PDB-5igj: Macrolide 2'-phosphotransferase type I - complex with guanosine a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5igj

タイトル

Macrolide 2'-phosphotransferase type I - complex with guanosine and clarithromycin

要素

Macrolide 2'-phosphotransferase

キーワード

TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / macrolide phosphotransferase / kinase / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Fong, D.H.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural Basis for Kinase-Mediated Macrolide Antibiotic Resistance.
著者: Fong, D.H. / Burk, D.L. / Blanchet, J. / Yan, A.Y. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2016年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月3日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5igj.ent.gz	164.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5igj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5igj_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5igj_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5igj_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	5igj_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/5igj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5ighSC 5igiC 5igpC 5igrC 5igsC 5igtC 5iguC 5igvC 5igwC 5igyC 5igzC 5ih0C 5ih1C 5iwuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5igs-d 5igp-d 5ih1-d 5yw4-d 5lnj-d 5z2x-2 5ih0-d 1bth-1 5qf9-d 5igt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

A: Macrolide 2'-phosphotransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.200, 45.200, 247.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Macrolide 2'-phosphotransferase / Macrolide 2'-phosphotransferase I / Macrolide 2'-phosphotransferase I Mph(A) / Macrolide 2'- ...Macrolide 2'-phosphotransferase I / Macrolide 2'-phosphotransferase I Mph(A) / Macrolide 2'-phosphotransferase Mph(A) / Macrolide 2-phosphotransferase / Macrolide 2-phosphotransferase protein / macrolide resistance protein / Macrolide-phosphotransferase / mph(A) / Mph(A) / Mph(A) macrolide 2'-phosphotransferase I / Uncharacterized protein 分子量: 33266.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: Tf481A 遺伝子: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_ ...遺伝子: mphA, mph(A), mph2, AM267_25240, AM268_24740, AN205_25580, AN669_16770, ASU34_20250, AZ95_0038, ECONIH1_26770, ERS085366_04054, ERS085367_04848, ERS139269_04809, ERS150873_04753, ETN48_p0083, orf00017, pCTXM123_C0996_11, pKC394-009, SK74_04859, SK86_03516, UN86_19875 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47396
#2: 化合物	ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン分子量: 283.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₅
#3: 化合物	ChemComp-CTY / CLARITHROMYCIN / クラリスロマイシン分子量: 747.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₆₉NO₁₃ / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 0.1 M Na citrate, 25% PEG 4000, 20% isopropanol. 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月13日

放射

モノクロメーター: DCM / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→41.183 Å / Num. obs: 57398 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 24.77

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.4-1.44		0.773	2.06	1	77.2
1.44-1.48		0.612	2.88	1	86
1.48-1.52		0.537	3.9	1	97.8
1.52-1.57		0.432	5.3	1	98.5
1.57-1.62		0.349	6.66	1	98.7
1.62-1.67		0.274	8.24	1	99
1.67-1.74		0.212	10.46	1	98.9
1.74-1.81		0.166	13.04	1	99.3
1.81-1.89		0.13	16.26	1	99.3
1.89-1.98		0.095	21.49	1	99.4
1.98-2.09		0.072	27.59	1	99.7
2.09-2.21		0.054	34.64	1	99.7
2.21-2.37		0.045	40.09	1	99.9
2.37-2.56		0.04	44.5	1	99.9
2.56-2.8		0.034	51.21	1	99.9
2.8-3.13		0.027	61.43	1	100
3.13-3.62		0.022	72.81	1	100
3.62-4.43		0.019	80.1	1	99.9
4.43-6.26		0.017	80.85	1	100
	6.26	0.016	79.97	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	March 5, 2012	データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	dev_1034	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IGH

5igh

解像度: 1.4→41.183 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1692	1988	3.46 %
R_work	0.1514	-	-
obs	0.152	57397	96.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.61 Å² / B_iso mean: 17.73 Å² / B_iso min: 2.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→41.183 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2334	0	166	429	2929
B_iso mean	-	-	16.04	29.23	-
残基数	-	-	-	-	300

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2615
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.397	3598
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.115	413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	463
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.474	932

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4004-1.4355	0.2596	110	0.2443	3031	3141	77
1.4355-1.4743	0.2394	126	0.214	3446	3572	85
1.4743-1.5177	0.2352	140	0.1903	3915	4055	97
1.5177-1.5666	0.1818	144	0.1681	4004	4148	99
1.5666-1.6226	0.1982	137	0.164	3948	4085	99
1.6226-1.6876	0.1872	147	0.1489	3993	4140	99
1.6876-1.7644	0.1824	141	0.1456	3992	4133	99
1.7644-1.8574	0.1615	147	0.1455	4040	4187	99
1.8574-1.9738	0.1521	145	0.1431	4076	4221	99
1.9738-2.1262	0.1449	143	0.1359	4063	4206	100
2.1262-2.3402	0.1735	148	0.1342	4101	4249	100
2.3402-2.6787	0.1571	149	0.1396	4152	4301	100
2.6787-3.3747	0.1576	150	0.145	4189	4339	100
3.3747-41.2011	0.1631	161	0.1556	4459	4620	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0012	-0.0004	0.0023	0.0053	0.0019	0.0109	0.0052	-0.0087	0.0298	-0.0384	0.0092	0.0451	-0.0294	0.0051	0.0002	0.2465	-0.1183	-0.0243	0.2579	0.0111	0.1773	37.0706	54.2236	293.4044
2	0.0005	-0.0019	-0.0012	0.0039	0.0013	0.0036	0.0433	0.0134	0.0753	0.1431	-0.0804	-0.1029	-0.1795	-0.052	0.0001	0.2767	0.0143	-0.0276	0.1187	-0.0119	0.2164	27.7151	60.2904	281.8788
3	0.0042	0.0024	0.004	0.0024	0.0024	0.0029	0.0817	0.0714	0.0017	0.0953	0.0221	-0.0175	0.0023	-0.0693	0.0005	0.2937	0.0683	0.0292	0.1767	0.0118	0.1536	20.554	56.7427	285.6219
4	0.0101	-0.0037	-0.0001	0.007	0.0058	0.0059	0.0086	0.0177	-0.0246	0.0182	0.0286	-0.0003	0.0012	0.0256	0.0368	0.0714	0.0914	-0.1714	0.2173	0.0122	-0.1795	29.4107	48.3311	287.4174
5	0.017	0.0103	-0.0041	0.0178	-0.0233	0.0146	-0.108	-0.0613	-0.0014	-0.018	-0.0516	-0.2492	-0.0791	0.041	-0.0099	0.1196	0.0194	0.0476	0.1667	0.0465	0.1801	32.9644	48.7991	279.0716
6	0.008	0.0034	0.0047	0.0018	0.0048	0.0073	-0.0371	-0.0007	0.0712	0.0497	0.0993	0.1487	0.0204	-0.0316	0.0003	0.1437	0.0491	0.0357	0.1811	0.0158	0.11	17.2471	49.3743	283.5718
7	0.0076	0.0019	-0.0007	0.0111	0.0008	0.0062	-0.0711	-0.005	-0.0078	-0.0732	-0.0397	-0.2002	-0.0084	0.0083	-0.0041	0.0925	-0.015	0.023	0.1764	0.0186	0.1386	33.6296	52.0839	272.4868
8	0.0631	0.0145	0.0169	0.0306	0.0039	-0.0014	0.0465	0.0451	-0.0835	-0.0337	0.0223	-0.0441	-0.1126	0.0373	0.0004	0.1379	-0.0131	0.0119	0.1615	-0.009	0.1293	24.1039	47.8361	263.3393
9	0.0174	0.0043	-0.0077	0.011	0.0115	0.0105	-0.0403	0.0748	0.0211	-0.0897	0.0101	0.1496	-0.0516	-0.2157	-0.0052	0.0716	0.0051	-0.0183	0.1632	-0.0046	0.1089	16.9651	40.5174	267.9444
10	0.0197	0.0107	0.0043	0.0381	0.0648	0.0694	-0.013	-0.0324	0.0402	0.0223	-0.0056	0.0392	-0.0156	-0.0394	-0.0001	0.1029	0.0057	-0.0005	0.1176	0.0034	0.0954	22.2637	46.9143	275.9649
11	0.1615	0.0163	0.1057	0.0441	-0.0235	0.0909	0.0019	-0.0577	0.1047	-0.0007	-0.0274	-0.0584	0.0422	0.1224	0.019	-0.131	0.0696	-0.0823	0.0639	0.0343	-0.0074	34.7204	31.3597	282.5113
12	0.0363	-0.0401	-0.0038	0.0463	0.0258	0.1092	0.0156	0.0317	-0.0293	0.0094	-0.058	0.038	0.1661	-0.0746	-0.019	0.0884	-0.0274	-0.0054	0.0968	0.0175	0.0911	21.0121	25.9992	267.401
13	0.0266	0.017	0.0378	0.0208	0.0311	0.0485	0.0589	0.0769	0.0397	-0.0704	-0.0728	-0.0311	-0.0944	0.0302	-0.019	0.0793	0.0087	-0.006	0.1451	0.0161	0.0806	27.6764	38.8137	251.0741
14	0.0754	0.0186	0.0395	0.4786	0.2443	0.138	-0.0368	0.1368	0.0475	-0.1964	-0.0895	-0.0602	-0.1379	0.2081	-0.0595	0.0541	-0.024	0.0127	0.2051	0.056	0.0948	48.331	37.0461	255.2616
15	0.0311	0.0019	-0.0056	0.0065	0.0042	0.0028	0.0783	0.1185	-0.0301	-0.0796	0.0039	-0.1492	-0.0025	0.0635	0.0001	0.0765	0.0048	0.0152	0.142	-0.0194	0.162	48.1997	25.1519	255.1127
16	0.1583	0.0421	-0.0256	0.172	0.0882	0.0685	0.0056	-0.0228	-0.0522	0.0202	-0.0096	0.0328	-0.0076	0.0262	0.0228	0.0422	-0.0016	-0.003	0.1001	0.0073	0.0593	28.3164	30.3372	264.8183
17	0.0044	0.0012	0.0007	0.002	-0.0026	0.0062	-0.049	-0.0522	-0.0618	0.0073	0.0437	-0.0458	0.1122	-0.0031	0.0021	0.0915	-0.0013	0.0077	0.1338	0.0319	0.1966	27.1779	16.7072	265.9162
18	0.0687	0.0066	-0.0746	0.053	-0.0627	0.0924	0.0016	0.0232	-0.0482	-0.0436	-0.0043	0.0152	0.0141	0.0358	0.0001	0.0667	-0.0105	-0.0053	0.1341	-0.0084	0.1187	32.5262	24.5693	258.9405
19	0.0399	0.0032	0.0144	0.0218	-0.0386	0.1155	0.0627	-0.2993	0.0737	0.0542	0.0945	-0.0368	0.0421	0.1307	0.02	0.0561	-0.0215	0.0031	0.1964	-0.0193	0.1514	49.6966	36.8159	268.051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:7)	A	2 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 8:19)	A	8 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 20:25)	A	20 - 25
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 26:29)	A	26 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 30:43)	A	30 - 43
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 44:49)	A	44 - 49
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 50:58)	A	50 - 58
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 59:74)	A	59 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 75:84)	A	75 - 84
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 85:102)	A	85 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 103:116)	A	103 - 116
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 117:139)	A	117 - 139
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 140:157)	A	140 - 157
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 158:171)	A	158 - 171
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 172:185)	A	172 - 185
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 186:240)	A	186 - 240
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 241:249)	A	241 - 249
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 250:278)	A	250 - 278
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 279:301)	A	279 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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