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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5wym | ||||||
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Title | Crystal structure of an anti-connexin26 scFv | ||||||
![]() | anti-connexin26 scFv,Ig heavy chain,Linker,anti-connexin26 scFv,Ig light chain | ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody / scFv / connexin26 | ||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta![]() | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, S. / Xu, L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Design and Characterization of a Human Monoclonal Antibody that Modulates Mutant Connexin 26 Hemichannels Implicated in Deafness and Skin Disorders Authors: Xu, L. / Carrer, A. / Zonta, F. / Qu, Z. / Ma, P. / Li, S. / Ceriani, F. / Buratto, D. / Crispino, G. / Zorzi, V. / Ziraldo, G. / Bruno, F. / Nardin, C. / Peres, C. / Mazzarda, F. / ...Authors: Xu, L. / Carrer, A. / Zonta, F. / Qu, Z. / Ma, P. / Li, S. / Ceriani, F. / Buratto, D. / Crispino, G. / Zorzi, V. / Ziraldo, G. / Bruno, F. / Nardin, C. / Peres, C. / Mazzarda, F. / Salvatore, A.M. / Raspa, M. / Scavizzi, F. / Chu, Y. / Xie, S. / Yang, X. / Liao, J. / Liu, X. / Wang, W. / Wang, S. / Yang, G. / Lerner, R.A. / Mammano, F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 100 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 76 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 436.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 23.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2ghwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 25464.338 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: Mammalian expression vector pCMV-Script (others) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.3 Å3/Da / Density % sol: 62.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1 M HEPES, 3 M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: CMOS / Date: Mar 15, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.65→50.01 Å / Num. obs: 19583 / % possible obs: 96.1 % / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.649 / Net I/σ(I): 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2GHW Resolution: 2.65→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 15.227 / SU ML: 0.297 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.583 / ESU R Free: 0.315 / Details: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 83.98 Å2 / Biso mean: 40.757 Å2 / Biso min: 2.75 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.65→50.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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