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Yorodumi- PDB-2yfd: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS OF DR2231 PROTEIN, THE MAZG-LI... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2yfd | |||||||||
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Title | STRUCTURAL AND FUNCTIONAL INSIGHTS OF DR2231 PROTEIN, THE MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE FROM DEINOCOCCUS RADIODURANS, COMPLEXED WITH Mg and dUMP | |||||||||
Components | MAZG-LIKE NUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE PYROPHOSPHOHYDROLASE | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / DIMERIC DUTPASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | DEINOCOCCUS RADIODURANS (radioresistant) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.767 Å | |||||||||
Authors | Goncalves, A.M.D. / De Sanctis, D. / Mcsweeney, S.M. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Structural and Functional Insights Into Dr2231 Protein, the Mazg-Like Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase from Deinococcus Radiodurans. Authors: Goncalves, A.M.D. / Desanctis, D. / Mcsweeney, S.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2yfd.cif.gz | 310.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2yfd.ent.gz | 259.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2yfd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/2yfd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2yeuC 2yf3C 2yf4C 2yf9SC 2yfcC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.997, 0.075, 0.008), Vector: |
-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 16708.691 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) DEINOCOCCUS RADIODURANS (radioresistant) Strain: R1 / Plasmid: PET151/D-TOPO / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q9RS96, nucleoside-triphosphate diphosphatase |
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-Non-polymers , 6 types, 394 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 0.18 M LITHIUM ACETATE, 20% (W/V) PEG 3350, 10MM DUTP, 10MM MAGNESIUM CHLORIDE. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9724 |
Detector | Type: ADSC CCD / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2009 |
Radiation | Monochromator: SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9724 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.77→49.84 Å / Num. obs: 57356 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.77→1.86 Å / Redundancy: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 75 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2YF9 Resolution: 1.767→19.934 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.36 / Phase error: 19.53 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.881 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.06 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.767→19.934 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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