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- PDB-3u2e: EAL domain of phosphodiesterase PdeA in complex with 5'-pGpG and Mg++ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u2e
タイトルEAL domain of phosphodiesterase PdeA in complex with 5'-pGpG and Mg++
要素
  • GGDEF family protein
  • RNA (5'-R(P*GP*G)-3')
キーワードlyase/RNA / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / GGDEF / EAL / c-diGMP / lyase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / PdeA-like PAS domain / EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain ...: / PdeA-like PAS domain / EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / GGDEF family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Massa, C. / Schirmer, T. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: EAL domain from Caulobacter crescentus in complex with 5'-pGpG and Mg++
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Massa, C. / Schirmer, T. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2011年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Structure summary
改定 1.22016年10月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GGDEF family protein
B: GGDEF family protein
C: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')
D: RNA (5'-R(P*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,92910
ポリマ－58,7844
非ポリマー1466
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area21990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.144, 75.154, 129.066
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GGDEF family protein


分子量: 28746.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
株: CB15 / 遺伝子: CC_3396 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic / 参照: UniProt: Q9A310
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*G)-3')


分子量: 645.454 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACCORDING TO PROTEOLYSIS THE PROTEIN WAS DEGRADED AND ONLY PART OF THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED ...ACCORDING TO PROTEOLYSIS THE PROTEIN WAS DEGRADED AND ONLY PART OF THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED WHICH IS SEEN IN THE CRYSTAL STRUCTURE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 20% w/v PEG3350, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月24日 / 詳細: BE
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→30 Å / Num. all: 51468 / Num. obs: 51468 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 30.76
反射 シェル解像度: 2.32→2.36 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 5.02 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3S83

3s83


解像度: 2.32→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 11.74 / SU ML: 0.15 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23737 1333 5 %RANDOM
Rwork0.18927 ---
obs0.19175 25068 100 %-
all-25068 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.511 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.57 Å20 Å20 Å2
2--3.08 Å20 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3917 94 6 154 4171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194111
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7381.9795599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97136713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.9595517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.54623.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23915609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4051538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02842
LS精密化 シェル解像度: 2.323→2.383 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 68 -
Rwork0.261 1569 -
obs--89.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2893-0.19770.69061.9342-0.35512.10510.15480.126-0.5034-0.0283-0.09910.14620.1666-0.1458-0.05570.03350.0132-0.02740.0868-0.02580.13217.1738-4.685750.936
21.9195-0.0777-0.41250.82150.03642.1283-0.09320.0632-0.1670.01660.0249-0.10150.21410.39310.06830.04470.0487-0.00770.1261-0.00260.052433.451-2.296556.2099
32.2993-0.81691.35511.0262-0.7763.5203-0.2166-0.34710.04050.25870.15150.0342-0.4041-0.25780.06510.12050.0638-0.01080.0966-0.00920.015121.26277.87167.1796
41.0738-0.09110.61482.1727-0.36671.81960.0638-0.0795-0.1617-0.0164-0.0656-0.19930.21750.12230.00180.0395-0.0076-0.01370.08090.03420.077446.7783-9.826104.3591
51.27130.4595-0.44711.0027-0.61721.7581-0.009-0.12710.08720.01040.09370.12670.0987-0.3162-0.08470.0172-0.0208-0.01370.12750.03040.051730.3656-2.6934103.1087
61.3755-0.07920.61911.1359-0.79582.1828-0.05810.08150.1551-0.1828-0.0223-0.1193-0.03130.04470.08040.0544-0.01590.00140.05940.03680.059740.34425.918489.351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A287 - 375
2X-RAY DIFFRACTION2A376 - 443
3X-RAY DIFFRACTION3A444 - 546
4X-RAY DIFFRACTION4B286 - 359
5X-RAY DIFFRACTION5B360 - 441
6X-RAY DIFFRACTION6B442 - 540

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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