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- PDB-3n3t: Crystal structure of putative diguanylate cyclase/phosphodiestera... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n3t
タイトルCrystal structure of putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase complex with cyclic di-gmp
要素PUTATIVE DIGUANYLATE CYCLASE/PHOSPHODIESTERASE
キーワードStructural Genomics / Unknown function / GGDEF & EAL DOMAINS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins ...: / EAL domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / Putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains)
類似検索 - 構成要素
生物種THIOBACILLUS DENITRIFICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Chang, C. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural insight into the mechanism of c-di-GMP hydrolysis by EAL domain phosphodiesterases.
著者: Tchigvintsev, A. / Xu, X. / Singer, A. / Chang, C. / Brown, G. / Proudfoot, M. / Cui, H. / Flick, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Galperin, M.Y. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2010年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年6月16日ID: 3II8
改定 1.02010年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月24日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE DIGUANYLATE CYCLASE/PHOSPHODIESTERASE
B: PUTATIVE DIGUANYLATE CYCLASE/PHOSPHODIESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2669
ポリマ－65,7522
非ポリマー1,5137
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area22000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.560, 63.201, 173.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE DIGUANYLATE CYCLASE/PHOSPHODIESTERASE


分子量: 32876.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THIOBACILLUS DENITRIFICANS (バクテリア)
株: ATCC 25259 / 遺伝子: TBD_1265 / プラスミド: PET DERIVATIVE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) DERIVATIVE / 参照: UniProt: Q3SJE6
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 25% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS, 2.5MM CYCLIC DI-GMP, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月8日
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 24452 / Num. obs: 24433 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 34.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.37 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 5.19 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
Cootモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→39.955 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 17.135 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.265
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25363 1239 5.1 %RANDOM
Rwork0.18403 ---
obs0.18757 23047 99.38 %-
all-24286 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.92 Å20 Å20 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3----2.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4000 0 97 225 4322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214218
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5371.9975744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.585529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67223.177192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.08215696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5461546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9531.52612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.76624177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.90231606
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6514.51566
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.50234218
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.351→2.412 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 93 -
Rwork0.2 1612 -
obs--97.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.1491-4.3838-0.41773.60770.35294.91780.2023-0.21480.3567-0.10290.115-0.2497-0.44780.4842-0.31720.0892-0.02070.02880.1206-0.01860.044616.2139.503333.9521
22.81-0.0521-1.68820.9165-0.33382.4758-0.11580.0639-0.0405-0.0070.07750.113-0.0394-0.16580.03830.0628-0.0017-0.01170.058-0.00730.0562-6.084939.643348.3394
34.46080.5175-0.7094.99491.60794.88970.07690.0381-0.25640.0629-0.1036-0.43560.00130.15390.02670.09020.003-0.01130.06130.03090.100610.41133.421338.9283
40.8189-0.21350.23341.7157-1.12792.1451-0.0212-0.04850.04770.1206-0.0612-0.1089-0.34250.19130.08240.0945-0.0309-0.01950.0295-0.00480.01885.376247.321454.6597
51.2394-0.16631.38640.6795-0.62733.51260.0188-0.0565-0.1271-0.0069-0.03060.12250.1674-0.13790.01180.04350.00010.01080.041-0.00740.0639-7.757632.234458.3616
617.60040.3437-11.674817.303-18.745227.58310.2662-0.60710.5367-0.3068-0.402-0.50490.17430.85540.13580.02750.0353-0.05020.1079-0.1480.28735.213928.232394.2143
74.2215-0.0011-0.01271.2247-0.68681.5314-0.0999-0.050.11080.16060.08690.02780.0189-0.06240.01310.0437-0.0062-0.00650.0947-0.01290.03689.829129.979798.5135
84.3192-3.4278-2.91347.22321.26578.17290.052-0.12420.50170.02630.1245-0.8316-0.52050.6918-0.17640.0497-0.084-0.00970.1825-0.03480.281328.613934.996193.5578
90.7531-0.28750.47551.38710.04051.74110.01970.0802-0.0857-0.0262-0.0096-0.06240.14560.0478-0.01020.0172-0.0092-0.00460.04830.01440.058314.046520.955586.8575
100.58920.05440.46350.6333-0.06652.5948-0.0493-0.15120.1008-0.02060.00240.0624-0.1494-0.19340.04690.01430.0198-0.01720.0696-0.01170.05762.644936.967891.5197
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A489 - 503
2X-RAY DIFFRACTION2A504 - 527
3X-RAY DIFFRACTION3A528 - 547
4X-RAY DIFFRACTION4A548 - 663
5X-RAY DIFFRACTION5A664 - 743
6X-RAY DIFFRACTION6B489 - 503
7X-RAY DIFFRACTION7B504 - 527
8X-RAY DIFFRACTION8B528 - 547
9X-RAY DIFFRACTION9B548 - 663
10X-RAY DIFFRACTION10B664 - 743

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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