.05593.3606-5.16755.2203-4.84847.2896-0.20890.2637-0.0156-0.00290.2119-0.284-0.5145-0.7256-0.0030.40260.05590.05680.34-0.04920.298-34.948710.7641-22.5837
201.18220.3223-0.47421.49260.14724.6493-0.0723-0.49310.2742-0.0730.06230.1276-0.3059-0.1485-0.00550.35930.0931-0.00010.3683-0.05820.2508-32.83956.9549-12.8126
213.2893-0.27730.63890.7824-1.63143.4353-0.3417-0.18620.3318-0.60040.02950.5417-0.8245-0.16740.13580.16990.04120.05370.16680.03890.1968-35.02925.0298-46.0454
222.71341.5231.11135.0370.87742.4763-0.0505-0.2961-0.0769-0.0486-0.05460.2693-0.0936-0.25240.0930.14480.0330.0260.20870.02950.2353-39.1961-0.7985-43.3419
235.1165-2.77953.39026.0799-0.88749.7814-0.2302-0.2061-1.1935-0.32680.6172-0.2850.1365-0.5276-0.52360.3971-0.03860.00470.2777-0.0010.4953-8.2847-35.971-29.841
244.47050.6445-1.02519.41261.26170.6496-0.4742-0.8065-0.3038-1.0886-0.00950.12810.3880.3830.45170.63490.06020.12550.5126-0.00580.3174-23.9733-3.4861-28.2694
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 75 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 113 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 114 through 150 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 151 through 163 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 164 through 213 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1 through 17 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 18 through 105 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 106 through 140 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 141 through 196 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 197 through 209 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 210 through 220 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 25 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 26 through 75 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 76 through 113 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 114 through 128 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 129 through 150 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 151 through 174 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 175 through 213 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 1 through 17 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 18 through 117 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 118 through 140 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 141 through 220 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 1 through 12 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 1 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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