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Yorodumi- PDB-5iob: Crystal structure of beta-N-acetylglucosaminidase-like protein fr... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5iob | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of beta-N-acetylglucosaminidase-like protein from Corynebacterium glutamicum | ||||||
Components | Beta-glucosidase-related glycosidases | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / beta-N-acetylglucosaminidase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationbeta-N-acetylhexosaminidase / peptidoglycan turnover / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Corynebacterium glutamicum (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.252 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Crystal structure of beta-N-acetylglucosaminidase-like protein from Corynebacterium glutamicum Authors: Chang, C. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5iob.cif.gz | 956.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5iob.ent.gz | 797.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5iob.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5iob_validation.pdf.gz | 529.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5iob_full_validation.pdf.gz | 545.2 KB | Display | |
| Data in XML | 5iob_validation.xml.gz | 99.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 5iob_validation.cif.gz | 140.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5iob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/5iob | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data | |
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| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 36885.770 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (bacteria)Strain: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 Gene: Cgl2852 / Plasmid: pMCSG68 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 1454 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-MES / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.89 Å3/Da / Density % sol: 57.46 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: Ammonium sulfate, MEWS, PEG 5KMME |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 13, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 158043 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 28.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 0.741 / Net I/av σ(I): 9.661 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 931832 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.252→37.277 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 32.47 / Stereochemistry target values: MLHL
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 142.04 Å2 / Biso mean: 41.8947 Å2 / Biso min: 12.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.252→37.277 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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