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- PDB-5hpm: Cetuximab Fab in complex with cyclic linked meditope -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hpm
タイトルCetuximab Fab in complex with cyclic linked meditope
要素
  • (Cetuximab Fab ...) x 2
  • N-ACETYL-L-CYSTEINE, Cyclic amidated, acetylated linked meditope
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / anti-EGFR
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 2-AMINO-3-MERCAPTO-PROPIONAMIDE
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Bzymek, K.P. / Williams, J.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Cyclization strategies of meditopes: affinity and diffraction studies of meditope-Fab complexes.
著者: Bzymek, K.P. / Ma, Y. / Avery, K.A. / Horne, D.A. / Williams, J.C.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_src_syn / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cetuximab Fab light chain
B: Cetuximab Fab heavy chain
C: Cetuximab Fab light chain
D: Cetuximab Fab heavy chain
E: N-ACETYL-L-CYSTEINE, Cyclic amidated, acetylated linked meditope
F: N-ACETYL-L-CYSTEINE, Cyclic amidated, acetylated linked meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,50010
ポリマ－96,8186
非ポリマー6834
水5,026279
1
A: Cetuximab Fab light chain
B: Cetuximab Fab heavy chain
E: N-ACETYL-L-CYSTEINE, Cyclic amidated, acetylated linked meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7505
ポリマ－48,4093
非ポリマー3412
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
2
C: Cetuximab Fab light chain
D: Cetuximab Fab heavy chain
F: N-ACETYL-L-CYSTEINE, Cyclic amidated, acetylated linked meditope
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7505
ポリマ－48,4093
非ポリマー3412
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5800 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.110, 82.760, 212.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 Cetuximab Fab light chain


分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義)
#2: 抗体 Cetuximab Fab heavy chain


分子量: 23725.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS, HOMO SAPIENS / 発現宿主: unidentified (未定義)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド N-ACETYL-L-CYSTEINE, Cyclic amidated, acetylated linked meditope


分子量: 1395.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 281分子

#5: 化合物 ChemComp-CY3 / 2-AMINO-3-MERCAPTO-PROPIONAMIDE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 120.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8N2OS
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M citrate, 0.1 M sodium phosphate dibasic, 0.5 M potassium phosphate dibasic, 1.6 M sodium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→33.05 Å / Num. obs: 32836 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Net I/σ(I): 8.85
反射 シェル解像度: 2.67→2.74 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4gw1

4gw1


解像度: 2.67→33.046 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2323 1641 5 %
Rwork0.1874 --
obs0.1897 32826 99.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→33.046 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6764 0 0 279 7043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036949
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6199470
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7364154
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451074
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6699-2.74840.33341320.25472518X-RAY DIFFRACTION100
2.7484-2.8370.30061340.25192550X-RAY DIFFRACTION100
2.837-2.93840.33691360.25622577X-RAY DIFFRACTION100
2.9384-3.0560.28641360.22712589X-RAY DIFFRACTION100
3.056-3.19490.26771360.20582572X-RAY DIFFRACTION100
3.1949-3.36320.22531360.19232581X-RAY DIFFRACTION100
3.3632-3.57370.20261360.18232592X-RAY DIFFRACTION100
3.5737-3.84920.21361370.17212593X-RAY DIFFRACTION100
3.8492-4.23590.21731370.15142612X-RAY DIFFRACTION100
4.2359-4.84720.1761380.12932620X-RAY DIFFRACTION100
4.8472-6.10070.18831400.16252662X-RAY DIFFRACTION100
6.1007-33.04810.23141430.20772719X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28210.0301-0.66311.9963-0.27532.08640.07830.1589-0.1813-0.09240.09180.05030.3789-0.0949-0.17980.24920.0013-0.05320.1837-0.03830.1754-7.019325.43315.4176
21.3852-0.20450.3993.813-1.98874.29380.20690.4248-0.66970.07780.0168-0.02360.39230.5509-0.13260.23470.0746-0.05370.2016-0.01240.2595-4.02223.959621.862
30.15430.27270.05051.6070.55120.21150.140.3488-0.0784-0.540.3680.38010.0629-0.4028-0.26350.30520.0258-0.07090.21260.04190.1607-10.339538.35159.8122
40.7834-0.4199-0.02550.7253-0.92862.15970.001-0.09180.0537-0.08960.1115-0.0257-0.12810.3234-0.05810.1457-0.04040.04750.1650.01540.2071-1.961728.22448.1529
51.2955-0.8254-0.6673.32262.64172.7624-0.08150.07450.4207-0.27870.04790.4332-0.0757-0.20720.09220.07060.04120.00440.2251-0.07050.3295-7.479627.129950.9992
63.3158-1.1208-1.64241.25261.65732.3546-0.1415-0.2028-0.43740.0347-0.03280.2447-0.1189-0.55430.08150.16220.07310.00420.270.02210.3132-12.324833.518555.8077
71.58690.9151-0.9792.26340.98423.15980.0337-0.21630.08920.1881-0.22170.2439-0.1483-0.00950.18340.11460.0179-0.02010.177-0.01440.25-5.47628.278255.2132
83.0034-2.273-4.47045.12885.10957.9090.3746-0.07410.3471-0.0240.0128-0.3086-0.64520.3046-0.29250.29890.0070.04720.28280.00460.24142.8250.117926.5564
90.40830.04350.22270.2474-0.60384.2023-0.010.08780.0489-0.07340.0374-0.0201-0.25190.0217-0.03580.16460.00250.02910.1424-0.02170.18521.159945.998420.3084
100.9519-0.52530.27333.1306-0.35991.3297-0.01540.0359-0.04510.0030.06730.090.0270.0221-0.00180.08820.00490.00120.1318-0.01270.18174.238835.403445.0984
115.1242-3.82612.35964.2664-1.14883.3-0.08250.2164-0.17530.03170.08730.0206-0.03360.31870.13580.1148-0.04660.00310.14220.00030.245612.790338.98547.3287
124.1539-4.1771-3.52885.08394.07456.6450.32380.23130.38240.0317-0.0581-0.2248-0.138-0.0053-0.15370.2532-0.0901-0.01260.2309-0.01910.2706-20.393716.725319.2764
131.04080.57220.62512.8093-0.38374.10110.0578-0.04520.20890.00740.23650.1099-0.2898-0.1494-0.26080.18870.00090.00360.19620.0120.1508-28.016914.515612.0664
140.511-0.0384-0.01680.06350.26892.0736-0.01020.03440.0733-0.12180.03020.0254-0.07170.0116-0.0610.2036-0.02280.00260.1640.02260.1434-28.41359.854130.6226
150.5857-0.72860.73713.9564-3.09352.4633-0.13320.1826-0.10580.20880.0837-0.1482-0.20080.01620.12720.1350.01220.05290.14340.00350.2246-25.019510.138348.9272
162.2523-1.1981.68832.0379-1.89621.9925-0.23560.07510.22350.02020.0417-0.0859-0.0771-0.00320.21070.1563-0.0324-0.00370.1513-0.02890.2005-25.08199.396544.9586
171.07240.11010.15335.7871-2.27623.4027-0.0251-0.15320.11090.5761-0.0465-0.0284-0.26830.04920.05720.09520.0367-0.02730.2817-0.04880.158-25.74686.629157.969
183.5541-1.68683.50482.1487-2.38235.4936-0.0718-0.00410.0787-0.24230.0359-0.09830.4139-0.32520.0130.246-0.07830.03120.33830.00630.1996-38.5717-8.447516.7552
191.65151.50581.01733.57453.19875.32150.0026-0.0623-0.2313-0.02420.3644-0.30520.29120.0622-0.27270.2182-0.0191-0.00930.14890.00180.2132-27.388-3.774114.5719
205.02832.27630.48052.97990.30753.4419-0.12290.0832-0.0548-0.04480.0887-0.16510.66910.1460.02510.2910.03830.01120.17420.02620.2667-30.1948-11.60917.1307
210.94330.13830.6146-0.0487-0.19212.70530.02240.1531-0.1302-0.1020.001-0.00210.22720.0814-0.03330.2248-0.00490.01030.12350.00660.2201-33.7768-5.838521.7547
220.7131-0.2624-0.71011.66430.15150.79090.01480.0785-0.00170.0539-0.04610.02520.0754-0.03490.05330.0980.0135-0.02610.1432-0.0120.1866-36.2242.039642.3964
232.4784-1.6033-1.74743.41321.42653.36910.09860.2334-0.00510.0487-0.16680.29150.1629-0.5070.01980.1142-0.0048-0.01940.17210.04410.1942-44.9113-1.327345.0608
247.01990.31330.94592.89541.70016.4201-0.3055-0.4183-0.07450.66390.01510.49430.0551-0.50.18210.2147-0.0072-0.04260.243-0.02850.1914-8.759734.807630.8947
254.8451-0.7181.1425.13520.10624.04810.7769-0.04380.00221.1504-0.4021-0.3391-0.02360.621-0.32110.3333-0.0464-0.07940.2592-0.00540.252-23.84524.368128.3356
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 75 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 90 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 91 through 101 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 102 through 128 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 129 through 150 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 151 through 163 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 164 through 213 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 17 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 18 through 140 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 141 through 195 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 196 through 220 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 18 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 19 through 75 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 76 through 128 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 129 through 150 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 151 through 174 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 175 through 213 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 1 through 33 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 34 through 51 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 52 through 72 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 73 through 140 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 141 through 194 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 195 through 220 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 1 through 11 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 1 through 11 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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