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- PDB-5u4n: Crystal structure of a fructose-bisphosphate aldolase from Neisse... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u4n
タイトルCrystal structure of a fructose-bisphosphate aldolase from Neisseria gonorrhoeae
要素Fructose-1
キーワードLYASE / structural genomics / fructose / phosphate / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase, class II, Calvin cycle subtype / : / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 1. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-II / Fructose-bisphosphate aldolase class-II / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Fructose-1,6-bisphosphate aldolase / Fructose-1,6-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a fructose-bisphosphate aldolase from Neisseria gonorrhoeae
著者: Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2016年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7375
ポリマ－39,3901
非ポリマー3474
水6,143341
1
A: Fructose-1
ヘテロ分子

A: Fructose-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,47310
ポリマ－78,7792
非ポリマー6948
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area5880 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area24220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.950, 91.750, 85.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-559-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Fructose-1 / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase


分子量: 39389.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
遺伝子: fda, WHOF_00031C, WHOF_00393, WHOG_00032C, WHOG_01091, WHOK_00031C, WHOK_01288, WHOL_00032C, WHOL_00481, WHOM_00032C, WHOM_00338, WHON_00032C, WHON_00415, WHOO_00031C, WHOO_00479, WHOP_ ...遺伝子: fda, WHOF_00031C, WHOF_00393, WHOG_00032C, WHOG_01091, WHOK_00031C, WHOK_01288, WHOL_00032C, WHOL_00481, WHOM_00032C, WHOM_00338, WHON_00032C, WHON_00415, WHOO_00031C, WHOO_00479, WHOP_00030C, WHOP_00448, WHOU_00032C, WHOU_01170, WHOV_00032C, WHOV_01444, WHOW_00031C, WHOW_01140, WHOX_00032C, WHOX_00360, WHOY_00032C, WHOY_00387, WHOZ_00031C, WHOZ_00311
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A1D3HPF5, UniProt: Q5FAI4*PLUS, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: NegoA.01416.a.PS37962 at 21.2 mg/mL against MCSG 1 screen condition G11 0.1 M phosphate citrate pH 4.2, 40% PEG 300, crystal tracking ID 282713a1, unique puck ID nce6-10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30.766 Å / Num. obs: 43174 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.788 % / Biso Wilson estimate: 13.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 21.36
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.6-1.645.330.5033.060.881199.5
1.64-1.696.6990.4464.050.9281100
1.69-1.747.4750.3835.030.9461100
1.74-1.798.2490.3156.450.9681100
1.79-1.858.2470.2388.410.9821100
1.85-1.918.2660.19110.450.9881100
1.91-1.988.2580.1513.330.9921100
1.98-2.078.2480.11617.170.9951100
2.07-2.168.2380.09420.660.9961100
2.16-2.268.2110.08123.860.9971100
2.26-2.398.20.0726.960.9981100
2.39-2.538.1950.06230.040.9981100
2.53-2.78.1430.05633.140.9981100
2.7-2.928.1160.04737.960.9991100
2.92-3.28.0560.04242.980.999199.9
3.2-3.588.0240.03549.580.999199.9
3.58-4.137.910.03253.240.999199.9
4.13-5.067.8820.02955.110.9991100
5.06-7.167.6830.02953.5511100
7.16-30.7666.8240.02752.450.999198.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3gay

3gay


解像度: 1.6→30.766 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1754 1942 4.5 %
Rwork0.1457 --
obs0.147 43165 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 66.52 Å2 / Biso mean: 19.7443 Å2 / Biso min: 7.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→30.766 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2618 0 19 341 2978
Biso mean--25.67 33.61 -
残基数----350
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7883746
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4271667
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.640.23231440.19722891303599
1.64-1.68430.21161640.174728693033100
1.6843-1.73390.2451150.170629433058100
1.7339-1.78990.19121260.162229353061100
1.7899-1.85380.18971390.153929083047100
1.8538-1.9280.18861410.149529263067100
1.928-2.01580.15411160.146229413057100
2.0158-2.1220.18911470.140429403087100
2.122-2.25490.19971460.14329053051100
2.2549-2.4290.18251480.142329403088100
2.429-2.67330.16981460.143429413087100
2.6733-3.05980.16821440.148229783122100
3.0598-3.85390.15521340.133229963130100
3.8539-30.77120.15011320.138731103242100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.16521.6743-1.09711.8062-0.90371.28960.0058-0.1097-0.07790.0276-0.0061-0.09940.0250.0302-0.00040.07150.0154-0.00820.0801-0.00460.074-9.5616-25.9153-6.5636
20.48680.3554-1.62731.3288-1.14785.8326-0.11860.0471-0.051-0.12560.0371-0.13890.268-0.07090.06330.0839-0.02280.00740.1053-0.00710.1312-6.1134-27.0807-17.2755
33.0235-0.52690.70180.9868-0.4040.9624-0.04550.1791-0.0235-0.13410.0128-0.02390.07050.04720.0290.1261-0.01010.00250.1134-0.02510.0806-22.3888-30.3299-18.5932
42.5036-1.4235-0.24743.29820.40062.00250.0710.1960.4199-0.1786-0.0345-0.1-0.2582-0.1428-0.05520.1127-0.0003-0.01050.13110.01230.1551-31.8192-19.5448-12.9471
51.48040.8496-0.60764.3658-0.97020.88970.1211-0.10730.22770.203-0.03810.1583-0.1657-0.0495-0.0960.09320.0021-0.010.1387-0.03060.0988-28.0319-14.2043-5.091
61.460.4671-0.67510.7261-0.3630.68250.0808-0.17940.23310.0602-0.00430.0208-0.09770.066-0.07440.1042-0.0079-0.00380.0925-0.04050.1032-9.4654-10.619-8.7305
73.55583.37052.9046.75863.32742.77080.418-0.3184-0.29460.4319-0.3426-0.00740.4966-0.11-0.11210.188-0.01350.0030.14830.04440.1275-15.7835-38.8115-3.5154
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 41 )A2 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 42 through 72 )A42 - 72
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 73 through 135 )A73 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 185 )A136 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 186 through 223 )A186 - 223
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 224 through 323 )A224 - 323
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 324 through 350 )A324 - 350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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