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- PDB-5ijk: Crystal structure of anti-gliadin 1002-1E03 Fab fragment in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ijk
タイトルCrystal structure of anti-gliadin 1002-1E03 Fab fragment in complex of peptide PLQPEQPFP
要素
  • 1E03 Fab fragment heavy chain
  • 1E03 Fab fragment light chain
  • peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-gliadin antibody / celiac disease
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Snir, O. / Chen, X. / Gidoni, M. / du Pre, M.F. / Zhao, Y. / Steinsbo, O. / Lundin, K.E. / Yaari, G. / Sollid, L.M.
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2017
タイトル: Stereotyped antibody responses target posttranslationally modified gluten in celiac disease.
著者: Snir, O. / Chen, X. / Gidoni, M. / du Pre, M.F. / Zhao, Y. / Steinsbo, O. / Lundin, K.E. / Yaari, G. / Sollid, L.M.
履歴
登録2016年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32017年12月6日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO
Y: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO
A: 1E03 Fab fragment heavy chain
B: 1E03 Fab fragment heavy chain
C: 1E03 Fab fragment light chain
D: 1E03 Fab fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,08717
ポリマ－99,0306
非ポリマー1,05711
水1,00956
1
X: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO
A: 1E03 Fab fragment heavy chain
C: 1E03 Fab fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9968
ポリマ－49,5153
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
Y: peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO
B: 1E03 Fab fragment heavy chain
D: 1E03 Fab fragment light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0929
ポリマ－49,5153
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.639, 144.639, 106.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド peptide PRO-LEU-GLN-PRO-GLU-GLN-PRO-PHE-PRO


分子量: 1052.177 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Triticum aestivum (コムギ)
#2: 抗体 1E03 Fab fragment heavy chain


分子量: 24137.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 1E03 Fab fragment light chain


分子量: 24326.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 2.256M (NH4)2SO4, 0.1M Citrate, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.29 Å / Num. obs: 39676 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.8 % / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IHZ, 5IT2

5ihz

5it2


解像度: 2.5→47.29 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1991 5.02 %
Rwork0.209 --
obs0.212 39640 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6701 0 55 56 6812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076920
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1749439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7324109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621061
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.56250.36411410.28852633X-RAY DIFFRACTION100
2.5625-2.63180.34971590.29052638X-RAY DIFFRACTION100
2.6318-2.70920.31141270.26812647X-RAY DIFFRACTION100
2.7092-2.79670.28531280.26532651X-RAY DIFFRACTION100
2.7967-2.89660.31021260.25772702X-RAY DIFFRACTION100
2.8966-3.01260.32651180.25552661X-RAY DIFFRACTION100
3.0126-3.14970.36661610.25132653X-RAY DIFFRACTION100
3.1497-3.31570.30461310.23782664X-RAY DIFFRACTION100
3.3157-3.52340.30551380.21912699X-RAY DIFFRACTION100
3.5234-3.79530.29481490.20782669X-RAY DIFFRACTION100
3.7953-4.1770.23931460.17992683X-RAY DIFFRACTION99
4.177-4.78090.20351580.16112704X-RAY DIFFRACTION100
4.7809-6.02150.21621630.17872746X-RAY DIFFRACTION100
6.0215-47.30220.24881460.20582899X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.4087 Å / Origin y: -32.7301 Å / Origin z: 25.3417 Å
111213212223313233
T0.4396 Å20.0259 Å20.0714 Å2-0.3906 Å20.0603 Å2--0.4568 Å2
L0.6342 °20.0553 °2-0.2271 °2-0.312 °2-0.0072 °2--0.4122 °2
S0.0758 Å °0.1286 Å °0.2379 Å °-0.0849 Å °0.0027 Å °-0.0025 Å °-0.1165 Å °-0.0635 Å °-0.063 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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