PDB-5iia: Crystal structure of red abalone egg VERL repeat 3 in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5iia

タイトル

Crystal structure of red abalone egg VERL repeat 3 in complex with sperm lysin at 1.7 A resolution (crystal form I)

要素

Egg-lysin
Vitelline envelope sperm lysin receptor

キーワード

CELL ADHESION / FERTILIZATION / EGG-SPERM INTERACTION / GAMETE RECOGNITION / SPERM RECEPTOR / EGG COAT / VITELLINE ENVELOPE / ZP DOMAIN / ZP-N DOMAIN / SPERM ACROSOME / EGG COAT PENETRATION

機能・相同性

機能・相同性情報

vitelline envelope / acrosomal lumen / sperm-egg recognition / single fertilization / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Haliotis rufescens (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sadat Al-Hosseini, H. / Raj, I. / Nishimura, K. / De Sanctis, D. / Jovine, L.

資金援助

スウェーデン, 6件

組織	認可番号	国
Karolinska Institutet		スウェーデン
Swedish Research Council	2012-5093	スウェーデン
Goran Gustafsson Foundation for Research in Natural Sciences and Medicine		スウェーデン
Sven and Ebba-Christina Hagberg foundation		スウェーデン
European Molecular Biology Organization
European Union	ERC 260759

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Egg Coat-Sperm Recognition at Fertilization.
著者: Raj, I. / Sadat Al Hosseini, H. / Dioguardi, E. / Nishimura, K. / Han, L. / Villa, A. / de Sanctis, D. / Jovine, L.

履歴

登録	2016年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_id
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5iia.cif.gz	568.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5iia.ent.gz	480.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5iia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5iia_validation.pdf.gz	508.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5iia_full_validation.pdf.gz	513.8 KB	表示
XML形式データ	5iia_validation.xml.gz	40 KB	表示
CIF形式データ	5iia_validation.cif.gz	57.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5iia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/5iia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ii4C 5ii5C 5ii6C 5ii7C 5ii8C 5ii9C 5iibC 5iicC 5mr2C 5mr3C 2lisS 1lis 1lyn 2lyn 3d4c 3d4g 3ef7 3nk3 3nk4 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ghm-1 5mr3-1 1fjm-d 3ap1-d 3t58-4 3u2e-d 1gqw-d 5dz2-d 4z9g-3 3w21-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Egg-lysin

B: Vitelline envelope sperm lysin receptor

C: Egg-lysin

D: Vitelline envelope sperm lysin receptor

E: Egg-lysin

F: Vitelline envelope sperm lysin receptor

G: Egg-lysin

H: Vitelline envelope sperm lysin receptor

ヘテロ分子

125 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Egg-lysin

B: Vitelline envelope sperm lysin receptor

C: Egg-lysin

D: Vitelline envelope sperm lysin receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Egg-lysin

F: Vitelline envelope sperm lysin receptor

G: Egg-lysin

H: Vitelline envelope sperm lysin receptor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.490, 60.330, 89.170
Angle α, β, γ (deg.)	105.04, 89.02, 113.28
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Egg-lysin / Sperm-lysin

分子量: 16295.218 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Haliotis rufescens (無脊椎動物) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04552

#2: タンパク質

Vitelline envelope sperm lysin receptor

分子量: 14559.529 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 340-453 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Haliotis rufescens (無脊椎動物) / 遺伝子: VERL / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WR62

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / 由来: (組換発現)

Haliotis rufescens (無脊椎動物) / 遺伝子: VERL / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M di-ammonium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97239 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97239 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→48.655 Å / Num. obs: 122478 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 35.28 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.04912 / Net I/σ(I): 9.63
反射シェル	解像度: 1.7→1.761 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.765 / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2689: ???)	精密化
XDS	20141118	データ削減
XDS	20141118	データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2LIS

2lis

解像度: 1.7→48.655 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2035	3799	3.19 %	Random selection
R_work	0.1774	-	-	-
obs	0.1783	119230	97.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7535	0	112	577	8224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7887
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	10698
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.272	2988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1176
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1332

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7216	0.3961	136	0.4108	4252	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7216-1.7442	0.3448	139	0.3875	4227	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7442-1.7681	0.4136	142	0.3742	4205	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7681-1.7934	0.4033	140	0.3623	4228	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7934-1.8201	0.343	145	0.3469	4250	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8201-1.8486	0.3561	141	0.3283	4240	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8486-1.8789	0.3486	138	0.3074	4246	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8789-1.9113	0.3117	136	0.2903	4273	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9113-1.946	0.3333	143	0.2792	4252	X-RAY DIFFRACTION	97
1.946-1.9835	0.2684	139	0.2645	4158	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9835-2.024	0.2884	143	0.2443	4239	X-RAY DIFFRACTION	95
2.024-2.068	0.238	140	0.2218	4277	X-RAY DIFFRACTION	97
2.068-2.1161	0.2291	134	0.202	4191	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1161-2.169	0.2213	149	0.1897	4325	X-RAY DIFFRACTION	98
2.169-2.2276	0.2176	129	0.1757	4302	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2276-2.2932	0.1991	142	0.1758	4245	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2932-2.3672	0.1881	143	0.1713	4303	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3672-2.4518	0.1843	137	0.1716	4294	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4518-2.55	0.2167	142	0.1882	4350	X-RAY DIFFRACTION	98
2.55-2.666	0.2015	150	0.1822	4264	X-RAY DIFFRACTION	97
2.666-2.8066	0.2373	137	0.1836	4295	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8066-2.9824	0.2291	147	0.1801	4376	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9824-3.2126	0.2239	143	0.1758	4319	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2126-3.5358	0.1952	137	0.1637	4345	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5358-4.0472	0.1917	140	0.1495	4327	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0472-5.0982	0.1345	147	0.1202	4345	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0982-48.6753	0.1688	140	0.1666	4303	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5803	0.2133	0.8671	1.606	0.432	1.5248	0.0148	0.04	0.1131	0.0008	-0.0194	-0.0579	-0.0279	-0.0316	-0	0.3108	0.0095	0.0043	0.3234	-0.0007	0.3036	19.0258	26.5253	36.2997
2	2.9008	-1.0471	-0.9887	1.5952	0.3412	2.2194	0.0593	0.1405	0.1617	-0.0331	-0.0265	-0.0892	-0.0658	0.0104	0.0007	0.3498	-0.0066	0.0049	0.3859	0.0112	0.3558	35.7128	19.6463	27.765
3	1.9907	0.3074	0.1312	2.0264	1.0521	2.5396	-0.0864	0.1125	-0.0786	0.0583	-0.0066	0.1004	0.1266	-0.0808	0	0.3336	-0.0029	0.0267	0.3249	-0.0069	0.3058	59.8318	0.1856	0.5327
4	2.8408	-0.703	-0.8236	1.6217	1.0518	2.9609	-0.1382	0.0822	-0.0676	0.1302	-0.0261	0.1172	0.2089	-0.1016	-0.0023	0.3611	-0.0297	0.0349	0.4229	0.0016	0.4004	50.1302	10.3427	15.4727
5	2.2599	-0.2718	1.0007	2.0013	-0.5243	2.5498	0.0672	-0.0995	0.0005	0.008	-0.1229	-0.1364	0.0247	0.1474	-0	0.3997	-0.0117	0.0125	0.3562	0.0294	0.3426	-4.9916	6.1069	80.7613
6	1.8797	0.1844	-0.8012	2.7065	-0.983	2.9194	0.0708	0.0616	0.1053	-0.1196	-0.0757	-0.0978	0.0433	0.072	-0.0002	0.4552	0.0024	0.0478	0.3887	0.0215	0.372	-5.9255	19.8375	65.9527
7	1.9779	0.3875	0.48	3.5264	0.1732	1.5156	-0.0201	-0.042	-0.0015	0.3052	0.0736	0.061	-0.0614	-0.0428	-0	0.3767	0.021	0.013	0.3268	0.0295	0.3424	4.0557	52.9563	44.6587
8	2.2254	0.3295	-0.7132	2.7155	-1.227	2.0954	0.0349	0.0096	0.0939	0.3322	0.1051	0.1804	-0.0169	-0.0772	0.0042	0.4633	0.036	0.058	0.3802	0.043	0.3663	-2.3534	35.8536	53.2476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and not resname HOH
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and not resname HOH
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and not resname HOH
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and not resname HOH
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E and not resname HOH
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F and not resname HOH
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G and not resname HOH
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H and not resname HOH

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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