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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ghm | ||||||
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Title | Structure of PP1 alpha phosphatase bound to ASPP2 | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / Phosphatase / PP1 / ASPP2 | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands ...regulation of glycogen catabolic process / PTW/PP1 phosphatase complex / glycogen granule / regulation of glycogen biosynthetic process / protein phosphatase 1 binding / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of translational initiation / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / myosin phosphatase activity / branching morphogenesis of an epithelial tube / protein serine/threonine phosphatase activity / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / Triglyceride catabolism / Maturation of hRSV A proteins / positive regulation of execution phase of apoptosis / entrainment of circadian clock by photoperiod / phosphatase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / phosphoprotein phosphatase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of cell cycle / DARPP-32 events / NF-kappaB binding / ribonucleoprotein complex binding / dephosphorylation / protein dephosphorylation / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / adherens junction / response to lead ion / lung development / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / SH3 domain binding / Circadian Clock / p53 binding / presynapse / cell junction / perikaryon / dendritic spine / cell cycle / cell division / glutamatergic synapse / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mouilleron, S. / Bertran, T.M. / Tapon, N. / Zhou, Y. | ||||||
![]() | ![]() Title: ASPP proteins discriminate between PP1 catalytic subunits through their SH3 domain and the PP1 C-tail. Authors: Bertran, M.T. / Mouilleron, S. / Zhou, Y. / Bajaj, R. / Uliana, F. / Kumar, G.S. / van Drogen, A. / Lee, R. / Banerjee, J.J. / Hauri, S. / O'Reilly, N. / Gstaiger, M. / Page, R. / Peti, W. / Tapon, N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 40.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55.5 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4movS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 37349.844 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P62136, protein-serine/threonine phosphatase #2: Protein | Mass: 24156.240 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 271 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NHE.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NHE.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-NHE / #6: Chemical | ChemComp-MN / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 0.1 M TRIS pH 8.5 16 % PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 7, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.15→59 Å / Num. obs: 68468 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.9 % / CC1/2: 0.96 / Rpim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 4.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.2 Å / CC1/2: 0.58 / Rpim(I) all: 0.49 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4MOV Resolution: 2.15→59.647 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 22.46 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.15→59.647 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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